Род Василия Шуйского пошел от князя Юрия Васильевича, получившего в удел кусочек Суздальского княжества — городок Шую с окрестностями. По названию удела князь Юрий Васильевич получил прозвище Шуйский, которое и закрепилось за его потомством.
Несмотря на казни и конфискации земель при Иване Грозном, клан Шуйских не только выстоял, но и к концу правления Ивана IV кое в чем усилил свои позиции. Так, например, Шуйским удалось получить суздальские вотчины казненных князей Горбатых. Горбатые были потомками суздальских князей и отдаленными родственниками Шуйских. К 1584 г. Шуйским принадлежали огромные владения по всей России от Пскова до Суздаля, от Шелони до Козельска. К моменту смерти Ивана Грозного Иван Петрович и Василий Иванович Шуйские и Василий Федорович Скопин-Шуйский имели боярские чины.
Будущий царь Василий Шуйский не мог забыть, что четыре поколения его предков, начиная с Андрея Ярославича, были властителями Руси — великими князьями владимирскими — и сто с лишним лет боролись за владимирский престол с Александром Невским и его потомками. Не забывали Шуйские, что по женской линии в род вливалась королевская и императорская кровь.
Василий Иванович Шуйский родился в 1553 г. В октябре 1580 г. женился Василий на княжне Елене Михайловне Репниной-Оболенской. В браке родились две дочери, однако по неведомым причинам Василий Иванович развелся и уже в 90-х годах XVI века был холостым. Замечу, что брат Василия Ивановича Дмитрий женился на Екатерине Григорьевне Скуратовой. Таким образом, родственниками Василия Ивановича стал «палач» Малюта (Григорий) Скуратов и «татарин» Борис Годунов.
К моменту смерти Грозного Василий и его братья Дмитрий и Александр служили стольниками, а их младший брат Иван Пуговка — рындой.
На первом этапе борьбы за власть при царствовании Федора Шуйским удалось существенно упрочить свои позиции. К 20 мая 1584 г., то есть еще до венчания Федора на царство, Василий Иванович получил боярство. В следующем году боярином стал его брат Александр, а в начале 1586 г. — и Дмитрий.
С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И. П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом и Кинешмой. Боярин В. Ф. Скопин-Шуйский удостоился кормления городом Каргополем. Кравчий Д. И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец.
Весной 1584 г. Василий Иванович Шуйский назначается главой московского Судного приказа. Кроме уголовных и административных дел московский Судный приказ разбирал и местнические споры мелкого и среднего дворянства, споры бояр и князей решал сам царь. Эта функция московского Судного приказа давала Василию Ивановичу большое влияние среди служилого московского дворянства. Поэтому Годуновы и Романовы постарались побыстрее убрать Василия Ивановича со столь важного поста, и весной 1585 г. его отправляют на воеводство в Смоленск.
В то время, несмотря на перемирие, отношения с Польшей были крайне напряженными, и посылку боярина в Смоленск воеводой можно считать повышением.
Но, вместо того чтобы укреплять город-крепость Смоленск, новый воевода вступает в тайные переговоры с поляками. Царская разведка не дремала, и уже в сентябре 1586 г. Василий Иванович отстранен от должности и вызван в Москву на разбирательство, а воеводой в Смоленске назначен Б. Ю. Сабуров.
Противостояние блока Годуновых — Романовых против Шуйских закончилось разгромом последних. По окончании следствия по делу Шуйских самого знаменитого из них Ивана Петровича сослали в Кирилло-Белозерский монастырь. Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. В родовые вотчины у Галича и Шуи были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские. На Скопиных-Шуйских опала вообще не накладывалась.
В ссылке в своих вотчинах братьям-Ивановичам Шуйским пришлось пробыть около двух лет. Не позднее конца 1590 г. они были возвращены в Москву. А в начале 1591 г. бояре Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские уже заседают в думе. Заметим, что на всякий случай Годунов оставил в ссылке сторонников Шуйских Головиных, Колычевых и других.
Причин для возвращения молодых Шуйских в Москву было несколько. Главная — противостояние Годуновых и Романовых. Борису были нужны союзники, так почему же не привлечь на свою сторону уже неопасных врагов?! Братья же Шуйские, отдохнув пару лет в вотчинах, не имели особых обид на Бориса.