Замысел большой серии романов, которые должны были составить панораму современной эпохи в духе «Человеческой комедии», окончательно сложился к 1868 году. Золя подошел к этой задаче как новатор. Он не собирался повторять Бальзака, он брался за изображение жизни во всеоружии своего «научного» метода и твердо верил, что откроет неизведанные ее глубины. Как истинный сын нового времени, зачарованный его динамикой и размахом, бурным развитием промышленности, техники, стремительной сменой жизненных укладов, Золя хочет построить мост между искусством и наукой, предоставить в распоряжение ученых ценные факты, подсказать им путь к освоению еще не изученных сторон действительности. В этом, как и во многом другом, он предвосхитил некоторые тенденции литературы XX века. Трудность состояла в том, чтобы, глядя на жизнь сквозь призму натурализма, найти прием, который позволил бы объединить отдельные части задуманной эпопеи сквозной мыслью и действием. Золя выбрал оригинальный ход: построил будущий цикл романов как «Естественную и социальную историю одной семьи во время Второй империи», решая таким образом двойную задачу — изучить «физиологического человека» и исследовать современное общество. Семья была в его понимании одновременно и первоначальной ячейкой буржуазного общества, и ареной действия биологического закона; и, прослеживая изменение наследственных признаков на протяжении нескольких поколений, а также судьбы членов этой семьи, которых жизнь бросает вверх или вниз по ступеням общественной лестницы, Золя получал возможность описать все слои общества и общественные состояния, все профессии, Париж и провинцию, город и деревню на широком отрезке времени, — то есть с другого конца прийти к тому, что сделал Бальзак в «Человеческой комедии».
Идея проследить жизнь нескольких поколений одной семьи была плодотворной и также предвосхитила некоторые литературные явления XX века — «Будденброков» Томаса Манна, «Сагу о Форсайтах» Голсуорси, «Семью Тибо» Р. Мартен дю Тара и т. д.
Начиная работу над «Ругон-Маккарами», Золя, как и в «Терезе Ракен», хотел оставаться лишь бесстрастным наблюдателем, добросовестным ученым, протоколирующим факты. «Мое произведение будет больше научным, чем социальным… Я не хочу, как Бальзак, принимать решения о делах человеческих, быть политиком, философом, моралистом. С меня довольно и того, что я останусь ученым», — писал Золя в том же 1868 году в заметно «Различие между Бальзаком и мною».
Однако его замысел с самого начала был построен на противоречии. Скованный натуралистической теорией, он противопоставлял социальное научному, отказывался от суждений и выводов, но вместе с тем вынужден был сразу же определить свою идейную позицию. Думая сосредоточиться на коллизиях наследственности, он оказался захвачен развернувшейся перед его глазами исторической драмой и, замышляя «историю одной семьи», одновременно замыслил «заклеймить каленым железом» ненавистный режим Второй империи, «нелепую эпоху безумия и позора», которую переживала Франция. Уже первый роман, «Карьера Ругонов» (1871), преисполнен высокого гражданского и обличительного пафоса; голос автора, республиканца и демократа, слышится за каждой строчкой этого романа и не смолкает на протяжении всего громадного цикла даже там, где больше всего сказался натурализм Золя. «Ругон-Маккары» — это столько же серия «научных» романов, сколько социальная эпопея.
Золя строго придерживался принципа фактографии и с необычайным упорством и добросовестностью собирал материал для «Ругон-Маккаров». Он накапливает «человеческие документы», изучает целые горы книг, справочников, исследований по истории, физиологии, психологии, медицине; он штудирует «Происхождение видов» Дарвина, «Введение в экспериментальную медицину» Клода Бернара, составляет конспекты, делает выписки, создает предварительные наброски, планы, проспекты будущих романов. Прежде чем взяться за перо, он выезжал на место действия и скрупулезно его описывал; он начертил подробный план вымышленного города Плассана и некоторых кварталов Парижа, где развертывается ряд эпизодов; знакомился с организацией торговли на Центральном рынке и в больших магазинах, с оплатой продавцов и условиями их жизни, изучал подробности различных ремесел и профессий, быт столичных окраин и богатых особняков. Он сам спускался в шахту, беседовал с бастующими рабочими, совершил поездку на локомотиве, а: под конец жизни даже рискнул отправиться из Парижа в Версаль в неслыханном экипаже с бензиновым двигателем. Из романов Золя можно узнать, как накладывается грим на лицо актрисы и как происходила в его время биржевая игра; в них содержится громадный познавательный материал.