Разумеется, каждый из этих двенадцати монастырей имел особую историю, иногда уходившую, как говорится, «во тьму веков». Наиболее древними из них были три. В Вологодской епархии – Успенский Горний монастырь, основанный в 1560 году (по другим данным, он был создан в 1590 году при царе Феодоре Иоанновиче); в Архангельской епархии – Холмогорский Успенский и Шенкурский Свято-Троицкий монастыри, точное время основания которых неизвестно, поскольку они сформировались из женских общин, существовавших задолго до придания им статуса женских обителей.
Официальной датой основания Холмогорского Свято-Успенского монастыря считается 1687 год, когда на месте странноприимницы, основанной первым архиепископом Холмогорским и Важским Афанасием (Любимовым), был образован женский монастырь, первой настоятельницей которого стала мать владыки, инокиня Марфа. Однако имелись сведения о том, что женская монашеская община в Холмогорах существовала с XVII века, то есть еще до учреждения Холмогорской и Важской епархии – хотя о том периоде ее деятельности не сохранилось ни письменных, ни устных известий. Автор «Исторического описания Холмогорского монастыря», диакон А. Фирсов, упоминает, что община была основана по благословению некоего новгородского митрополита, предположительно – митрополита Никона (впоследствии патриарха), который «в 1652 году, проездом в Соловецкий монастырь, был несколько дней в Холмогорах» [52]. В связи с этим предположительным временем основания женской монашеской общины в Холмогорах мог стать 1652 год. Впрочем, с учетом того, что ко времени, когда архиепископ Афанасий основал в Холмогорах монастырь, эта община распалась, правильнее считать датой открытия Холмогорской женской обители все-таки именно 1687 год.
Датой основания Шенкурского монастыря считается 1664 год, когда инокиня Марфа получила от царя Алексея Михайловича разрешение на его открытие, а митрополит Питирим назначил ее первой игуменьей обители. Однако женская монашеская община в Шенкурске появилась намного раньше, в 1637 году. Так что некоторые из женских обителей Архангельской и Вологодской епархий существуют уже на протяжении многих столетий, а истоки их восходят к XVI – XVII векам.
Судьбы северных женских монастырей складывались непросто. Роковую роль в истории некоторых из них сыграла секуляризационная реформа 1764 года, проведенная императрицей Екатериной II, в результате которой из всех русских обителей уцелела лишь пятая часть. Так, мужской Устюжский Иоанно-Предтеченский монастырь, по преданию, основанный в XIII веке крещеным татарским баскаком по имени Буга – впоследствии он прославился как праведный Иоанн Устюжский, – в 1764 году был преобразован в женский. Сюда перевели сестер из закрытого Спасо-Преображенского Великоустюжского монастыря. В те же времена и по тем же причинам в Вологодской епархии имел место случай, когда в одном женском монастыре оказались сразу две монашеские общины, причем каждая – со своей игуменьей. Так, в 1768 году в Устюжский Иоанно-Предтеченский монастырь перешли шестнадцать монахинь из закрытого Тотемского Богородицкого монастыря, во главе с игуменьей Марией. В результате в стенах одного монастыря до 1771 года, когда умерла «заштатная» игуменья Мария, существовало две монашеские общины – «штатная» и «заштатная».