21 января 1917 года вышел указ о назначении на Владикавказскую кафедру епископа Макария (Павлова). Однако пребывание владыки на Владикавказской земле произвело неизгладимое впечатление на паству. Впоследствии народ просил, чтобы епископа Фаддея оставили на Владикавказской кафедре, потому что в нем они увидели образ смиренного христианского пастыря, который неустанно учил их значению христианского звания и тому, как спасти свою душу. Кроме русских, на этой российской окраине жили грузины, осетины, армяне, поляки, евреи — и для всех было поучительно и полезно слышать слово владыки.
В 1917 году Волынь оккупировали поочередно то немцы, то поляки, то петлюровцы. В 1919 году архиепископ Евлогий (Георгиевский), управляющий Волынской епархией, был вне епархии, и епископ Фаддей стал правящим архиереем этой епархии, ввергнутой тогда во все ужасы оккупации, междоусобицы и разрушения. В это трудное время он духовно окормлял и поддерживал свою многотысячную паству. Для населения города его пребывание на архиерейской кафедре в столь тяжелое время было большим утешением. В его лице жители получили бесстрашного защитника всех, кого несправедливо преследовали в то время власти. Самому епископу пришлось претерпеть тогда много скорбей, особенно при власти петлюровцев: те требовали, чтобы он вел всю служебную переписку с ними на украинском языке, от чего епископ категорически отказался, несмотря на угрозы быть изгнанным за пределы Украины.
Вскоре владыка Фаддей был арестован. Сразу же после его ареста православные жители города Житомира написали заявление в Волынскую ЧК с просьбой отпустить владыку. Они писали: «Епископ Фаддей много лет известен в городе Житомире, где нет храма, в котором бы он не служил и не проповедовал. Нам известна и его личная жизнь как молитвенника и пастыря. Никогда епископ Фаддей не вмешивался в политику, ничего не предпринимал против советской власти, ни к чему противозаконному никого и никогда не призывал.
Арест епископа Фаддея весьма тревожит все православное население города и его окрестностей, каковое волнуется тем, что лишено возможности молиться со своим любимым архипастырем и пользоваться его духовным руководством. Все мы ручаемся в том, что епископ Фаддей стоит вне политики, и просим освободить его из заключения под вашу ответственность».
Но власти не отпустили епископа, но перевели его в Харьковскую тюрьму.
Сопровождавший владыку начальник секретного отдела Волынской ЧК Шаров, понимая, насколько неубедительны обвинения против епископа, 19 февраля 1922 года подал свое особое мнение: «Епископ Фаддей, как высшее духовное лицо в Волыни… действовавший, безусловно, во вред советской власти, ни в коем случае не может быть возвращен на Волынь. Со своей стороны, считал бы его политически неблагонадежным; как находящегося на Волыни более пятнадцати лет и пользующегося большим авторитетом среди местного населения, выслать из пределов Украины в распоряжение высшего духовенства РСФСР под негласное наблюдение местных органов ЧК».
25 февраля ВУЧК, рассмотрев дело епископа Фаддея, постановила: «Гражданина Успенского И. В. «выслать в административном порядке с правом жительства только в одной из центральных северных губерний РСФСР и Западной Сибири с взятием подписки о регистрации в органах ЧК».
9 марта 1922 года епископ Фаддей был освобожден из Харьковской тюрьмы и на следующий день выехал в Москву. По прибытии в Москву он сразу пошел к Патриарху Тихону. Рассказав об обстоятельствах своего «дела» и о том, что его выслали из Украины и вряд ли допустят обратно, он просил Патриарха определить его на кафедру в один из волжских городов, поскольку сам он родился в Нижнем Новгороде. Находясь в Москве, архиепископ Фаддей принимал деятельное участие в работе Священного Синода при Патриархии. Служил владыка большей частью на Валаамском подворье. 13 марта состоялось назначение владыки на Астраханскую кафедру, с возведением его в сан архиепископа. Но выехать в Астрахань и приступить к своим архипастырским обязанностям на этой кафедре владыке удалось лишь в декабре 1923 года.
Архиепископу Фаддею, явившемуся в отделение Московского ГПУ на Большой Лубянке, чтобы получить разрешение на выезд в Астрахань, приказали не покидать Москвы, объяснив это тем, что из Харькова должно прибыть его следственное дело и только после рассмотрения этого дела Московским ГПУ владыке могут разрешить выезд. А вскоре архиепископ Фаддей был снова арестован. Предлог для ареста был найден следующим образом.