Усиление революционного движения в начале ХХ в. заставило руководство Департамента полиции МВД пойти на очередные реформы в деле организации политического сыска в империи. 12 августа 1902 г. министр внутренних дел В. К. Плеве утвердил «Положение о начальниках розыскных отделений», а 21 октября того же года — «Свод правил, выработанных в развитие утвержденного положения о начальниках розыскных отделений».
После выхода в свет «Положения» Департамент полиции начинает создавать розыскные (охранные) отделения в тех местностях России, где особенно активно развивалось революционное движение. К середине февраля 1903 г. охранные отделения помимо Санкт-Петербурга, Москвы и Варшавы стали действовать в городах Вильно, Екатеринославле, Казани, Киеве, Одессе, Саратове, Тифлисе, Харькове, Перми, Симферополе, Нижнем Новгороде и Житомире. По мере надобности создавались новые отделения или ликвидировались старые, но в целом просматривалась тенденция к их количественному увеличению. К концу 1907 г. в стране насчитывалось уже 27 охранных отделений.
В период 1906–1907 гг., исходя из потребностей практической работы, в ряде городов России были развернуты и более мелкие подразделения политического сыска — розыскные (охранные) пункты.
В соответствии с «Положением о начальниках розыскных отделений» их руководители выступали полновластными организаторами политического сыска на обслуживаемой территории. Подчиняясь непосредственно Департаменту полиции МВД, начальник охранного отделения организовывал агентурную работу, прибегая в необходимых случаях к помощи местных жандармских управлений для реализации (по терминологии того времени — «ликвидации») оперативных дел. Без согласия начальника охранного отделения на территории его района чинам жандармского корпуса запрещалось проводить какие-либо аресты. Такое исключительно независимое положение вызвало в ряде мест определенные трения между начальниками охранных отделений и имеющими старшинство по званию начальниками губернских жандармских управлений.
Общее руководство оперативной деятельностью местных охранных отделений и жандармских управлений осуществлял Особый отдел Департамента полиции МВД.
Революционные события 1905–1907 гг. послужили причиной появления новых структурных единиц в системе органов политического сыска. 14 декабря 1906 г. министром внутренних дел было утверждено «Положение о районных охранных отделениях». Создание отделений преследовало цель объединить усилия всех местных учреждений политического сыска. Кроме того, предполагалось, что районные охранные отделения в географическом плане будут работать параллельно наиболее крупным революционными организациям Поволжья, Северного Кавказа и других регионов страны. Первоначально было создано восемь районных отделений, сферой деятельности каждого из которых было несколько губерний.
В новом «Положении об охранных отделениях», появившемся 9 февраля 1907 г., было подтверждено, что кроме Департамента полиции и начальников районных отделений никто не может вмешиваться в вопросы ведения ими оперативно-розыскной работы.
Повышение эффективности деятельности органов политического сыска за счет проведенных преобразований привело, в сочетании с другими мероприятиями правительства, к значительному спаду революционного и общественного движения в 1907–1911 гг. В этих условиях Министерство внутренних дел проводит очередную реорганизацию органов политического сыска. В течение 1911–1913 гг. ликвидируется значительная часть местных охранных отделений, а их штаты переводятся в соответствующие губернские жандармские управления. Охранные отделения остаются только в Санкт-Петербурге, Москве и Харькове.