Планам большевиков покончить с исламом и мусульманским духовенством к 1943 г. помешала война. Государство, понимая огромную роль религии в деле мобилизации народных масс, постепенно начало сворачивать антирелигиозную борьбу, в авангарде которой все эти годы был Союз воинствующих безбожников, возглавлявшийся Е.Ярославским (Губельманом). К концу войны в организационной структуре мусульманской общины СССР произошли значительные перемены: Центральное Духовное Управление мусульман России и Сибири в 1948 г. было переименовано в Духовное Управление мусульман Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). Одновременно создаются региональные управления мусульман: Средней Азии и Казахстана (в Ташкенте), Северного Кавказа и Дагестана (в Махачкале) и Закавказья (в Баку). В целом, характеризуя доперестроечный период деятельности духовных управлений мусульман СССР, можно сказать, что ислам в советскую эпоху утратил значение влиятельной социально-политической и правовой силы, трансформировавшись в средство соблюдения определенных религиозных обрядов и ритуальной практики.
Этап жесткого контроля государства над религией (что до сер. 80—х гг. было закреплено в однолинейной реализации принципа отделения церкви от государства) на рубеже 80 – 90-х гг. перешёл в стадию равноправных и партнерских отношений. Государство, чутко улавливая ход начавшегося процесса легитимизации религии и религиозного сознания в российском обществе, находит адекватные меры и решения: в августе 1989 г. в Москве, Казани, Уфе, Оренбурге и Астрахани состоялись торжества по случаю 1100-летия принятия ислама населением Татарстана и Башкортостана и 200-летия образования Магометанского духовного собрания; в 1992-1994 гг. Духовное управление мусульман СНГ и стран Балтии (правопреемник ДУМЕС), а также образованное в 1994 г. Духовное управление мусульман Центрально-Европейского региона России (Московский муфтият) получили из средств федерального бюджеты целевые дотации на восстановление и ремонт храмов; открывались новые медресе и исламские колледжи; были устранены все преграды для свободного совершения религиозных ритуалов и обрядов и, прежде всего, хаджа; по каналам телевидения и радио в дни крупных исламских праздников проводится трансляция религиозных церемоний – Ураз-байрама и Курбан-байрама.
Возвращаясь к поставленной в заглавии проблеме равенства двух основных для России вероучений и религий можно, однако, вслед за шейхом Равилем Гайнутдином – Председаталем Духовного управления мусульман Центрально-Европейского региона РФ – констатировать: «…Ислам как был, так и остается «терпимой религией», которую российское руководство старается «не замечать». Равноправие религий, которое должно существовать и юридически, и фактически, сегодня не обеспечивается». Это резкое заявление одного из наиболее авторитетных представителей мусульманского духовенства, яркого поборника истинной свободы совести и вероисповеданий, выглядит более чем оправданным и своевременным, поскольку продиктовано заботой не только о религиозных правах каждого верующего мусульманина, но и будущностью российской демократии, как советского государства. Действительность сегодняшнего дня свидетельствует, что статья 14, часть I: «Российская Федерация – светское государство. Никакая религия не может устанавливаться в качестве государственной и обязательной» фактически имеет декларативных характер. Более того, по мнению некоторых авторитетных аналитиков, занимающихся изучением религиозной ситуации в России, существует реальная опасность возникновения некоего симбиоза Русской православной церкви (РПЦ) с государственной властью. Это легко заметить из таких фактов, как показное участие высоких государственных чиновников в различных церковных мероприятиях; явный приоритет в строительстве православных культовых объектов; официальный прием иерархов РПЦ в высших военных кругах; их присутствие (без участия представителей иных конфессий) в президиумах торжественных мероприятий; освящение официальных актов (например, подписание недавнего союзного соглашения между Россией и Белоруссией).
Между тем роль мусульман (и соответственно татар) в истории России очень существенна. Это показала, например, последняя Отечественная война, в которой сражались за СССР сотни тысяч татар. Многие из них так и не вернулись домой. Знаменательно поэтому, что отмечая на Поклонной горе 50-летие Победы над фашизмом, бок о бок встали в мемориальный комплекс православный храм, мечеть и синагога.