Тут всплывает очень своеобразный персонаж — Иван Исаевич Болотников, служивший когда-то боевым холопом у князя А. Л. Телятевского. В Польше в городе Самборе Болотников встречается с Михаилом Молчановым. Последний убедил Болотникова, что Лжедмитрий I жив, и отправил с письмом от «царя Димитрия» в Путивль к Шаховскому.
Шаховский в Путивле с нетерпением ждал «царя Димитрия», готовый принять любого самозванца. Но вместо него приехал «царский гетман» Иван Болотников. Шаховский объявил его главным воеводой еще не существующего самозванца. У Болотникова в Путивле собралось до десяти тысяч войска из служилых и посадских людей, крестьян и казаков и даже небольшой отряд поляков под командой ротмистра Павла Хмелевского.
Вскоре в Путивль прибывает и «царевич Петр» с войском. «Царевич» становится союзником Болотникова, но каждый командует своим войском самостоятельно.
С осени 1606 г. по 10 октября 1607 г. царь Василий, то есть Русское государство, ведет кровопролитную войну с «гетманом Болотниковым». Важно отметить, что параллельно с войной с Болотниковым царю Василию в 1606–1607 гг. в других регионах России пришлось бороться с мятежами, никак не связанными с Болотниковым.
Восстания против царя Шуйского поздней осенью 1606 г. охватили район Нижнего Новгорода по обеим сторонам Волги и Оки. Причем восстания эти не были скоординированы, а их вожди преследовали различные цели. Так, на Волге действовали шайки мордвинов неких Москова и Вокорлина. В городке Царево-Кокшайске поднял мятеж местный стрелецкий голова Иван Борисович Доможиров. Его отряд осадил Нижний Новгород. К Доможирову присоединился и князь Иван Дмитриевич Волховский. Однако сам Нижний Новгород остался верным царю, а его жителям удалось отсидеться от «воров» в осаде.
В Вятской и Пермской областях был сорван сбор ополчения, а царским чиновникам, приехавшим за этим, пришлось убираться несолоно хлебавши.
В Астрахани восстание против Шуйского поднял сам главный воевода астраханский князь Иван Дмитриевич Хворостин. Здесь на защиту царя выступили простые люди во главе с дьяком Афанасием Карповым. Но люди воеводы побили их, а дьяка со товарищи сбросили с раската (с крепостной башни). Позже, правда, Хворостин принес повинную царю, и тот простил его. В 1608 г. мы видим князя в Москве, плетущего интриги в пользу Тушинского вора.
Но ряд областей Русского государства все же остался верен царю. Так, в Твери архиепископ Феоктист собрал духовенство, приказных людей, детей боярских, торговых и посадских людей и укрепил их в верности к Шуйскому. И когда в Тверском уезде появился отряд сторонников Лжедмитрия I, тверчане наголову разбили его. Кроме того, отряд тверских ратников был отправлен в Москву в помощь царю Василию.
Жители Смоленска и окрестностей за десятки лет на своей шкуре испытали «гуманизм» польских и литовских панов. Там и мыслить не хотели ни о каких самозванцах. В Смоленске из местных дворян и ратных людей было собрано большое войско. Воеводой выбрали дворянина Григория Полтева. Заметим, Полтева не назначил царь или местный воевода, а выбрали, поскольку сбор войска прошел добровольно и в инициативном порядке. Смоляне двинулись к Москве, по пути очистив от «воров» (шаек крестьян и казаков) районы Дорогобужа и Вязьмы. Дорогобужские, вяземские и серпейские служилые люди соединились со смолянами и к 15 ноября 1606 года подошли к Можайску. Туда же пришел воевода Колычев, успевший очистить от «воров» Волоколамск.
В конце 1606 г. Василий Шуйский предпринял новую серию пропагандистских акций. Он решил частично реабилитировать династию Годуновых. Шуйский приказал вынуть гробы Годуновых из ямы у стены Варсонофьевского монастыря и перезахоронить их в Троице-Сергиевом монастыре. Дочь Бориса Годунова Ксения (инокиня Ольга) шла за гробами своих родных и громко рыдала.
А в начале 1607 г. царь Василий надумал привезти из Старицы бывшего патриарха Иова, чтобы он простил всех православных христиан в их клятвопреступлениях. 14 февраля Иова доставили в Москву. Два патриарха, Гермоген и Иов, разразились грамотой, по которой выходило, что во всех бедах государства Российского виноват сатана, и неважно, кто кому и сколько раз крест целовал, и дали всем желающим отпущение грехов.