Летом 1901 года в Уфе открылись ежегодные епархиальные педагогические и певческие курсы для учителей церковных школ. На их открытии иеромонах Фаддей, назначенный преподавателем общей дидактики, Закона Божия и церковно-славянского языка, обратился к слушателям с речью: «Озирая лицо земли Русской, со скорбью мы видим, что из высших, иногда лишь по имени только, интеллигентных классов общества волна разнузданности мысли и воли все более идет в народ и грозит опустошить любимое достояние его — веру Христову. Еще по преданию и привычке он крепко держится этой веры, но холод страстей может корень и его жизни погубить, сделав его маложизненным, как подточен он уже сомнениями в большей части так называемого интеллигентного общества. И может случиться с ним то же, что с одною из древних христианских Церквей: Ты носишь имя, будто жив, но ты мертв (Апок. 3: 1). Не за то ли постигают его и постоянные бедствия: то голод, то засуха, то град, то землетрясения, — что он оставляет веру отцов и не держится ее всем сердцем? Не оттого ли высшие классы общества озираются в недоумении где найти исход из современного печального порядка вещей. И нигде не видят помощи человеческой, ибо бессильною оказывается эта помощь там, где необходима высшая помощь Божественная…
И вот ныне все мы, призванные быть просветителями народа, что должны положить в основание этого просвещения, как не веру Христову?.. Сохраним в себе этот свет Христова учения, глубоко внедренный в сердца наши еще при самом вступлении в мир сей, и взыщем его как драгоценное сокровище, ради которого мы готовы были бы оставить все, лишь бы его приобрести прежде всего! И весь разнородный материал просвещения, из которого духовно созидается человек, постараемся приспособить к единой высшей цели человеческого существования! Цель же сия — приготовить в душе каждого внутреннюю храмину для обитания Христа, Который бы был светом вечным и истинным, просвещающим всякого человека, грядущего в мир (Ин. 1: 9).
Отец Фаддей также преподавал и на педагогических курсах для учителей земских школ. Он очень внимательно присматривался к своим ученикам, которые могли оказать влияние на воспитание народа. Он очень печалился, когда его ученики не посещали богослужений даже в двунадесятые праздники, не видя в этом ничего дурного. На закрытии курсов батюшка Фаддей сказал: «Может быть, скажут многие в ответ, что взамен того приобрели они такие сокровища умственные, ради которых следует признать извинительным и стеснение религиозных требований духа? В подобном-то ответе и сказывается неискоренимая привычка к тому иностранному, западноевропейскому порабощению свободной русской мысли и жизни, на которое столь давно еще начали указывать наши русские писатели. Доселе русский народ не чувствует потребности освободиться от нигилистического ига Запада, которое все сильнее и сильнее ложится на высшие потребности духа, вытравливая в сердце его потребность веры в Бога и правды в жизни. Ибо какие приобретения ума могут заменить ту «душу живую», которая столь необходима в деле обучения, особенно же воспитания? Пусть на уроках русского чтения дети постигнут все совершающееся во внешней природе, строение растений, жизнь животных и так далее — неужели к знанию этого более всего стремится их душа? Что сделается с нею, если, постигши все это, она останется в неизвестности относительно величайших сторон собственной жизни и ее жизнь не приобщится к жизни «лозы истинной» (Ин. 15: 1), к которой она привилась бы, как одна из ветвей? Что будет с детской душой, когда взор ее будет всецело устремлен вне себя и не будет совсем различать совершающегося внутри?»
15 марта 1902 года иеромонах Фаддей был возведен в сан архимандрита и назначен на должность инспектора Уфимской духовной семинарии, а 8 сентября этого же года он был назначен на должность ректора Олонецкой духовной семинарии. Летом, по окончании занятий в семинарии, иеромонах Фаддей устраивал курсы для преподавателей церковных школ Олонецкой епархии. Слушателям предлагались прекрасные уроки по предметам церковно-приходской школы, на которых показывалось прохождение каждого существенного отдела того или иного предмета. Все уроки анализировались с дидактической стороны, чтобы уяснить, какие приемы обучения ведут к решению поставленных задач и какие не достигают цели. Слушатели курсов должны были, в свою очередь, дать пробные уроки, которые также подробно разбирались. На этих курсах о. Фаддей преподавал общую дидактику, Закон Божий, церковно-славянский язык, а также следил за всей жизнью курсов, принимая в них самое активное участие. В 1908 году при их закрытии он сказал: «Мне хочется еще однажды засвидетельствовать вам, что я чувствовал себя снедаемым огнем желания возвестить вам о славе Церкви Христовой, о том, как вам, деятелям школы церковной, ввести в ограду Церкви те пути жизни вашей, которые от этой ограды в тех или иных отношениях уклонялись. Этот огонь понуждал меня говорить вам здесь и преподавать уроки духовной жизни. Он влек меня в беседах учебного характера показать, что и как можно сделать для того, чтобы жизнь народа, вами просвещаемого, стала истинно христианскою».