Иехония, сын, и преемник Иоакима, правил только три месяца (4 Цар. XXIV:8) и отведен был с лучшею частью своего народа в Вавилон Навуходоносором (XXIV:1; XXIX:2). Иеремия предсказал этому царю, державшемуся политики своего отца, его несчастную судьбу (ХХII:20–30).
Седекия (597–586), который был возведен на престол Навуходоносором, был младшим сыном Иосии, дядею Иехонии. Почти 11-тилетнее его правление завершилось гибелью Иудейского государства (LII:2 и сл.). Вместо того, чтобы искать помощи Иеговы и творить суд и правду, сокрушая языческие алтари, этот слабохарактерный государь возымел мысль сбросить с себя зависимость от Вавилона. Иеремия в это время чувствовал себя гораздо свободнее, чем при Иоакиме; его злейшие враги, особенно из числа священников, были переселены в плен; сам царь имел известное уважение к его слову. И пророк неустанно продолжал твердить царю и народу, что единственное их спасение — подчиниться воле Иеговы, требующего, чтобы царь и народ признали над собою власть царя вавилонского, конечно, на известный период времени. Но Седекия никак не мог согласиться с пророком и действовал как раз в противоположном духе. На 4-м году своего правления, в надежде на затруднения, какие имел тогда вавилонский царь, боровшийся с Еламом (XLIX:34–39), Седекия задумал отложиться от Вавилона (XXVII:1), против чего Иеремия вооружился со всею силою (XXVII–XXVIII гл.). Для наибольшего воздействия на слушателей пророк в это время носил на себе ярмо, означавшее будущее порабощение иудеев Навуходоносору. На тот же 4-й год Седекии падает путешествие этого царя в Вавилон, причем Иеремия переслал в Вавилон свои речи против этого великого государства, книгу с которыми друг Иеремии должен был опустить в р. Ефрат (LI:59–64). Видение XXIV-й главы и письмо в Вавилон (гл. XXIX) относятся к первым годам царствования Седекии. Затем есть пророчества, относящиеся ко времени осады Иерусалима халдеями, пришедшими наказать Седекию за измену (XXI:1–10; XXXIV:1–7, 8–22; ХХXVII:1–10, 17–21; XXXVIII:14 и сл.). Здесь Иеремия увещевал Седекию сдаться халдеям, указывая в этом единственно спасительный для царя исход.
Положение пророка в это время значительно ухудшилось. Слабохарактерный Седекия, сначала было отнесшийся с полным доверием к словам пророка, скоро отступился от него, и Иеремия подвергся жесточайшим преследованиям со стороны вельмож при наступлении осады Иерусалима. Вельможи обвинили Иеремию в намерении уйти к халдеям и посадили его в мрачную темницу, где он и пробыл долгое время (XXXVII:11 и сл.). Царь, однако, назначил ему более сносное помещение — в казармах при своем дворце, где Иеремия мог говорить с приходившими к нему иудеями. К этому времени относятся изреченные им утешительные пророчества XXX–XXXIII глав. В это же время он говорил и о судьбе языческих народов (XLVI:13–28). Но это повлекло за собою для Иеремии весьма печальные последствия. Враги его сумели добиться от царя разрешения бросить Иеремию в грязный колодезь, где он должен бы умереть голодной смертью, если бы не евнух Авдемелех, который сумел с своей стороны убедить царя разрешить ему освободить Иеремию и перевести его на жительство опять в казармы, где он и оставался до взятия Иерусалима халдеями.
После взятия Иерусалима Навуходоносор, которому известна была деятельность Иеремии, предложил пророку через начальника своей гвардии или идти в Вавилон, или оставаться в Иудее. Пророк избрал последнее, надеясь, что назначенный халдеями наместник иудейский Годолия сумеет сплотить вокруг себя оставшихся в своей стране иудеев. Но Годолия, в резиденции которого, Массифе, стал жить Иеремия, скоро был изменнически умерщвлен одним иудейским офицером, Измаилом, хотевшим этим угодить царю аммонитскому. Когда злодей убежал к аммонитянам от мщения восставших против него иудеев, эти последние, боясь, что халдеи не простят убийство Годолии и на них выместят свой гнев, решили удалиться в Египет. Напрасно Иеремия убеждал их от имени Иеговы бросить это намерение (XLII гл.), он сам был увлечен ими в Египет и пришел с ними в г. Тафнис (в Нижнем Египте).