Вместе с отрядом вооруженных моряков он поднялся на борт «Марии Целесты». На судне не было никого. Все помещения оказались пусты. Все вещи, имущество, деньги оказались на месте. На своих местах находились все предметы морского обихода, которые свидетельствовали, что экипаж еще недавно находился здесь. У судна не было пробоин, и весь груз оказался в целости и сохранности. Не было обнаружено никаких следов мятежа. В капитанской каюте на столе лежали карты, на них отмечался путь из Нью-Йорка в порт назначения Гибралтар. Последняя запись была сделана 24 ноября, когда бригантина находилась в районе Азорских островов. Единственное, что пропало с судна — спасательный вельбот.
Капитан Морхауз взял бригантину на буксир и привел ее в Гибралтар. Начались многомесячные поиски пропавшего капитана Бриггса, его жены, дочери и членов команды, но они ни к чему не привели. Начали появляться самые разные версии произошедшего.
Говорили, что на бригантину напал пираты, которые захватили в плен всех, кто находился на судне, бросили судно, а потом и сами вместе с пленниками погибли в морской пучине… Другие считали, что на капитана, его жену, дочь и еще нескольких матросов напали акулы, а другие члены команды бросились их спасать, и так все они и погибли. Третьи считали, что на «Марии Целесте» какие-то сверхъестественные силы. Рассказывали о странном отпечатке на кровати капитана, «как будто на ней лежал ребенок». На судне, действительно, был ребенок, хотя некоторые прямо заявляли, что это был не ребенок, а маленький человечек из иного мира.
Но нашлись и трезвые головы. Именно они выдвинули версию о том, что, скорее всего, «Мария Целеста» в районе Бермудского треугольника села-на мель. Попытки снять бригантину с — мели не увенчались успехом. И тогда капитан Бриггс решил плыть к берегу на спасательном вельботе. Вельбот, скорее всего, затонул во время шторма. Этот же шторм сорвал с мели и «Марию Целесту» и отправил ее дрейфовать.
Писатели широко использовали этот случай в качестве сюжета для своих произведений, и одним из первых был тогда еще малоизвестный Артур Конан Дойль, который написал рассказ в виде статьи анонимного автора, называвшийся «Сообщение Дж. Хебекука Джефсона». Рассказу Конан Дойля, появившемуся через одиннадцать лет после истории с «Марией Целестой», многие поверили сразу, без сомнений, потому что многое в нем было очень близко к истине или выводилось из соответствующих истине фактов и заявлений. Свое воображаемое судно он назвал «Мария Целеста», и большинство авторов в дальнейшем называли его прототип именно этим именем. Многое из того, что рассказывают сейчас о «Марии Целесте», на самом деле почерпнуто из повествования Конан Дойля.
Со времен Конан Дойля версии этого загадочного происшествия стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что пища на судне была испорченной, вызвала у экипажа галлюцинации, и люди стали кидаться в море, преследуемые страшными видениями. По другой версии, всех отравил кок, затем выбросил тела умерших за борт и сам прыгнул вслед за ними.
В качестве еще одной догадки фигурировало предположение о том, что Морхауз якобы по заранее достигнутой договоренности высадил матросов с «Марии Целесты» в каком-нибудь укромном уголке Атлантики, привел бригантину в порт как судно, покинутое экипажем, получил за это деньги и разделил их между членами обоих экипажей.
Ходили слухи, что владелец «Марии Целесты» подговорил матросов убить капитана Бриггса вместе с семьей и затопить судно, чтобы получить страховую премию, но матросы и сами погибли в результате какой-либо ошибки. Возможно, они должны были прыгнуть в море и вплавь добраться до берега, когда судно подойдет к скалам возле Азорских островов, но внезапный порыв ветра отогнал «Марию Целесту» от земли, и она продолжала плавание, а матросы утонули или разбились о скалы.
Некоторые высказывали предположение, что экипаж оставил судно из-за мощного смерча, который в море не менее опасен, чем торнадо на суше. По другой версии, подводное землетрясение или еще что-то в этом роде вызвало на «Марии Целесте» панику, и команда покинула корабль. Еще одна версия гласит, что где-то неподалеку от Азорских островов бригантина наткнулась на «блуждающий остров», то есть движущуюся песчаную отмель, которая постоянно меняет свое местоположение. Сев на мель, экипаж решил, что спасения им ждать неоткуда; они погрузились в шлюпку и, очевидно, погибли в океане. Корабль же после очередной подвижки «острова» вновь оказался на плаву.