Так, избрав Патриарха, первая сессия Поместного Собора продолжила свою работу. В связи с восстановлением патриаршества из разных стран продолжали поступать поздравления и от Поместных Православных Церквей, и от инославных конфессий. Но уже к концу 1917 года, практически одновременно с закрытием первой сессии Поместного Собора, Русская Православная Церковь лишилась всех учебных заведений.
Одновременно события в отделившейся от Советской России Украине грозили расколоть целостность Русской Православной Церкви. Поощряемые гражданским правительством, церковные сепаратисты организовали Всеукраинскую церковную раду, куда им удалось вовлечь архиепископа Алексия (Дородницына). Назначенные радой епархиальные комиссары требовали, чтобы в храмах вместо Патриарха Тихона поминалась церковная рада во главе с архиепископом Алексием.
Встревоженный опасным развитием событий, Патриарх Тихон благословил митрополита Киевского Владимира, принимавшего участие в Соборе, срочно выехать в Киев для усмирения церковной смуты, но сепаратисты пытались не допустить святителя в его кафедральный город. И все-таки митрополит Владимир приехал в Киев и остановился в своих покоях в Киево-Печерской Лавре. Преосвященный Алексий самовольно водворился в Лавре по соседству с митрополитом и подстрекал монахов против своего архипастыря и священноархимандрита. Эта агитация не прошла бесследно. Но митрополит Владимир непоколебимо отстаивал единство Русской Церкви.
А в это же время в Петрограде от братии Александро-Невской Лавры потребовали оставить монастырь и освободить его помещения под лазарет. Лаврские власти согласились разместить раненых, но отказались покинуть обитель. Тогда 19 января в Лавру прибыл отряд матросов и красногвардейцев с распоряжением о конфискации имущества, подписанным комиссаром Коллонтай. Отказавшись отдать лаврское достояние, митрополит Вениамин и наместник Лавры епископ Елисаветградский Прокопий были арестованы вместе со всем духовным Собором Лавры. Набат и призывы спасать церкви привлекли множество народу, и красногвардейцы вынуждены были бежать из Лавры. Однако вскоре вернулись и, грозя начать стрельбу, пытались выгнать монахов из обители. Народ не расходился, а престарелый протоиерей Петр Скипетров, настоятель церкви святых страстотерпцев Бориса и Глеба, обратился к насильникам с мольбой остановиться и не осквернять святыни. В ответ раздались выстрелы, и священник был смертельно ранен.
Узнав об этом, Патриарх Тихон издает послание, в котором анафематствует участников кровавых расправ над невинными людьми – богоборцев, поднявших руки на церковные святыни и на служителей Божиих: «Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это – поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню гееннскому в жизни будущей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей – земной. Властью, данною нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной» [1, с. 13]. С момента публикации и до наших дней это послание вызывает неоднозначную реакцию. Для некоторых это единственно возможная реакция Предстоятеля Церкви на безбожную власть, для других, напротив, ошибка, затруднившая возможность диалога Церкви с советской властью. В любом случае святитель Тихон сделал все возможное, чтобы предотвратить начинавшуюся в стране Гражданскую войну. К сожалению, его призыв не был услышан.
20 января в Москве открылась вторая сессия Всероссийского Поместного Собора. Одновременно был опубликован декрет Совета Народных Комиссаров об отделении Русской Православной Церкви от государства. Церковь была официально лишена государственных субсидий, а ее имущество было объявлено народным достоянием. Видя нестроения, творящиеся в России, и враждебное отношение к Церкви советской власти, Собор издает Чрезвычайное определение, согласно которому Святейшему Патриарху Тихону предоставляется право единоличного назначения Местоблюстителей.
В это время в Украине шли бои между красными и националистами, закончившиеся 25 января, когда Красная армия вошла в Киев. В тот же день был убит митрополит Киевский Владимир. Вечером в покои владыки вломились пятеро пьяных бандитов. Они втолкнули владыку в спальню и начали пытать, душили цепочкой от креста, сорвали с груди крест и ладанку, нательную иконку. Из спальни святителя вывели в рясе, в белом клобуке, с панагией. Монашеская братия наблюдала за всем этим, но никто не вмешался. Бандиты втолкнули святителя в автомобиль, отвезли на полверсты от лаврских ворот и расстреляли. Тело убитого священномученика обнаружили наутро: владыка лежал на спине в луже крови, без панагии и в клобуке без клобучного креста. Со времен Смуты Русская Церковь не видела подобного злодеяния.