В том же 1599 году, по смерти Михаила Рагозы, митрополитом киевским был утвержден Ипатий Потей, первым делом которого было вооружиться на Стефана Зизания, не перестававшего проповедовать в Вильне против унии. Потей велел запечатать церковь в братском Троицком монастыре за то, что монастырь держал у себя Зизания. Старый товарищ последнего, Юрий Рогатинец, писал к нему из Львова успокоительное письмо: «Пишешь, что запечатали вам церковь именем Ипатия; не слушайтесь и не злоречьте Ипатия, в отчаянии его приводя на худшее, откуда возрастает ярость, а не божие строение. Это не новость в церкви божией: запечатали архиереи с римлянами гроб Христов, но силы его не удержали; и Ирод убивал младенцев Христа ради, но принял конец свой, как и другие божии противники, которые властьюпанства своего церкви божией противились. Пишешь, что Ипатий написал какие-то разговоры русского с ляхом, в которых говорится, что мы, в бытность нашу в Вильне, отделившись от них, соединились с лютеранами. Это ошибка, ибо мы не держим дружбы ни с какими еретиками. А что слышно обо мне, что сношусь с Ипатием и письмами друг друга обсыпаем, то скажу прямо: часто разговариваю я со всякими противными людьми, не держа стороны их, но поступая по овечьему незлобию, мудрости змеиной и целости голубиной, как Христос научил, что ясно видно из разговора и письма моего к сыну Потееву, Яну; копию с этого письма посылаю вам». Из письма Юриева видно, что вражда между Львовским братством и епископом Гедеоном продолжалась: «Посылаю копию и другого сочинения моего, которое написал теперь на погребение племянницы своей Анастасии, умершей под мучительством балабановским; увидите, какое согласие имеем с Балабаном». Когда князь Острожский приезжал во Львов, то Балабан не показывался ему на глаза.