В 1985—1988 гг. под руководством Линды Мансанильи ведутся раскопки небольшого и небогатого жилого компаунда Остойауалько 15В в северо-западной части города.
В 1987 году ЮНЕСКО внёс Теотиуакан в список объектов Всемирного наследия. В том же году профессор Джордж Каугилл, ставший годом ранее после ухода на пенсию Рене Миллона директором Исследовательской лаборатории под управлением Университета штата Аризона в Сан-Хуан-Теотиуакане, получил грант на постройку здания лаборатории, до сих пор являющегося базой и центром для многих исследователей Теотиуакана практически со всего мира. Впоследствии лабораторию расширили, построив второй этаж, благодаря чему сейчас на площади в 1160 м2 могут работать до десяти исследователей и размещено огромное количество собранного материала.
За два сезона в 1987 и 1989 гг. археологи под руководством Майкла Спенса раскопали 260 м2 одного строения в Оахакском баррио. Стало ясно, что оно было возведено на некогда орошаемом участке поля, который являлся частью масштабной ирригационной системы, управляющей потоками паводковой воды. Датировалось строение III веком.
В 1988—1989 годах исследуются погребения в храме Пернатого змея. Работы проводятся Национальным институтом антропологии и истории Мексики совместно с Брандейским университетом (США) под руководством Рубена К. Кастро, Джорджа Каугилла и Сабуро Сугиямы.
В 1987—1992 гг. к востоку от пирамиды Солнца исследователи во главе с Линдой Мансанильей осуществляют геофизические работы, изучая подземные пещеры-каменоломни, а в 1993—1996 гг. организовывают там полноценные археологические раскопки. В 1993—1994 гг. Эдуардо Матос Моктесума, который с 1992 года проводил работы на пирамиде Солнца, фиксирует в этом районе ещё две пещеры. Их также обследуют Наталья Морагас и Рубен Моранте.
В 1992—1994 гг. Рубен Кабрера Кастро вёл раскопки в Ла-Вентилье, где обнаружил предметы, связанные с игрой в мяч, и целую площадь с 42 знаками, предположительно представлявшими собой систему письма. В этот же период он работал и в храме Пернатого змея, где снова посчастливелось обнаружить захоронения с большим количеством жертв.
Керамические фигурки детей, найденные в 1997 г. в конце Восточной дороги. Фото: Мигель Моралес (по J. Delgado Rubio «Las mujeres de Teotihuacán…», 2017)
В 1997 году в рамках археологических охранно-спасательных работ, проводившихся в преддверии строительства автодороги Мехико-Тукспан, на восточной окраине Теотиуакана нашли тайник, содержавший среди прочего примечательные женские и детские керамические фигурки.
С 1997 по 2005 гг. Линда Мансанилья ведёт раскопки функционального баррио Теопанкаско в его предполагаемом центральном компаунде. С того же года по 2003 гг. осуществляются исследования и ведутся раскопки огромного дворцового компаунда Шалла. Там работали Линда Мансанилья, Леонардо Лопес Лухан и Уильям Фэш. В 2017 году работы в комплексе всё ещё ведутся под руководством Линды Мансанильи, на текущий момент раскопано около 15% его территории.
С июля 1998 по 2004 гг. непосредственно в пирамиде Луны работают археологи под началом Сабуро Сугиямы и Рубена Кабреры. Были прорыты тоннели, с помощью которых обнаружены погребения и подношения, а также выяснены этапы строительства одного из важнейших сооружений мегаполиса. С 1999 года к проекту присоединился археолог Дэвид Карбальо. Рубен Кабрера Кастро также принимал участие в исследовании пирамиды Солнца в 2000 году.
С 2002 года Джулией Гаццола и Серхио Гомесом Чавесом ведутся археологические работы в Сьюдаделе, в ходе которых выяснилось, что ещё раньше на этом месте существовали какие-то другие административно-церемониальные строения, в том числе, возможно, площадка для игры в мяч, а до этого — сельскохозяйственные поля.
В октябре 2003 года после сильных дождей в Сьюдаделе случайно обнаружили провал. Так учёные нашли большой тоннель, ведущий на глубине ниже 10 м к центру храма Пернатого змея, и после пятилетнего подготовительного этапа начали его раскопки. Работами, на которые ушло около восьми лет, руководил Серхио Гомес Чавес. К 2016 году они были завершены — археологи обнаружили десятки тысяч ценных артефактов.
В 2004 и 2005 гг. Алехандро Сарабиа Гонсалес, Серхио Гомес Чавес и реставратор Рохелио Риверо занимались сохранением храма Пернатого змея.
С 2005 до осени 2013 гг. А. Сарабиа раскапывал Комплекс пирамиды Солнца. В самой пирамиде раскопки были возобновлены в 2008 г. и продлились два полевых сезона до 2011 г. В ходе работ обнаружены захоронения, подношения и следы предшествующих зданий, а также уточнен период строительства самого знаменитого из сооружений Теотиуакана.