Историки конца XIX – начала XX в. (В. О. Ключевский и С. Ф. Платонов) полагали, что такая аристократическая Боярская дума стремилась к ограничению верховной власти и пыталась опереться на свои прежние владельческие права. Против этой силы, как считал С. Ф. Платонов, и была направлена опричнина Ивана Грозного. Это объяснение опричнины принято называть антибоярской концепцией. Исследования С. Б. Веселовского и его последователей доказали, что борьба боярств против централизации – это миф. Уже в XV в. многие бояре-княжата, потеряв земли в родовом уделе, приобрели их в других областях. Возврат к удельным временам ставил их интересы под угрозу.
Знаменитый спор Ивана Грозного и бывшего сподвижника царя, а затем беглеца в Литву князя Андрея Михайловича Курбского шел не о централизации России, а о путях развития этого процесса. Царь писал, что имеет наследственное право действовать по своему произволу – «А жаловать есмя своих холопей вольны, а и казнить вольны же», – писал Иван Грозный. Курбский же был сторонником прежних традиций, свойственных политике московских князей XIV в. – уважения к боярству, деятельного и совещательного участия бояр в управлении, которые противопоставлял безжалостному и беспричинному террору Грозного.
В то же время нельзя говорить о боярстве как о безынициативной и слабой социальной группе, интересы которой ограничивались несением государевой службы и ожиданием пожалований. Активная роль бояр в управлении Московским княжеством, пик которой приходится на период малолетства Дмитрия Донского, выработала у боярства определенные представления о своей роли в политической иерархии государства. Политическое самосознание «сильных в Израили» (выражение Курбского) тесно связано с идеями государевой службы, значение которой было обусловлено представлениями о священном характере власти монарха. Давнее сотрудничество бояр с государями выработало ряд традиций, через которые не могла переступить даже воля монарха. Одна из них – местничество. Сложнее обстояло дело с другими правами московского боярства, уходившими корнями в начальные этапы его формирования. Так, традиционное для XIV в. право «отъезда» бояр и слуг, т. е. перемены ими государя, стало рассматриваться Иваном III во второй половине XV в. как измена. Уходила в прошлое и практика смелого, открытого диалога между боярами и государем.
Итогом ломки прежних отношений между государем и боярством стала ситуация, обрисованная австрийским послом ко двору Василия III бароном Сигизмундом Герберштейном: «Все они называют себя холопами, т. е. рабами своего государя». И все же отношения между государем и боярством, несмотря на укрепление абсолютистских тенденций при Иване III, Василии III и особенно Иване IV, продолжали сдерживаться традицией, посягнуть на грубое нарушение не могли и государи. Традиция предполагала в том числе и защиту бояр от необоснованных опал и казней. Этим объясняется та усиленная деятельность Ивана Грозного по созданию видимости «справедливого суда» над изменниками, который сопутствовал опричным опалам и казням.
Опричнина Ивана Грозного нанесла жестокий удар по боярству, пожалуй, наибольший, нежели по другим социальным слоям Российского государства. По подозрению в измене уничтожались выдающиеся деятели, чьи успехи и достижения вызывали ревность и гнев царя. Итогом ее стала политическая деградация боярства. В Смутное время, получив в свои руки государственную власть, боярское правительство (Семибоярщина) не сумело справиться с этой ношей и поспешило сдаться перед польской интервенцией.
После опричнины Ивана Грозного и событий Смутного времени большинство «сильных» родов попросту вымерли. Их места занимали представители провинциального дворянства, родичи царских жен и видные выдвиженцы, лишь волею государя вознесенные из «худородства» в состав Боярской думы. Таким образом, генеалогический состав боярства постепенно изменялся в сторону преобладания «худородных» по меркам XVI в. фамилий. Одновременно с этим, укрепление российского абсолютизма при царе Алексее Михайловиче все более и более превращало Боярскую думу в рабочий аппарат управления, лишая ее какой бы то ни было самостоятельности. Однако по-прежнему боярство вплоть до петровской ломки государственного уклада Российского государства являлось ведущей политической силой, без которой царь не мог вести гражданское управление или военные действия.
Занимая высшие ступени в государственной иерархии, боярство стремилось извлечь из своего положения максимальную пользу. Не случайно в XVII в. бояр называли «сильными людьми» и безуспешно жаловались государю, что на «сильных людей» нет управы. Имея в руках рычаги управления страной (возглавляя приказы, управляя городами и осуществляя суд), бояре имели возможность бесконтрольного обогащения. Лишь самые богатые или, напротив, религиозные и совестливые могли позволить себе не брать «посулов», взяток, подношений и т. д. Например, владелец огромных вотчин (9083 крестьянских двора) князь Михаил Яковлевич Черкасский славился своей неподкупностью и в 1697 г. был отправлен воеводой в Тобольск. Царь был уверен, что боярин не разорит сибиряков поборами. Современник Черкасского, боярин князь Никита Семенович Урусов, обладавший гораздо меньшим состоянием, напротив, активно использовал воеводство на Двине. Поборы воеводы в фантастическую по тем временам сумму в 1500 рублей с уезда и 550 рублей с города в год были не по силам даже богатым двинянам. Характерно, что в ответ на злоупотребления воеводы (а Урусов не только грабил двинян, но и приказывал недовольных избивать батогами) царь лишь запретил ему брать чрезмерные поборы, но никакого наказания не возложил. Для русского Средневековья практика, когда воевода кормился поборами с местных жителей, была обыденной, и часто царь определял отличившихся бояр или служилых людей на «хлебные» воеводства в качестве награды.
Несчастное население было вынуждено сверх установленных налогов и податей кормить еще и ненасытного воеводу, на которого, если тот был боярин, «и управы сыскать было не мочно». Но когда чаша терпения переполнялась, орудием мести становился бунт. В 1547 г. ненавистного народу боярина князя Ю. В. Глинского разъяренная толпа нашла в Успенском соборе. Не смущаясь святостью этого места, боярина выволокли на Соборную площадь и убили. Глинского не спасло даже то, что он приходился родным дядей юному царю Ивану IV. Спустя сто лет другой юный царь Алексей Михайлович со слезами «отмолил» у бунтовщиков жизнь своего любимого «дядьки» (воспитателя) Б. И. Морозова. Морозова срочно отправили в ссылку, подальше от народного гнева, но его приспешников, грабивших народ, Леонтия Плещеева и Никифора Траханиотова, царь был вынужден отдать москвичам на расправу. Кровавый след в истории многих знатных родов оставили события стрелецкого восстания в мае 1682 г. Тогда взбунтовавшиеся стрельцы изрубили боярина А. С. Матвеева, князей Ю. А. и М. Ю. Долгоруковых, князя Г. Г. Ромодановского, бояр И. К. и А. К. Нарышкиных и многих других. Припомнили им не только принадлежность к клану Нарышкиных, врагов старообрядчества, но и многочисленные притеснения и поборы. Впрочем, правящее сословие такие жестокие уроки быстро забывало. Потому и XVIII в. оказался не менее «бунташным», чем его предшественник.