Главным препятствием в начальной деятельности владыки Тихона на Воронежской кафедре было глобальное безденежье. Дело в том, что в связи с секуляризацией церковных земель у Церкви отобрали большую часть некультового имущества, но денежного возмещения Церковь еще не получила — чиновники Коллегии экономии всячески затягивали процесс. В Воронежской же епархии проблема усугублялась смертью архиерея — предшественника святителя Тихона. Все оставленные им средства также были изъяты Коллегией экономии, и возвращать их его преемнику чиновники не спешили, устраивая привычную бумажную волокиту. Впоследствии ни святителю Тихону, ни его преемникам так и не удалось вернуть эти деньги.
Святитель Тихон писал в Синод, прося ускорить процесс выплат компенсации за отобранное в казну церковное имущество. Для того чтобы подкрепить свои прошения фактами, он созывает комиссию, которая составила подробную опись храмов Воронежской епархии. В этой описи было указано, в каком состоянии находились храмы, и составлена смета — сколько нужно средств на их ремонт. Сумма по тем временам получилась внушительная — 12 тысяч рублей. Получить такую сумму во время секуляризации церковного имущества было нереально, но святитель не оставлял надежды, посылая в Синод новые прошения и напоминая о бедственном состоянии Воронежской епархии. Однако ему по большей части приходилось самому изыскивать средства на епархиальные нужды.
Помимо финансовых проблем святитель столкнулся и с проблемами духовными; наиболее тяжкими из них были нравственное состояние духовенства и на этой почве проповедь старообрядчества. С одной стороны, эти проблемы были сложнее финансовых, а с другой — святитель Тихон мог начать исправление сложившейся ситуации, не дожидаясь помощи извне. Он так и сделал.
Первым делом он занялся ставленниками — кандидатами на рукоположение в диаконство и священство. В то время в Воронежской епархии еще сохранялся древний обычай, когда кандидаты избирались самими прихожанами. Особенно сильны были эти традиции на территории Войска Донского — там кандидатов вообще брали не из выпускников местных духовных школ, а из числа самих прихожан. Святитель Тихон, видя и полезные и вредные стороны этого обычая, начал наступление на него с большой осторожностью. Во-первых, он потребовал, чтобы приход, направляя кого-либо для рукоположения, предоставлял письменное свидетельство, заверенное подписями прихожан и причта, о добродетельной жизни ставленника. Во-вторых, духовная консистория и духовные правления — административные органы епархии, получив подобное свидетельство, должны были его тщательно проверить и навести справки о том, соответствует ли данный кандидат требованиям к рукоположению. Проверка велась по нескольким направлениям: моральные качества, уровень образования и возраст. Если кандидат соответствовал всем этим требованиям, святитель рукополагал его в сан, если же нет, старался самостоятельно подобрать кандидатуру на вакантный приход.
Эти нововведения святителя вызвали большое возмущение на территории Войска Донского, где сильно было влияние расколоучителей. Из-за этого очень часто кандидаты на рукоположение были или тайными старообрядцами, или сочувствующими. Поэтому святитель Тихон писал в войсковую канцелярию, чтобы кандидаты были из духовного сословия, а не из казаков, иначе он отказывался их рукополагать. Казаки возмутились требованиями святителя и проигнорировали его послание. Тогда святитель Тихон стал назначать на вакантные приходы выпускников местной семинарии. Казаки возмущались, были случаи, что рукоположенных святителем священнослужителей не пускали в храмы, жаловались на святителя в Военное ведомство. Но в данном случае святитель Тихон смог отстоять свою позицию.
Однако в отношении церковнослужителей — дьячков и пономарей — святителю пришлось куда сложнее. На эти должности на территории Войска Донского избирали вообще без ведома епархиальных властей особыми войсковыми грамотами, а лиц, посвященных и имевших грамоты от архиерея, не допускали к исполнению своих обязанностей. Не имея возможности лично справиться с таким положением дел в приходах донского казачества, святитель Тихон доносил об этом в Святейший Синод, прося содействия. Однако и распоряжения Святейшего Синода не всегда выполнялись.
В других областях Воронежской епархии дело с церковным причтом также обстояло не лучшим образом. И святителю Тихону также пришлось с этим разбираться. Проблема состояла в том, что в некоторых церквах не было причетников, а в это время внештатные причетники с семействами бедствовали. Святитель решил дело, зачислив внештатных причетников в штат и направив их в храмы, не имеющие причта.