Второе возвышение Фив и возвращение им статуса столицы происходит в начале XVIII династии в связи с тем, что борьбу против гиксосов, закончившуюся их изгнанием, возглавили фиванские правители — (братья?) Секененра, Камее и Яхмес (Амасис) 1, царствовавшие последовательно примерно с 1580 по 1557 г. до н. э.
В Новом царстве быстро происходит слияние культов Амона и Ра, возникает божество Амон-Ра; в то же время продолжают существовать культы Ра и Амона как «самостоятельных» ипостасей. Амон(-Ра) объявляется творцом мира, он — отец отцов и всех богов, поднявший небо и утвердивший землю образ единственный, создавший всё сущее. В Древнейших космогонических мифах он отныне выступает как главный персонаж, при этом разные космогонии часто сливаются воедино: вышли люди из (слёз) его глаз, стали боги из его уст (т. е, были сотворены его Словом), — говорится в гимне. Он — самый могущественный бог, царь над всеми богами, владыка мира, отец и покровитель фараонов.
Изображался Амон в виде человека в короне «атеф» — короне из двух высоких перьев, и в виде барана; священные животные Амона — баран и белый гусь. Амон-Ра изображался в виде человека в короне «атеф» и с солнечным диском; священные животные — баран, белый гусь, змея. «Вместилищем души» Амона-Ра считались бараноголовые сфинксы (аллея бараноголовых сфинксов вела в Большой Храм Амона-Ра — главный храм Карнакского храмового комплекса), облик которых заключает в себе символику: баран — символ плодородия и священное животное Амона, львиное тело — тело египетских сфинксов, которые, помимо прочего, связывались с Ра и солнечным культом. Супругой Амона(-Ра) считалась богиня Мут, их сыном — Хонсу, лунное божество и бог времени. Амон(-Ра), Мут и Хонсу составляли Фиванскую Триаду. Культ Амона широко распространился за пределами Египта.
Текст Птолемеевского периода сообщает поздний компилятивный космогонический миф. Согласно ему, «в начале мира существовал змей по имени Кем-атеф (ипостась Амона), который, умирая, завещал своему сыну Ирта создать Великую Восьмёрку. Возникнув, Восьмерка отправилась в путь к низовьям Нила, в Гермополь, чтобы там породить бога Солнца, а затем в Мемфис и Гелиополь, где она породила Птаха и Атума. Завершив эту великую миссию, восемь богов вернулись в Фивы и там умерли. Богов похоронили в МединетАбу (совр., егип. Джеме), в храме их создателя Кематефа, и учредили там культ умерших.
Таким образом решили жрецы Амона вопросы творения, подчинив все существовавшие ранее концепции возникновения мира и богов Амону, который в гелиопольской космогонии отсутствовал вообще, а в гермопольской играл лишь третьестепенную роль».
Сведения о космогонических мифах Додинастического и Раннединастического периодов восстанавливаются по содержащимся в более поздних источниках обрывочным и хаотическим фрагментам, которые сохранили следы древнейших представлений, и по иконографии богов на поздних изображениях.
Один из самых древних богов, почитавшихся в долине Нила, — Хор (Гор): сокол, летящий сквозь мировое пространство; левый глаз Хора — Луна, правый — Солнце; очевидно, с полётом сокола связывались смены времён года и времени суток. Вместе с Хором почитался аналогичный ему бог неба и света Вер (Ур). Образ солнцеокоп птицы очень сильно повлиял на мифы, религиозные представления и верования, которые складывались позже: боги с именем Хор или производными от него (Хор — сын Исиды, Хор Бехдетский, Харсомт и др.) часто изображались в виде сокола, бог Pa — в виде сокологолового человека, во многих текстах Солнце и Луна называются глазами Ра или Амона(-Ра):
«Во многих сказаниях в роли божества, рождающего Солнце и творящего мир, выступает животное или птица. Так, сохранились следы предания, по которому считалось, что Солнце было рождено в виде золотого телёнка небом, которое представлялось огромной коровой с рассыпанными по всему её телу звёздами. Ещё «Тексты Пирамид» говорят о «Pa, золотом телёнке, рожденном небом», а позднейшие изображения показывают эту Небесную Корову с плывущими по её телу светилами.
Отклики этого сказания, бывшего, повидимому, некогда одним из основных египетских мифов о происхождении мира, мы находим и в других текстах и на ряде изобразительных памятников, причём иногда миф о Небесной Корове сохраняется в переработанном виде, а иногда он даже сплетается с Другими сказаниями. Так, Небесная Корова встречается в сценах рождения солнечного младенца из лотоса: на многих ритуальных сосудах видны две Небесные Коровы, стоящие по сторонам лотоса, на котором сидит новорожденное Солнце. Упоминание о Небесной Корове сохранилось и в тексте, повествующем о том, как непосредственно после своего появления на свет солнечный младенец «сел на спину Небесной Коровы Мехет Урт и поплыл по горизонту».» Долгое время существовало представление о ежедневном рождении и умирании Светила. Согласно ему, богиня неба Нут, принимая облик коровы Мехет Урт, утром рождает золотого телёнка (розовый цвет зари — это кровь богини при родах); за день телёнок взрослеет, становится Быком-Ра; вечером Бык совокупляется с Небесной Коровой — Нут, после этого богиня проглатывает солнечного Быка, а утром рождает опять, и всё повторяется; с этим представлением связаны распространённые эпитеты Ра «Бык своей матери» и «Тот, кто воскресает в своём сыне». «Пережитки древнейших представлений о том, что зачатие происходит и в результате проглатывания живут очень долго в религии исторического Египта, и вплоть до поздних периодов мы встречаем изображение небесной богини, утром рождающей Солнце, а вечером проглатывающей его, чтобы, вновь зачав, вновь родить его на рассвете следующего дня», а египетские фараоны, «уподобляясь Солнцу Ра, Изображают себя сынами Небесной Коровы то в виде младенца, сосущего её молоко, то в виде зрелого мужа, стоящего под её защитой.