Ряд историков утверждает, что все свидетельские показания были получены под действием угроз. Факт жестоких преследований жителей Углича засвидетельствован многими источниками. Но репрессии на самом деле имели место не в дни работы следственной комиссии Шуйского, а много месяцев спустя. Комиссия же не преследовала своих свидетелей. Исключение составил лишь один случай, зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Василием» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха и обвинил его в краже вещей дьяка Битяговского. Эти обвинения подтвердились, и конюха с сыном взяли под стражу. На том и закончились все репрессии угличан в дни следствия.
Нарисованная следствием картина гибели царевича Димитрия была на редкость полна и достоверна. Расследование практически не оставило места для неясных вопросов.
Наши историки традиционно опускают факт осмотра комиссией тела убитого царевича. А, между прочим, члены комиссии, сразу же по прибытии в Углич 19 мая первым делом отправились в Спасо-Преображенский собор. Их сопровождала мать, родные царевича и «все добрые граждане». Нагие подсуетились и подложили на тело Димитрия окровавленный нож. Василий Шуйский лично, в присутствии десятков людей, собравшихся в соборе, брезгливо отложив нож в сторону, внимательно рассматривал лицо ребенка, а затем его рану на гортани.
В субботу, 22 мая, в Спасо-Преображенском соборе митрополит Геласий совершил отпевание и со всеми подобающими царевичу почестями предал его тело погребению в этом же храме, который еще в удельное время служил усыпальницей углических князей.
Обратим внимание, труп ребенка восемь дней лежал на открытом воздухе, а это по новому стилю с 25 мая по 1 июня, причем, поданным следственного дела, погода была жаркая, вскрытия тела и бальзамирования не проводилось. Риторический вопрос, что будет с трупом за восемь дней? Теперь предположим, что тело царевича пусть не благоухало, но, по крайней мере, не воняло. Это, естественно, должно было заинтересовать и Геласия, и местное духовенство, и найти какое-то отражение в следствии. Но, увы, тело разлагалось самым естественным образом.
Результаты следствия в Угличе были рассмотрены 2 июня 1591 г. на церковном соборе в Москве. Собор единодушно утвердил приговор:
«И патриярх Иев со всем освященным собором, слушев углетцкого дела, и сказу митрополита Галасеи, и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе.
В том во всем воля государя царя и великого князя Федора Иоанновича всея Руси: а преже сего такова лихова дела и такие убойства стались и крови пролитье от Михаила от Нагово и от мужиков николи не было.
А перед государем царем и великим князем Федором Иоанновичем всея Руси Михаила и Григория Нагих и углетцких посадцких людей измена явная, что царевицю Дмитрею смерть учинилась божьим судом, а он, Михайло Нагой, государевых приказных людей: дияка Махаила Битяговского с сыном, и Микиту Кочалова, и иных дворян, и жильцов, и посадских людей, которые стояли за Михаила Битяговского и за всех за тех, которые стояли за правду и разговаривали посадцким людем, что они такую измену зделали, — велел побита напрасно, умышленьем, за то, что Михайло Битяговской с ним, с Михаилом с Нагим, бранился почасту за государя, что он, Михайло Нагой, держал у себя ведуна Ондрюшу Мочалова и иных многих ведунов.
И за то великое изменное дело Михайло Нагой з братьею и мужики углечане по своим винам дошли до всякого наказанья. А то дело земское, градское, в том ведает бог да государь царь и великий князь Федор Иоаннович всея Руси, все в его царьской руке, и казнь, и опала, и милость, о том государю как бог известит».
На основании патриаршего приговора царь Федор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.
Еще раз отмечу, репрессии в Угличе начались только после вынесения соборного приговора, а до этого комиссия Шуйского никого и пальцем не тронула.
Есть и еще любопытная деталь, которую почему-то игнорируют наши историки. Многие «активисты» Нагих, как, например, тот же холоп Михаила Нагого Тимофей, по завершении следствия бежали из Углича. Угличане, оставшиеся в городе, были наказаны в соответствии со степенью участия в убийствах. Всего было наказано несколько десятков человек, одним отрубили голову, другим отрезали язык, а 60 семей сослали в Сибирь в город Пелым. Был «наказан» даже колокол в церкви у Спаса, в который бунтовщики ударили в набат. Колокол публично высекли плетьми, отрубили ухо, вырвали язык и отправили в Тобольск, где он был записан «первоссыльным неодушевленным». В Тобольске колокол весом 19 пудов 20 фунтов (около 320 кг) был установлен на Софийской колокольне, а затем, после пожара, стоял на земле. В 1887 г. уроженец Углича Л. Ф. Соловьев обратился с ходатайством к императору Александру III с просьбой вернуть ссыльный колокол в Углич. И вот по высочайшему повелению в 1892 г. колокол был доставлен в Углич.