Разгромив Ходкевича, земские рати продолжали осаду Кремля. Двум земским правительствам трудно было ужиться в одном стане. Бывшие тушинцы, некогда толкнувшие казаков на расправу с Ляпуновым, пытались использовать голод и нужду рядовых казаков, чтобы составить заговор против Пожарского.
Троице-Сергиев монастырь использовал все свое влияние, чтобы покончить с волнениями в таборах ополчения. Денежная казна монастыря истощилась, и монахам ничего не оставалось, как приняться за гардероб. Из тайников извлекли драгоценные ризы, аккуратно уложили их в повозки и отвезли в таборы. Там посланцы монастыря собрали казачий круг и предложили ратникам принять от них вещи в виде заклада. Как только монастырь соберет оброки со своих крестьян, заявили монахи, они тотчас выкупят заклад за тысячу рублей.
Атаманы собрали круг, постановивший немедленно вернуть вещи в монастырскую казну. Нужда православного люда была жестокой, но торговля церковными вещами представлялась им недопустимым святотатством. В конце концов ратники собрались в лагере под Москвой, чтобы защитить свою землю и свою веру. Два атамана выехали в Троицу с письмом к архимандриту. Казаки писали, что никакие скорби и многочисленные беды не заставят их отступить от Москвы.
Полковник Гонсевский покинул Москву до прибытия рати Пожарского. Он захватил с собой царские короны и много других сокровищ кремлевской казны. После Гонсевского иноземный гарнизон Кремля возглавил полковник Струсь. Поначалу он старался удержать в крепости семьи русских бояр и дворян в качестве заложников. Но, когда голод в Кремле усилился, он решил избавиться от лишних ртов.
В связи с выселением из Кремля русских семей полковники объявили о повсеместной реквизиции продовольствия. Производя обыск в домах, наемники вместе с продуктами питания забирали у русских золото, серебро, жемчуг, парчу и прочие ценности. С купцами и дворянами захватчики вовсе не церемонились. С боярами и высшими церковными иерархами обращались вежливее, но и они не избежали грабежа.
Патриарх Гермоген не дожил до второй осады Москвы. Его преемником стал грек Арсений, служивший при царских гробах в Архангельском соборе в чине архиепископа. В России этот чужеземец искал почестей и богатств. Знавшие его византийские прелаты отзывались о нем как о человеке бесчестном и корыстном. Арсений служил Гонсевскому верой и правдой. Он побуждал к сдаче защитников Смоленска, сыпал проклятия на головы патриотов. Но предательство не принесло ожидаемых выгод. Пришел день, когда грек с горечью записал в своем дневнике: «Староста Струсь с воинами и с русскими с Федором Андроновым и Иваном Безобразовым изгнали из Москвы всех немощных — старцев, жен, мальчиков и девочек, отняли у русских всякий провиант, вещи — серебро, золото, одежды золототканые и шелковые, отняли все доходы и у блаженнейшего архиепископа архангельского и немало вещей и денег».
К началу сентября голод в Кремле приобрел катастрофические масштабы. Цены на продукты поднялись неслыханным образом. Воловью шкуру продавали за полтора, а потом за три рубля. Хлебец стоил более трех рублей. Со временем хлеб исчез, и за лепешку с лебедой давали около рубля. Голодающие съели всех собак и кошек. Они облазили все лужайки, дворы в поисках лебеды и крапивы, сдирали кору с деревьев. Вскоре замечены были первые случаи людоедства. Командование гарнизона сделало все возможное, чтобы удержать в своих руках крепость. Дальнейшее сопротивление обрекало войско на мучительную гибель. Польский гарнизон Кремля насчитывал около трех тысяч человек. Спустя два месяца в нем осталось не более чем полторы тысячи человек, но и те утратили боеспособность. Наемники дошли до последней степени деморализации и разложения.