Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.
Наиболее важной проблемой было командование ополчением. В нем практически не оказалось знати. Среди руководителей ополчения были два боярина — Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий, но боярство их было липовое: в бояре их произвел Тушинский вор. Прокопий Ляпунов имел более низкое звание — думный дворянин, но он получил его законным путем. По уму и энергии Ляпунов существенно превосходил обоих «тушинских бояр». После долгих споров решено было сделать главными воеводами ополчения всех троих. Такое решение существенно ослабило ополчение как с военной, так и с политической точки зрения.
В апреле 1611 г. Ляпунов, Заруцкий и Трубецкой привели ополчение к присяге, в которой говорилось: «Стоять заодно с городами против короля, королевича и тех, кто с ними стакнулся; очистить Московское государство от польских и литовских людей; не подчиняться указам бояр с Москвы, а служить государю, который будет избран землей».
В ополчении возник постоянно действующий Земской собор. Собором было выбрано «правительство», которое, естественно, возглавили три главных воеводы ополчения. В противовес бездействующим московским Приказам при ополчении были созданы свои Приказы (нечто вроде современных министерств).
Власть «подмосковного правительства» признали 25 городов, в том числе Нижний Новгород, Ярославль, Владимир, Переславль-Залесский, Ростов, Кострома, Вологда, Калуга и Муром.
К сожалению, ни Земский собор, ни «правительство» не смогли не только предложить достойного кандидата на московский трон, но даже определить порядок избрания царя.
Прокопий Ляпунов оказался в чрезвычайно сложном положении. Он прекрасно понимал, что его, простого рязанского дворянина, никогда не выберут в цари. Выбирать на престол кого-нибудь из бояр, сидевших в Москве, то есть фактических врагов ополчения, не хотели ни Ляпунов, ни большинство ополченцев.
Трубецкой активно лез в цари, но ему тоже не хватало знатности, да еще не было ни ума, ни способностей. К трону рвался и «боярин» Заруцкий. Лихой казак хотел получить шапку Мономаха через постель. Заруцкий поселил свою «подругу» Марину Мнишек в Коломне и часто наведывался к ней. Свою же законную супругу «боярин» упек в монастырь. Заруцкий понимал, что агитация за себя самого или даже за Марину вызовет возмущение ополчения. Поэтому он через подставных лиц начал агитировать за «воренка» Ивана, сына Марины и Тушинского вора.
Узнав о планах Заруцкого, патриарх Гермоген немедленно разразился «обличениями». Он написал несколько грамот к воеводам ополчения, чтобы они не выбирали на царство «проклятого Маринкина паньина сына». На всякий случай патриарх продублировал это предостережение в грамотах в Нижний Новгород, Казань и другие города, добавив призыв «отвергнуть воренка». если казаки выберут его на царство «своим произволом».
В такой ситуации Ляпунов решил вступить в сношения со шведским королем, чтобы прозондировать возможность возведения на престол его сыновей — старшего Карла-Филиппа или младшего Густава-Адольфа. К шведам поехал воевода Василий Иванович Бутурлин.