Освободясь от ратных дел, прославленный адмирал, который «к вере отцов своих оказывал чрезвычайную приверженность», имел теперь возможность более предаваться молитве: сохранилось драгоценное свидетельство о его жизни в Севастополе, когда он «каждый день слушал заутреню, обедню, вечерню и перед молитвами никогда не занимался рассматриванием дел военно-судных; а произнося приговор, щадил мужа, отца семейства многочисленного; и был исполненный доброты необыкновенной…» В начале 1793 года он призван был Императрицею в Петербург. Екатерина II пожелала видеть героя, стяжавшего такую громкую славу, и «встретила в нем человека прямодушного, скромного, мало знакомого с требованиями светской жизни». За заслуги перед престолом и Отечеством Екатерина II поднесла ему в дар необыкновенной красоты золотой складень-крест с мощами святых угодников. В том же году Феодору Ушакову был пожалован чин вице-адмирала.
В 1796 году на Российский престол вступил Император Павел I.
Это было время, когда революционная Франция, поправ законы Божеские и человеческие и умертвив монарха, «обратилась к завоеванию и порабощению соседних держав». Вице-адмирал Ушаков получил приказ привести в боевую готовность Черноморский флот. Сложность обстановки для России заключалась в том, что не было никакой ясности, от какого противника – Турции или Франции – защищать южные рубежи. Франция подстрекала Турцию к войне с Россией, и туркам, конечно же, хотелось возвратить отторгнутые Россией земли; но, с другой стороны, соседство на Балканах с французами становилось для Оттоманской Порты куда более опасным, чем потеря Крыма. Вскоре султан Селим III принял предложение Российского Императора о союзе против Франции и обратился к Павлу I с просьбой о присылке вспомогательной эскадры. В связи с этим вице-адмиралу Ушакову был доставлен Высочайший рескрипт: «Коль скоро получите известие, что французская эскадра покусится войти в Черное море, то немедленно, сыскав оную, дать решительное сражение, и МЫ надеемся на ваше мужество, храбрость и искусство, что честь НАШЕГО флага соблюдена будет…» В начале августа 1798 года, находясь вблизи Севастопольского рейда с вверенной ему эскадрой, Феодор Ушаков получил Высочайшее повеление «тотчас следовать и содействовать с турецким флотом противу зловредных намерений Франции, яко буйнаго народа, истребившего не токмо в пределах своих веру и Богом установленное правительство и законы… но и у соседственных народов, которые по несчастию были им побеждены или обмануты вероломническими их внушениями…» Взяв курс на Константинополь, российская эскадра скоро приблизилась к Босфору, и этого оказалось достаточным, чтобы Порта немедленно объявила войну республиканской Франции.
Турция встречала русские суда на удивление дружелюбно. Поразила турок опрятность, строгий порядок на русских судах. Один из влиятельных вельмож на встрече у визиря заметил, что «двенадцать кораблей российских менее шуму делают, нежели одна турецкая лодка; а матросы столь кротки, что не причиняют жителям никаких по улицам обид». И облик, и весь дух русских моряков были удивительны туркам. Российская эскадра пробыла в Константинополе две недели; 8 сентября, «дав туркам опыт неслыханного порядка и дисциплины», она снялась с якоря и при благополучном ветре направила свой путь к Дарданеллам, к месту соединения с турецким флотом. Командующим объединенными силами назначен был вице-адмирал Ушаков. Турки, на собственном опыте зная его искусство и храбрость, полностью доверили ему свой флот, а командующий турецкой эскадрой Кадыр-бей именем султана обязан был почитать российского вице-адмирала «яко учителя».
Так началась знаменитая Средиземноморская кампания вице-адмирала Феодора Ушакова, в которой он показал себя не только как великий флотоводец, но и как мудрый государственный деятель, милосердный христианин и благодетель освобожденных им народов.
Первой задачей эскадры было взятие Ионических островов, расположенных вдоль юго-западного побережья Греции, главный из которых – Корфу, имея и без того мощнейшие в Европе бастионы, был еще значительно укреплен французами и считался неприступным. Коренные жители занятых французами островов были православными греками, а на Корфу находилась (пребывающая и доныне) великая христианская святыня – мощи святителя Спиридона Тримифунтского. Феодор Ушаков поступил премудро: он, прежде всего, обратился с письменным воззванием к жителям островов, призывая их содействовать в «низвержении несносного ига» безбожников-французов. Ответом была повсеместная вооруженная помощь населения, воодушевленного прибытием русской эскадры. Как ни сопротивлялись французы, наш десант решительными действиями освободил остров Цериго, затем Занте…