В «Теологічно-політичному трактаті» Спіноза неодноразово виступав із запевненнями, що його філософське вчення нібито не тільки не знищує релігію, а й дає їй єдино правильне обґрунтування. Релігію, засновану на канонічному тлумаченні Святого Письма, Спіноза вважав не релігією, а марновірством. «Між релігією і марновірством, — казав він, — я визнаю головним чином ту різницю, що марновірство має своєю основою невігластво, а релігія — мудрість». Виходячи з цього, Спіноза викриває і спростовує ті засоби, з допомогою яких намагаються доводити «істинність» релігії. Найбільшу роль серед цих засобів грали і продовжують грати у всіх релігіях різноманітні «чудеса». Стоячи на позиції суворої закономірності природи, Спіноза розглядає їх як наслідок невігластва, незнання істинних причин явищ. «Чудо, хай воно буде проти- чи надприродне, є чистим абсурдом», — пише він. Мислитель доводить, що нема жодних чудес і в Святому Письмі.
У своїй критиці релігії Спіноза не тільки викривав гносеологічні корені релігійних марновірств, але інколи наближався до розуміння якщо не соціальної, то політичної ролі релігії. «Під виглядом релігії, — пише Спіноза в «Теологічно-політичному трактаті», — народу легко навіюється... шанувати своїх царів як богів», оскільки «найвища таємниця монархічного правління і найбільший його інтерес полягає в тому, щоб тримати людей в омані, а страх, яким вони повинні бути стримувані, прикривати голосним іменем релігії, аби люди за своє поневолення боролися, як за свій добробут».
Причиною виникнення релігійних забобонів, на думку Спінози, є страх, який спричиняє, зберігає і підтримує їх. В основі ж страху зазвичай лежить невміння людей пояснити явища природи і назвати причини їхнього виникнення.
Досягнення свободи, вважав Спіноза, можливе лише для вельми обмеженого кола людей, «мудреців», здатних піднятися до вершин інтелектуального пізнання. Саме для них у першу чергу Спіноза й призначав своє філософське вчення. ІЦо ж стосується переважної маси народу, то, писав він, «позбавити натовп забобонів так само неможливо, як і страху». Тому, вважав він, народ повинен триматися тих релігійних забобонів, які сам Спіноза так рішуче розкритикував. Спіноза навіть переконаний, що забобони необхідні для формування етичної поведінки «натовпу», оскільки він не здатний поводитись належно, користуючись розумом.
Метою «Теологічно-політичного трактату» було довести, що релігія не може надати людям повної свободи думки, оскільки теологія не має нічого спільного з філософією; що влада без шкоди для держави може надавати людям таку свободу. Для доведення першого положення Спіноза вирішує ряд питань: що таке пророцтво? Чим пророки відрізнялися від решти людей? Чому євреї називаються обраним народом? Чим природне знання божественного закону відрізняється від божественного закону, відкритого пророкам? Чи є чудеса явищами, що суперечать законам природи? Чи є вся Біблія словом Божим, чи вона складається з книг, написаних людьми? Пророцтво він називає достовірним знанням людиною якоїсь речі, відкритої їй Богом. Дар пророцтва не належить виключно євреям. Тоді в якому сенсі вони були «богообраним народом» для блаженства? А це тому, що все робиться за наперед визначеними законами, тобто згідно з божественним керуванням. Тому всі люди є обранцями Божими, і різниця тільки в меті, для якої вони обрані.
Як уже зазначалося, Спіноза протягом усього життя зазнавав переслідувань, але навколо нього гуртувалося коло відданих йому учнів і шанувальників, які належали до різних верств суспільства, але однаково проникнутих любов’ю до геніального мислителя. Крім цього тісного гуртка вчених, Спіноза стояв і в центрі ширшого кола вчених різних країн і національностей, які відвідували його, як, наприклад, Ляйбніц, і листувалися з ним з приводу різних наукових і філософських питань.