Однако объективно более актуальной для самого Феодорита в «Толкованиях» выступает христология. Как было упомянуто, «Толкования» писались в предгрозовой обстановке, незадолго до событий монофизитского Ефесского Разбойничего собора 449 года и затем православного Халкидонского IV Вселенского Собора 451 года. В то же время за плечами у Феодорита была ожесточенная христологическая полемика со свт. Кириллом Александрийским в 429–433 годах, в которой Феодорит поддерживал Нестория. Так что накануне значимых событий середины V века Кирский архипастырь был во всеоружии своей выверенной и взвешенной христологической позиции, которую принято именовать в современном богословии симметричной христологией, выразившейся в истории позже в знаменитом оросе Халкидонского Собора. Главным в христологических взглядах блж. Феодорита в «Толкованиях» является учение о двух природах Христа, совершенстве каждой из них и их соединении в едином Лице Христа. Феодорит учит о том, что до Вочеловечения Второе Лицо Троицы – Сын Божий имел одну природу – Божественную, но в результате Вочеловечения Он теперь обладает двумя природами – Божественной и человеческой. И подтверждения этому он находит у святого Апостола языков: «Бог явися во плоти. Ибо сущий Бог и Божий Сын, имея невидимое естество, когда вочеловечился, сделался для всех явным» (с. 641–642). Посему «надлежит знать, что два естества во Владыке Христе и что Божественное Писание называет Его иногда по человеческому, а иногда по Божественному естеству; ибо хотя и именует Его Богом, но не отрицает и человечества, и хотя называет человеком, однако же исповедует вместе и Божество» (с. 290). Важное следствие, проистекающее из признания обеих природ совершенными, – утверждение двойного единосущия Христа, ставшее краеугольным камнем последующего Халкидонского вероопределения. Богу Отцу Христос единосущен по Божеству, а всем людям – по человечеству: «Один и Тот же единосущен Отцу по Божеству и нам по человечеству» (с. 253); «Ибо с нами Он в единении по естеству, Которое от нас воспринял, и с Отцом по Божественной Своей сущности, потому что от Отца рожден по естеству» (с. 206).
Божественная и человеческая природы Христа различаются между собой по своим природным свойствам. Божество Христа истинное и нетварное: «…Христос же Божий не как Божия тварь, но как Сын Божий… Христос же Божий как преискренний Сын, рожденный от Него [то есть от Бога Отца] по Божеству» (с. 206). Божеству присущи вечность, невидимость, неизменность, бесстрастие (нестрадательность). Последнее свойство для Кирского архипастыря особенно важно, так как его оппоненты монофизиты допускали особым образом страдание Божества во Христе, основываясь на некоторых (так называемых теопасхитских, то есть содержащих в себе идею о будто бы страдании Бога) выражениях Писания. Для Феодорита, напротив, признание страдания Христова логически ведет не к признанию страдания Божества Христова, но к признанию наличия совершенной человеческой природы Христа. Страдательность же Божественной природы Феодорит категорически отвергает: «А сим обозначается и бесстрастие Божества. Ибо если бы Бог пострадал, то как был бы тойжде? Страдающий изменяется» (с. 546); «Апостол опять называет Сыном Владыку Христа, Который есть Бог и вместе человек. Думаю же, что и для самих еретиков явственно, какое естество пострадало» (с. 88). Различие природ в Писании выражается с помощью разных наименований – возвышенных и «низких». При этом возвышенные принято относить к Божественной природе Спасителя, а «низкие» – к человеческой: «Поскольку Владыка Христос – и Бог и человек… то Апостол, которому необходимо было показать два естества, говорит о Нем и уничижительное, и высокое» (с. 554). Посему страдательность, как и другие «низкие» определения, Феодорит относит к человеческой природе Спасителя. К ней, а не к Божеству относятся также смерть и воскресение: «Он воскрешен; воскресит же и нас воскресивший Его Бог силою Воскресшего. Посему Апостол ясно показал, что Христос воскрешен по человечеству, а нас воскресит как Бог» (с. 218); «При сем надлежит знать, что из мертвых воскрешено не Божественное естество Единородного, ибо оно бесстрастно, и Иисус не другой Сын, кроме Сына Единородного, но Тот же Самый; Он и пострадал, как человек, и воскрес, как человек» (с. 502). Но Христос имеет по Своей человеческой природе одно важное отличие от всех остальных людей – Он безгрешен: «Ибо Сын Божий принял на себя естество человеческое, но не принял греха человеческого. Посему-то воспринятое назвал Апостол не подобием плоти, но подобием плоти греха. Ибо Христос, имея одно и то же с нами естество, не имел одного и того же направления воли» (с. 111).