Несмотря на неудачу поисковых работ осенью 1893 года, с началом навигации следующего, 1894 года поисковые работы были возобновлены. Для поиска «Русалки» было решено использовать все технические новинки того времени. Организованной еще зимой поисковой партии на это раз были даны рекомендации министерства: Во-первых, необходимо было тщательно обследовать водное пространство на три с половиной морские мили к северу, востоку и югу от маяка Эрансгрунд и на три четверти мили к западу от него (в министерстве считали, что именно этот район является наиболее вероятным местом гибели «Русалки»). Во-вторых, следовало осмотреть водолазам и обследовать тралами все пространство у камней и островов в окрестностях Гельсингфорса. Предполагалось, что «Русалка» могла затонуть в результате удара о камни у входа в финские шхеры. Общее руководство всеми поисковыми работами было возложено на командира Свеаборгского порта капитана 1-го ранга Вишнякова. К огромному неудовольствию газетчиков, на этот раз все поисковые работы во избежание появления всевозможных слухов предполагалось проводить при минимальной огласке.
Тральное дело тогда еще пребывало в самом зачаточном состоянии. На вооружении всех флотов мира состояли самые примитивные тралы. Между двумя судами закрепляли проволочный трос длиной 213 метров. Затем оба судна давали одинаковый ход и тащили за собой образовавшуюся петлю. При задевании троса за какое-либо препятствие суда останавливались и выясняли причину. Участвовавший в этом тралении лейтенант В.И. Ларионов (впоследствии участник Цусимского сражения на броненосце «Орел») вспоминал: «Тралили собственно не очень-то старательно и даже недобросовестно, так как пароходы не шли строго по вехам, а стало быть, оставляли мертвые пространства, а к тому же частенько подтягивали середину трала ближе к корме, чем бы это следовало». Водолазы, обследовавшие прибрежную часть предполагаемого района катастрофы с парохода «Буксир», тоже ничего не обнаружили. К тому же тогдашнее развитие водолазного дела не позволяло опускаться ниже 53 метров.
Для участия в поисках «Русалки» был задействован даже Кронштадтский воздухоплавательный парк. Воздушный шар транспортировала винтовая шхуна «Самоед». Сидя в корзине под шаром на высоте 400 метров, наблюдатель, вооруженный биноклем, терпеливо обозревал водную поверхность в надежде обнаружить на мелководье темное пятно — верный признак затонувшего корабля. Однако это начинание закончилось ничем. Очевидец писал: «Камни и банки заметны на глубине до 20–25 футов при благоприятных условиях освещения. Большие отмели до шести сажень глубиною издали заметно отличаются от более глубоких мест цветом воды, однако рассмотреть какие-либо предметы, лежащие на дне, невозможно…»
15 августа последовал приказ прекратить поиски. Впоследствии лейтенант Ларионов вспоминал: «…Осталось неосмотренным пространство площадью в 7,2 квадратные морские мили, и, по-моему, это пространство наиболее важно, так как оно значительно дальше от плавучего (Эрансгрундского. — В.В.) маяка. Большая часть осмотренного нами района, я думаю, и не могла похоронить у себя „Русалку“, так как в таком случае надо предположить, что она могла пройти почти незамеченной мимо маяка, что трудно допустить, даже принимая во внимание пасмурность».
Почему были прекращены поиски именно тогда, когда оставался необследованным как раз наиболее вероятный район нахождения затонувшего броненосца, можно только догадываться. Скорее всего, видя, что ажиотаж вокруг пропавшего без вести броненосца начал понемногу утихать, флотское начальство предпочло заняться делами более насущными. В конце концов генерал-адмирал великий князь Алексей Михайлович объявил:
— Задействовав все возможные силы и средства, я убедился, что «Русалку» отыскать немыслимо, если на помощь не придет сверхъестественное счастье.
Поиски броненосца закончились, однако расследование по факту его гибели только набирало обороты. В начале особой комиссией был произведен анализ технического состояния погибшего корабля, итогом которого стал соответствующий акт. Документ гласил, что по своему состоянию «Русалка» была вполне пригодна для плавания в прибрежной зоне еще в течение 18 лет. В 1891 году «Русалка» была поставлена в док, где были произведены необходимые корпусные работы. Тогда же на броненосец поставили новые котлы, рассчитанные на работу в течение 8–9 лет. Водоотливные средства были в полной исправности, их было достаточно, чтобы удалять воду, которая собиралась в трюме через щели в броневых болтах. Из официального заключения следственной комиссии о техническом состоянии «Русалки»: «…Корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет, находится в той степени исправности, которая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде и имевшего возможность совершить свой переход к месту назначения и обратно при самых лучших условиях погоды… машина, котлы и водосливные средства… находились в исправном состоянии, которое само по себе, без содействия каких-либо побочных обстоятельств, не могло быть причиною гибели броненосца».