Сохранились воспоминания очевидцев его чудес, из которых понятно: главным и необходимым условием для свершения чуда были вера и искреннее обращение к Богу самого страждущего. Всякий раз после исцеления безнадежно больного отец Иоанн говорил торжественно: «Слава Богу, никто как Бог!»
Священник Василий Шустин описал визит отца Иоанна к его отцу, заболевшему горловой чахоткой, которому, по приговору докторов, оставалось жить не больше десяти дней: «В это время как раз вернулся в Кронштадт из одной своей поездки отец Иоанн. Послали ему телеграмму. Дней через пять он приехал к нам. Прошел к отцу в спальню, взглянул на него и сразу воскликнул: „Что же вы мне не сообщили, что он так серьезно болен! Я бы привез Святые Дары и приобщил бы его“. Мой отец умоляюще смотрел на батюшку и хрипел. Тогда батюшка углубился в себя, и, обращаясь к отцу, спрашивает: „Веришь ли ты, что я силою Божию могу помочь тебе?“ Отец сделал знак головой. Тогда отец Иоанн велел открыть ему рот и трижды крестообразно дунул. Потом размахнувшись ударил по маленькому столику, на котором стояли разные полоскания и прижигания. Столик опрокинулся, и все склянки разбились. „Брось все это, – резко сказал отец Иоанн, – больше ничего не нужно. Приезжай завтра ко мне в Кронштадт, и я тебя приобщу Святых Тайн. Слышишь, я буду ждать…“»
На следующий день больного в морозную, ветреную погоду на санях повезли через море по льду из Ораниенбаума в Кронштадт – такой глубокой была его вера в силу молитвы кронштадтского пастыря. По возвращении домой все раны в горле больного оказались затянуты, и делавший осмотр профессор Военно-медицинской академии по горловым болезням Н. П. Симановский во всеуслышание заявил: «Это невиданно, это прямо чудо!» После этого отец священника Василия Шустина прожил еще двадцать пять лет.
«…Много чудес очевидных совершилось и ныне совершается. В этом я вижу указание Божие мне, особое послушание от Бога молиться за всех, просящих себе от Бога милости. Поэтому я никому не отказываю в своей молитве и для посещения болящих езжу по просьбам их по всей России», – спокойно говорил отец Иоанн о своей репутации великого чудотворца в автобиографической беседе с сарапульскими пастырями. Он писал в дневнике, что в глубине души считает себя «немощным и грешным паче всех» и воспринимает свой дар как указание от Бога помогать людям и с помощью чудес укреплять в них веру.
Вместе с известностью к отцу Иоанну стали приходить деньги, все больше денег. Обычно он не отказывался от платы в домах петербургской знати, не слишком интересуясь, лежат в конверте пять рублей или пятьсот – все эти деньги шли на благотворительность. Священник из Кронштадта делал большие пожертвования на строительство храмов, в монастыри, школы, больницы, различные благотворительные общества, говоря: «У меня своих денег нет. Мне жертвуют, и я жертвую». За помощью к отцу Иоанну обращались погорельцы, бедные студенты, которым нечем было заплатить за учебу, разорившиеся купцы. На его домашний адрес приходили сотни, а потом и тысячи писем с различными просьбами.
Ведением переписки отца Иоанна и денежной отчетностью уже занимался целый штат секретарей. Через них проходили огромные суммы – по разным подсчетам, от ста пятидесяти тысяч до миллиона рублей в год. К слову сказать, некоторые помощники отца Иоанна сколотили себе на его популярности целые состояния, помогая устраивать личные встречи с чудотворцем.
Теперь отец Иоанн раздавал милостыню нищим строго два раза в день: каждому по десять копеек утром на пропитание и еще десять вечером – на оплату ночлега, чтобы не бродяжничали по городу. В некоторые дни количество просителей, которых прозвали «строем отца Иоан на», доходило до тысячи человек. В назначенное время неимущие выстраивались длинными шеренгами перед домом отца Иоанна, и каждый «десятский» получал рубль для раздачи десяти товарищам. Но все равно эта помощь беднякам была каплей в море…
Через семнадцать лет своего священнического служения отец Иоанн решил построить в Кронштадте Дом трудолюбия, чтобы люди могли сами честным трудом зарабатывать себе на пропитание.
В 1872 году в газете «Кронштадтский вестник» было опубликовано воззвание отца Иоанна к пастве с призывом помочь ему в строительстве Дома трудолюбия. Был создан попечительский совет, в который вошли преданные почитатели кронштадтского пастыря – от богатейших фабрикантов до простых рабочих. Для покупки земельного участка и закладки здания потребовалось девять лет, больше года продолжалось строительство.