Самолет без опознавательных знаков нарушил воздушное пространство государства Ватикан. По-видимому, служба контроля воздушного пространства Итальянской Республики не смогла связаться с пилотами и подняла тревогу. В головах Цибина и шефа Священного Альянса проносились страшные картины: мысленно они видели, как самолет падает с неба прямо на десятки монархов, трех наследных принцев, пятьдесят семь глав государств, семнадцать глав правительств и два десятка религиозных лидеров, а они ничего не могут сделать для того, чтобы это предотвратить. Эвакуировать достаточно быстро всех этих людей было невозможно. В эту минуту все они, в траурных одеждах, уже заняли свои места, ожидая выхода похоронной процессии с телом Иоанна Павла II и начала проповеди кардинала Ратцингера.
За несколько секунд самолет без опознавательных знаков окружили четыре истребителя военно-воздушных сил Италии и заставили его снизиться и сесть на одном из военных аэродромов. Когда самолет приземлился, полицейские и агенты разведок Ватикана и Италии немедленно убедились, что на его борту нет какой-либо взрывчатки или бомбы. Оказалось, что у пилотов возникли проблемы со связью. Самолет же направлялся в аэропорт Чампино, чтобы забрать присутствовавшую на церемонии похорон понтифика македонскую делегацию. Командование сообщило об этом инциденте Цибину и шефу Священного Альянса. Между тем церемония отпевания усопшего понтифика шла своим чередом. Когда кардинал Ратцингер, декан Коллегии кардиналов, готовился начать проповедь, Цибин и архиепископ, руководивший Священным Альянсом, получили еще один сигнал тревоги. На сей раз произошел инцидент между итальянскими агентами и агентами американских секретных служб. По-видимому, охранники, сопровождавшие президента Буша, хотели войти с оружием в зону, которую контролировали секретные службы Италии. Очевидно, случай, стоивший жизни итальянскому агенту Никола Калипари, которого застрелили в Ираке американские морские пехотинцы, все еще служил поводом для неприязни между американцами и итальянцами. И не кто иной, как Цибин, приказал выдворить сопровождающих Буша за пределы зоны ответственности и контроля секретных служб Италии и Святого престола.
Гул голосов участников церемонии и более трехсот пятидесяти тысяч верующих, окружавших площадь Святого Петра, превратился в едва слышный шепот, когда появился гроб, за которым шли сто сорок кардиналов, облаченных в пурпур. Гроб опустили на красный ковер. Агенты Святого престола не отрывали глаз от передних рядов верующих, стоявших ближе всех к тому месту, где собрались сильные мира сего. Множество плакатов, на которых были написаны фразы «Новый святой» и «Иоанн Павел Великий», затрудняли наблюдение за толпой.
Во время проходившего накануне совещания Камилло Цибин, командир швейцарской гвардии полковник Эльмар Теодор Мадер и шеф Священного Альянса предлагали, чтобы итальянская полиция не пропускала людей с плакатами. Дабы не оскорбить чувства несущих плакаты верующих, можно было объяснять им, что плакаты занимают слишком много места. Викарий Рима Камилло Руини посоветовал даже отвести специальное место, где бы верующие могли оставлять свои плакаты на время церемонии и откуда могли бы, уходя, их забрать. Это предложение поддержал и викарий города Ватикан, но кардиналы Мартинес Сомало и Ратцингер в конце концов отклонили его, так как считали, что такая мера оскорбит верующих, которые столь безропотно простояли многие часы по непогоде, чтобы получить возможность отдать дань уважения усопшему понтифику. В результате служба безопасности Святого престола вынуждена была разместить среди верующих нескольких агентов контрразведки.
После окончания проповеди, которую тринадцать раз прерывали аплодисменты, причастия и молитвы об усопших, раздались крики: «Святой! Святой!» Под звон колоколов хор Ватикана запел Magnificat. И снова агенты Священного Альянса и жандармерии пришли в движение.
Гроб должны были перенести в склеп собора Святого Петра для погребения. Там несли охрану агенты жандармерии и Sodalitium Pianum. Гроб кипарисового дерева перевязали красными лентами, наложили на них печати Апостольской камеры, Префектуры Понтификального Дома, Службы проведения литургий папы и Капитолия Ватикана. Потом кипарисовый гроб поместили в другой, свинцовый, на сорок миллиметров шире, а тот — в третий, из покрытого лаком вяза. На него наложили крест и знак усопшего понтифика. Простая крышка, на которой стояло имя Иоанна Павла II и даты его рождения и смерти, накрыла захоронение. Нотариус ватиканской базилики составил акт о погребении и зачитал его присутствующим — небольшой группе людей во главе с кардинал-камергером, состоявшей из нескольких избранных членов «понтификальной семьи» папы — его секретарей, служивших ему монахинь, его личного врача и верного секретаря Станислава Дживича.