В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но в 1597 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. Одновременно начались и боевые действия в Эстляндии, которые шли до 1608 г. с переменным успехом.
Сигизмунд III успел поссориться и с запорожскими казаками. На сейме 1590 г. король потребовал ограничить число казаков шестью тысячами человек, подчинить их коронному гетману, воспретить продажу простонародью пороха, свинца и оружия в Киевской земле и т. д. Ответом стало первое большое казацкое восстание. Его возглавил православный шляхтич Кристоф Косинский. 23 января 1593 г. под местечком Пятка вблизи города Чуднова казаки Косинского встретились с польским войском под началом Константина Острожского. Сражение длилось целую неделю и закончилось подписанием мирного соглашения.
Но вскоре боевые действия возобновились. Сейм 1593 г. постановил «считать казаков врагами отечества». В конце лета того же года на мирных переговорах в городе Черкассы Косинский был предательски убит слугой князя Александра Вишневецкого. Тем не менее при заключении мира панам пришлось пойти на уступки казакам. Но гибель Косинского стала не концом, а началом казацких войн.
Так закончился XVI век. Польша и Литва вступили при Сигизмунде III в новую эпоху. Сигизмунд ухитрился насмерть поссориться со шведами, а через несколько лет он на много столетий, если не навсегда, поссорит поляков с Россией.
Внутри страны король объявил войну православной церкви и казакам. Если раньше между русскими, литовцами и ляхами шли споры за различные привилегии, то теперь вопрос стоял по-другому — быть или не быть православной вере, русскому языку и вообще русским людям. У них оставалось три выхода: погибнуть, ополячиться или сломить шею Речи Посполитой.
Но не меньшую, чем королевская власть, роль в жизни Речи Посполитой и в Смуте в России сыграли польские и литовские паны, точнее польские и западнорусские паны. Полное окатоличивание и ополячивание русских князей и дворян произойдет лишь в 20-х — 40-х годах XVII века.
Крупные магнаты Речи Посполитой обладали неограниченной полнотой власти в своих владениях. Они содержали «частные армии» (этот термин использовали еще русские историки XIX века), которые были зачастую соизмеримы по численности с королевским войском. Магнаты периодически вели самостоятельно внешнюю политику. Польский король мог иметь «вечный мир» с соседним государством, а пограничный магнат — вести с этим государством войну.
Естественно, что из польских панов нас интересует больше всего семейство Мнишков. Начну с того, что Мнишки были не поляки а чехи и поселились в Польше сравнительно недавно. Отец Юрия Николай Мнишек переехал в Польшу из Моравии где-то в 1540 г. Он выгодно женился на дочери санокского каштеляна Каменецкого и тем самым породнился с одной из аристократических фамилий Польши. Вскоре Николай Мнишек получил звание великого коронного подкормил. Оба его сына, Николай и Юрий, служили при дворе Сигизмунда 11 и ничем не проявили себя до тех пор, пока смерть супруги короля Барбары Радзивилл не изменила кардинально его характер.
Первая жена Сигизмунда II Елизавета Австрийская умерла в 1545 г., когда Сигизмунд был еще принцем. Но молодой королевич недолго горевал и через несколько недель влюбился в двадцатидвухлетнюю Барбару Радзивилл.
Николай Черный Радзивилл, двоюродный брат Барбары, и Николай Рыжий Радзивилл, родной ее брат, решительно потребовали от королевича порвать с их сестрой. Сигизмунд вынужден был дать слово. (Хорошая иллюстрация могущества польской знати!) Однако страсть заставила королевича нарушить обещание. Во время очередного тайного свидания братья Барбары застали любовников в весьма интересном положении. Теперь Сигизмунду не оставалось ничего иного, как заявить о своей любви и желании жениться. Королевич согласился жениться, потому что очень любил Барбару, но только попросил, чтобы свадьба оставалась в тайне до того времени, пока он не займет польский трон, иначе он не сможет защитить не только Барбару, но и себя.
В 1547 г. произошло тайное венчание Сигизмунда и Барбары. А между тем королева Бона продолжала ему искать невесту среди знатных королевских дворов Европы. Лишь после смерти мужа Бона узнала о женитьбе сына. Итальянка в ярости требует от Сигизмунда расторгнуть брак. Получив отказ, королева-мать обращается к сейму с требованием не признавать Барбару королевой. На сейме Сигизмунд решительно объявляет, что скорее откажется от престола, чем от жены, с которой его соединил Бог, и вельможи уступают, а мелкая шляхта встает на сторону короля. И в декабре 1550 г. Барбара становится польской королевой.