После разрушения города начального периода Иерихон несколько сдвинулся к югу холма. Ханаанейские стены возведены в III–II тысячелетии до н. э. Факт разрушения Зеллин соотнес с нашествием "четырех царей Востока" (Кн. Бытия, гл. 14). Двойная защитная стена Иерихона — исключение для Палестины, но у хеттов и греков это обычный способ защиты: взяв первую стену (она называлась протейхизма), враг попадал в "каменный мешок". Правда, ни хеттов, ни греков в то время на исторической арене не наблюдалось.
В Ханаанейском Иерихоне просматриваются эгейские и вавилонские мотивы, хотя в основном он самобытен. Погребений этого периода в городе не обнаружено. Разрушен был Иерихон с востока (где уничтожена вся городская стена) и подожжен (всюду следы пожара), после чего некоторое время оставался почти необитаемым. Зеллин посчитал, что на этот раз Иерихон был разрушен израильтянами. Впрочем, часть населения продолжала жить в Иерихоне, и это археология связывает с позднеханаанейским периодом. Период характеризуется так называемой наколотой керамикой. В израильскую эпоху в городе еще долго оставались ханаанейцы, пока целиком не ассимилировались с завоевателями. Собственно израильский слой в Иерихоне сам Зеллин датировал XI–IX веками до н. э.
Израильский период характеризуется необычайным оживлением всей жизни города. Сказывалось влияние связей с арамейскими областями. Поверх разрушенных стен сооружены лестницы, возведена новая импозантная стена… Построен дворец «Хилани» в хеттском стиле. Город заполнила разноцветная разнообразная керамика, даже стилизованная под металл. Дворец и стену израильского Иерихона строил Хиль из Бет-Эля, вероятно, наместник царя Ахава. Ахав, как известно, отрекся от Яхве и предался язычеству. Хиль ему ни в чем не уступал: в стены новых построек он замуровал живыми двух своих сыновей — самого старшего и самого младшего — в качестве жертвы. Иерихон сделался центром значительной области, а крепость защищала от моавитян.
В израильском Иерихоне раскопаны погребения во дворах домов. При костяках обнаружены глиняные сосуды. Дети погребались под полом Домов.
В конце VIII века до н. э. царство израильское погибло (722 год). Были разрушены стены израильского Иерихона. Но город не прекратил своего существования. Над ним два свои периода — ранний и поздний — прожил иудейский Иерихон. Город уже не был укрепленным, но в нем кипела жизнь. Ранний иудейский город находился у восточного склона холма. Иерихон торговал через финикийские гавани с Кипром и Египтом. Среди находок встречаются кипрские вазы, индийская керамика, аттические и эллинские сосуды, амулеты, божки и демоны. Иудейский город был разрушен вавилонским царем Навуходоносором, напавшим внезапно: в домах осталось много утвари. Город был сожжен, и толпы людей уведены в плен. Новый Иерихон стал отстраиваться на севере (в пределах прежнего).
При Артаксерксе III Охе опять были уведены в плен все жители. Жизнь на холме прекратилась (350 год дон. э.). До середины II века до н. э. маккавейский город находился в 2–3 километрах на северо-запад от холма. С конца II века Иерихон опять оживает, правда, тоже не на холме, а у Вади-Кельт. И снова он был разрушен в 70 году I века н. э. Веспасианом. И снова при Адриане восстановлен. Тогда еще «живы» были развалины «Хилани», которые почитались, как "дом Раав". И хотя этот дом более поздний, его представляют домом предательницы города, которая помогла Израилю.
В 614 году жители перестали, наконец, показывать гостям достопримечательности: город разрушили персы. Сохранились византийские остатки — например, гончарная печь. Осталось великое множество посуды — керамической, стеклянной, бронзовой, железной… И много всякого другого: Византия была богата.
Город существовал и в VII–IX веках. Существовал и позже. С XIII века в нем был мусульманский поселок, который в середине XIX века снес Ибрагим-Паша… Но жизнь на холме не прерывалась: осталась деревня Эриха…
Дальнейшие события были сопряжены с новыми открытиями. Случайно разорвавшаяся на холме в 1918 году граната помогла доминиканцам из Библейской школы в Иерусалиме раскопать древнюю синагогу VI века н. э. На ее полу они обнаружили мозаику, которая изображала Даниила во рву со львами и другие сюжеты из библейской истории. Вход в синагогу охраняли два огромных животных — лев и бык. Доминиканцы не придали им какого-либо значения, но научный мир был потрясен: спустя два-три тысячелетия иудаизм помнил и чтил львов Ассирии и золотого тельца!
С 1929 года раскопки в Иерихоне вел англичанин Джон Герстенг. Он обнаружил нижние слои поселения каменного века! Люди, не знавшие керамики, уже в IV тысячелетии до новой эры вели оседлый образ жизни. Но оказалось, и это не предел. Следующее открытие сделала Катли Кэньон в 1953 году. Именно тогда об Иерихоне заговорили, как о древнейшем городе мира. Кэньон обнаружила город, который датировался VIII тысячелетием до новой эры. А под ним — руины стойбища так называемой натуфийской культуры, потомков и преемников которой и считают строителями первого города на земле. Поэтому поселение, обнаруженное Кэньон, стали называть "городом докерамического неолита А", обнаруженное Герстенгом — "городом докерамического неолита В".