25 апреля султан переправился через Босфор и прибыл в Ускюдар. В тот же день войска выступили в поход. Через несколько дней Мехмед II почувствовал резкие боли в брюшной полости. Недомогание сделалось столь серьезным, что движение войск пришлось прекратить. Был разбит лагерь у г. Гебзе на берегу Измирского залива. Один из врачей султана, Хами-дуддин аль-Лари, очевидно, ошибся в выборе лекарства, потому что после его приема у Мехмеда наступило резкое ухудшение. Обязанности лечащего врача принял на себя еврей Якопо, который следил за здоровьем Мехмеда с детства, однако и он уже бессилен был что-либо сделать. На следующий день, 3 мая 1481 г. «в двадцать втором часу», как пишет Анджолелло, султан скончался.
Султан Мехмед Фатих на бронзовом медальоне
Великий визирь Мехмед-паша решил держать смерть султана в тайне, чтобы его покровитель, принц Джем, смог скрытно выдвинуть свои силы против старшего брата Баязида и захватить трон. На момент смерти Мехмеда II оба брата исполняли обязанности губернаторов провинций в Анатолии. Баязид сидел в Амасье, а Джем в Конье. Мехмед-паша велел положить тело Фатиха в карету, двери которой опечатали и поспешили вместе с ней в Стамбул. Войску было объявлено, что султан заболел. Одновременно Мехмед-паша отправил нарочного с депешей к Джему. Это вызвало подозрение у янычар, которые поддерживали Баязида, и они пришли к дворцу Топкапы, потребовав, чтобы к ним вышел султан. Когда тот не появился, янычары ворвались на территорию дворца через главные ворота и обнаружили бездыханное тело султана, охраняемое слугами великого визиря. Придя в ярость, янычары растерзали Мехмеда-пашу, после чего с криками «Да здравствует Баязид!» промаршировали по улицам города, неся отрубленную голову визиря на пике.
Исхак-паша известил о случившемся Баязида, который прибыл 20 мая в Стамбул под восторженные возгласы янычар. Тем временем Исхак-паша заручился поддержкой командира янычар Синана-Аги, и они вдвоем провозгласили Баязида султаном, опоясав его мечом Османа. На следующий день состоялись похороны Мехмеда II, и новый султан наравне со всеми сановниками нес гроб с телом своего отца к мечети Фатих Джами. Там Фатиха похоронили в мавзолее, который он заранее построил для себя рядом со своей мечетью. Баязид возглавил траурную процессию, в которой приняло участие двадцать тысяч плакальщиков, включая две тысячи дервишей, до рассвета молившихся за упокой души Мехмеда II.
Николо Коко, венецианский посол, оповестил дожа Джованни Мочениго о смерти Фатиха. Курьер прибыл в Венецию 19 мая как раз в тот момент, когда происходило совещание Синьории, государственного совета, на котором председательствовал дож.
Османские воины
Посланец ворвался в зал для совещаний с радостным криком: «Великий орел мертв!». Джованни Сагредо написал об этом историческом моменте два с лишним века спустя: «Христианскому миру и Италии повезло, что смерть остановила свирепого и неукротимого варвара». Дож, в свою очередь, отрядил нарочного в Рим, чтобы известить Папу Сикста IV, который распорядился палить из пушек и звонить в колокола, дабы обрадовать все население, а затем во главе торжественной процессии отправился в церковь Санта Мария дель Пополо. Его сопровождали весь сонм кардиналов и все послы. С наступлением темноты были устроены грандиозные фейерверки, во всех храмах города были совершены службы благодарения. Нечто похожее повторилось затем по всей Италии, а затем и во всей Европе по мере распространения слухов о том, что «Великий Турок» перешел в мир иной. Мехмед Завоеватель умер, и христианской Европе больше не нужно было его бояться.
После смерти своего отца Фатих правил в течение тридцати лет. Он скончался, когда ему было сорок девять лет. Почти весь этот период занимали войны. Как писал в биографии Завоевателя секретарь Мехмеда II Турсун-бей, кроме благодатного подарка, каким явилось завоевание Константинополя, Фатих отобрал у врагов своего величества двадцать или более независимых стран».
Помимо оборонительных стен и ворот дворца Топкапы, единственным зданием, которое сохранилось в неизменном виде со времен Фатиха, является Чинили Кёшк (Изразцовый Киоск), строительство которого было завершено в 1472 г. Эта постройка в персидском стиле возвышается на террасе, расположенной ниже Второго двора Топкапы, с западной стороны. Сооружение было спроектировано таким образом, чтобы Фатих мог наблюдать за тем, как придворные пажи играли на террасе в джирит – игру, в которой всадники пытаются попасть друг в друга дротиками. Один хронист рассказывает о том, как султан веселился там, наблюдая, как его пажи играют в снежки на террасе. Сюда же для показа султану приводили животных из его зверинца. Больше всего Фатиху нравилось смотреть на дрессировку львов. В посвятительной надписи на персидском языке купол киоска, украшенный звездами, сравнивается с небосводом, а сам павильон с небесной обителью, которая возвышается до самых созвездий.