17 флореаля (6 мая) Трибунал приговорил к смерти Фукье и еще пятнадцать обвиняемых, в том числе прежнего председателя Революционного трибунала Германа и судью Селье. Осужденные просили казнить их в тот же день, но было уже слишком поздно. Фукье-Тенвиль оставил записку: «Мне не в чем себя упрекнуть. Я всегда подчинялся законам. Я никогда не был креатурой ни Робеспьера, ни Сен-Жюста. Напротив, четыре раза я находился на грани ареста. Я умираю за свою родину без упреков и удовлетворенным, позднее признают мою невиновность».
В работах, авторы которых пытались опровергнуть «термидорианскую легенду» о Фукье, приводились его письма к жене, которые рисуют жестокого прокурора преданным супругом и отцом семейства, письма к нему как общественному обвинителю, письма-просьбы за родных и близких, друзей, выражающие уверенность в его беспристрастии, в том, что он не покарает невиновных. (Стоит ли эту уверенность, выражавшуюся в разгар террора, принимать за чистую монету?) Предпринимались изыскания с целью доказать, что вовсе не Фукье-Тенвилю принадлежала мысль воздвигнуть в зале заседания Революционного трибунала платформы, на которых было бы возможно разместить одновременно 150 подсудимых, что, мол, эта идея принадлежала председателю Трибунала Дюма и что платформы вдобавок были разрушены почти сразу после их сооружения. (Доказательствами считаются письменные показания Фукье-Тенвиля, когда он сам сидел в тюрьме, ожидая неминуемых суда и казни…)
Большего внимания заслуживают отдельные свидетельские показания, поскольку они никак не могли быть продиктованы желанием угодить судьям, крайне враждебным Фукье. Вдова буфетчика Трибунала заявила о Фукье: «Он облегчал положение несчастных заключенных». Бывший секретарь отдела прокуратуры Революционного трибунала В.-Д. Дюшато, занявший в реорганизованном после термидора Трибунале должность судебного исполнителя, показал на процессе: «Я видел Фукье, принимавшего участие и выказывавшего много милосердия в отношении отцов отчаявшихся семей, которые ходатайствовали за своих детей, арестованных за какие-то сказанные ими слова». Показание члена Конвента Мартеля: «Я видел Фукье действующим в соответствии с принципами справедливости и гуманности. Я поддерживал связи с ним, чтобы спасти жизнь невиновных».
Некоторые историки считали, что на процессе дантонистов Фукье действительно хотел заслушать свидетелей, вызова которых добивались подсудимые и показания которых могли повлиять на ход процесса, но этому помешал Сен-Жюст, добивавшийся принятия Конвентом закона, который позволял Трибуналу прекращать прения. Эти историки упоминают дело 94 жителей Нанта, уцелевших из группы в 132 человека, которые были отправлены Каррье в Париж в конце ноября 1793 года, но предстали перед Революционным трибуналом уже после термидора, в сентябре 1794 года. Председатель Трибунала Герман, ознакомившись с выдвинутыми против них обвинениями, считал неизбежным их осуждение и беспокоился только о том, удастся ли послать такое большое число людей на гильотину в тот же день, а заставлять их целые сутки томиться в ожидании казни противоречило, как он докладывал членам Комитета общественного спасения, «нашим принципам». Между тем Фукье целых семь месяцев 1794 года оттягивал появление жителей Нанта перед Трибуналом, считая, что не представлены достаточно веские доказательства их вины. Так уверял Фукье, когда сам предстал перед судом, и его заявление подтверждает в своих показаниях секретарь отдела прокуратуры Революционного трибунала. В случайных разговорах со служанками в буфете или в признаниях матери, в словах, оброненных дочери, Фукье говорил о том, что он тяготится своими зловещими обязанностями и если бы смог, то подал в отставку.