Опасаясь осложнений на границе с Китаем, в результате принятия в подданство алтайских племен и охраны Колывано-воскресенских заводов, генерал-губернатор Сибири, тайный советник Саймонов поставил перед сенатом вопрос о строительстве военной линии от Усть-Каменогорской крепости до Телецкого озера.
Сенат дал согласие, и в 1760 году в горный Алтай были посланы две военные экспедиции. Одну их этих экспедиций возглавляли майор Эйден и инженер-капитан Плутов. Эта экспедиция осталась бы без внимания, и о ней можно было бы и не говорить, так как она не выполнила поставленной задачи по причине плохого знания местности и отсутствия хороших проводников. Однако, находясь на Телецком озере, Эйдену удалось впервые провести промеры озера и определить его глубину в 288 метров, что само по себе является открытием, и именно его работа положила начало изучению гидрологического режима озера.
Присоединение Горного Алтая к России позволило относительно спокойно заниматься исследованием этого удивительного края.
Различные экспедиции в те годы занимались исследованием района Телецкого озера в первую очередь с целью поисков полезных ископаемых и подбора мест для постройки заводов.
В 1771 году Алтай посетила первая русская академическая экспедиция, которую возглавлял известный натуралист, академик П.С. Лаплас.
Необходимо отметить, что основная масса экспедиций не обошлась без помощи коренных жителей, которые всегда оказывали помощь, служа в экспедициях в первую очередь проводниками.
Благодаря им большинство экспедиций благополучно совершили путешествие, собрали ценнейший материал и в полном составе возвратились в свои исходные пункты. Будучи по характеру добрыми, отзывчивыми и сообразительными, алтайцы легко сходились с русскими и становились друзьями.
Ничего не утаивая и не скрывая, они без всякой выгоды для себя знакомили с местностью, показывая интересные места, и помогали в поисках полезных ископаемых.
С приходом первых академических экспедиций, в составе которых были натуралисты, алтайцы своими знаниями растений, животных, являясь великолепными следопытами и охотниками, оказывали неоценимую помощь в сборе коллекций и описании растительного и животного мира.
В 1826 году Телецкое озеро посетил первый ученый-естествоиспытатель. Это был молодой барнаульский врач А. А. Бунге.
Александр Андреевич Бунге (1803-1890) входил в состав экспедиции, которая работала на Алтае под руководством профессора Дерптского университета К.Ф. Ледебура. А.А. Бунге прошел самостоятельным маршрутом по довольно сложным малоизвестным местам и вышел к южной части Телецкого озера. Это была ботаническая экспедиция. А.А. Бунге собрал богатый гербарий в южной части озера и в долине реки Чулышмана. Делая описания берегов озера, А.А. Бунге был поражен обилием рыбы в озере, а главное, тем, что местные жители совершенно не умеют и не ловят ее.
Наблюдая с высоких берегов, А.А. Бунге отмечал, что огромные косяки рыб один за одним медленно плывут вдоль берега. Плотность косяков такая, что дна не видно, где проплывает очередной косяк.
В 1834 году в районе Телецкого озера путешествовал и изучал его берега крупный русский ученый, впоследствии академик Г.П. Гельмерсен.
Григорий Петрович Гельмерсен (1803 — 1885) окончил Дерптский университет, после чего был направлен на Урал.
Главная цель экспедиции - геологическое изучение района Телецкого озера. Это были первые в истории геологические исследования. Наряду с этим им проведена большая работа по изучению этнографии алтайцев.
В 1840 году в «Горном журнале» была опубликована большая статья Г.П. Гельмерсена «Телецкое озеро и телеуты Восточного Алтая». В статье дается минералогическая характеристика окрестностей Телецкого озера и уделяется внимание этнографии алтайцев. Вспоминая красоту Алтая, Г.П. Гельмерсен писал: «Кто видел Алтай, у того неизгладимо запечатлеется этот прекрасный горный мир и во всю жизнь доставит самое приятное впечатление».
Большого внимания заслуживает работа экспедиции П.А. Чихачева. Петр Александрович Чихачев (1808-1890), широко и всесторонне подготовленный исследователь, член многих академий наук и научных обществ, совершил путешествие по Алтаю в 1842 году. Это путешествие, как считают специалисты, одно из самых крупных континентальных путешествий XIX века.
П.А. Чахачев во время экспедиции собрал огромный материал по геологии, ботанике, зоологии и этнографии. На основе собранных материалов П.А. Чихачев составил первые сводные геологическую и географическую карты Алтая, чем внес огромный вклад в сокровищницу мировой географической науки. Многие десятилетия карта служила руководством в работе многих ученых. Был собран материал по флоре и фауне Алтая.