После предварительного расследования лично императором Александром III было велено назначить суд по делу «Русалки». В его состав вошли два военно-морских судьи, четыре временных члена в вице-адмиральских и контр-адмиральских чинах, в том числе начальник управления кораблестроения и старший морской флагман Балтийского флота. Председателем суда был определен опытнейший моряк вице-адмирал Пилкин 2-й. Обвинителем выступал младший флагман флота контр-адмирал Скрыдлов. Судебные заседания проходили в Кронштадте с 28 по 30 января 1894 года.
Старший судостроитель Глазырин, прекрасно знавший устройство и техническое состояние корабля, высказал на суде свое предположение, что причиной гибели «Русалки» могло стать попадание воды при особенно сильном волнении через люки в рубках, через закраины кожуха дымовой трубы и зазоры вращающихся орудийных башен. «Русалка» могла перевернуться, если из-за остановки машины ее развернуло бортом к волне. Сильный порыв ветра и мощный водяной вал могли положить ее на борт, вследствие чего броненосец должен был зачерпнуть бортом большую массу воды. Это еще более уменьшало его поперечную остойчивость. С верхней палубы, через имевшиеся отверстия, вода потоком лилась вниз. Нескольких минут было достаточно, чтобы ее скопилось столько, что при очередном крене она перелилась на подветренный борт и сместила центр тяжести корабля настолько, что он перевернулся и пошел ко дну.
Контр-адмирал Скрыдлов считал, что «Русалку» залило волнами в то время, как из-за порчи машины или повреждения руля она потеряла управление. При этом он допускал, что броненосец мог удариться об один из многочисленных камней в шхерах, по инерции пройти вперед и затонуть на глубине.
Взрыв парового котла, как и взрыв боезапаса, эксперты отвергли, поскольку все найденные вещи с «Русалки» были с верхней палубы и их смыло волнами. В случае взрыва были бы найдены и вещи из внутренних помещений.
Отвечая на вопросы обвинителя, контр-адмирал Бурачек заявил, что причиной гибели броненосца стала потеря капитаном 2-го ранга Иенишем ориентации из-за тумана, закрывшего маяки, что вынудило его уменьшить ход, а это сразу же увеличило воздействие на корабль ветра и волн. Командир изменил курс, вследствие чего корабль наткнулся на подводный камень.
30 января суд объявил предварительный приговор, а 14 февраля его окончательную редакцию, которая гласила: «Контрадмиралу Павлу Степановичу Бурачеку, 56 лет от роду, за недостаточную осторожность в выборе погоды для отправления броненосца „Русалка“ и лодки „Туча“ в море, противозаконное бездействие власти и слабый надзор за подчиненными объявить выговор в приказе, а командира лодки „Туча“, капитана 2-го ранга Николая Михайловича Лушкова, 39 лет от роду, за неисполнение приказаний начальника по небрежности и за противозаконное бездействие власти отрешить от должности…»
28 февраля 1894 года приговор утвердил император Александр III. 7 сентября 1902 года, в девятую годовщину гибели «Русалки», в Ревеле был открыт памятник погибшему броненосцу. Автором его стал известный скульптор Адамсон. Инициатором создания памятника выступил начальник Ревельского порта контр-адмирал Павел Вульф.
Столичный журнал «Нива» так описывал церемонию его открытия:
«7 сентября в г. Ревеле происходило торжественное освящение памятника морякам, погибшим на „Русалке“. В описываемый день еще с утра на берегу моря, на бульваре, стал собираться народ Море было особенно бурным и невольно напоминало своим грозным видом о той ненастной поре, когда погибла „Русалка“. Вокруг памятника был выстроен почетный караул из всех частей войск, находящихся в Ревеле. На первом фланге находилась прибывшая из Кронштадта депутация Учебно-артиллерийского отряда и 16-го флотского экипажа, к которым принадлежал экипаж погибшего броненосца В 12 часов дня к памятнику прибыли губернатор, адмирал Вульф, представители дворянства, города, всех учреждений и ведомств, учащиеся всех школ с учителями и родственниками погибших моряков. В половине первого, по прибытии министра Тыртова и адмирала Авелана, послышалась команда снять с памятника завесу. Наступил торжественный момент: полотно, прикрывающее монумент, было сдернуто, и взору собравшихся открылся памятник погибшим морякам».