Онисифор, по приезде Иеремии, должен был оставить митрополию, и на место его патриарх поставил в митрополиты известного уже нам архимандрита минского Михаила Рагозу, по представлению христианства, т. е. всех православных Западной России. Любопытно, что при посвящении Михаила Иеремия произнес следующие многозначительные слова, обращаясь к окружавшей знати: «Если он достоин, то по вашему глаголу буди достоин, если же недостоин, а вы его достойным выставляете, то я чист, вы узрите». Из этих слов ясно видно все значение мирских людей при избрании Рагозы, причем патриарх выделил совершенно свою волю; мирские люди представили ему незначительного, ему вовсе неизвестного архимандрита, и патриарх уступил их желанию, снявши с себя всю ответственность. Вглядываясь внимательнее в характер и поведение Рагозы, можно понять, почему выбор мирских людей пал на него: в новом митрополите мирские люди искали именно такого пастыря, который не был бы похож на тогдашних западнорусских епископов, не похожих вообще на епископов. Михаил был человек благочестивый, скромный, сравнительно безукоризненной нравственности, далекий от дел насилия, но, к сожалению, с этими достоинствами частного человека, монаха и епископа Михаил не соединял других достоинств, необходимых для западнорусской церкви в то бурное время: не соединял твердости и энергии, был слаб, боязлив, вследствие чего должен был играть такую жалкую, двоедушную роль во время дела об унии.
Как бы то ни было, Михаил был избранник мирских людей и потому должен был держать их сторону, сторону братств. Патриарх действовал в том же смысле. В Вильне 1589 года он издал окружную грамоту епископам о низвержении из сана священников двоеженцев и троеженцев, с выговором, что пинский епископ Леонтий утаил таких в своей епархии. В грамоте этой патриарх говорит, что он слышал от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сам глазами своими видел, как позволялось священнодействовать двоеженцам и троеженцам. Тогда же Иеремия благословил учредить братство в Вильне у церкви св. Троицы, которое обязывалось раздавать милостыню по госпиталям, тюрьмам и нищим по улицам два раза в год – на Светлое воскресенье и на Рождество Христово; обязывалось в школе даром учить детей братских и других убогих сирот языкам: русскому, греческому, латинскому и польскому; для науки школьной содержать людей ученых, печатать книги церковные и школьные на языках греческом, славянском, русском и польском. Иеремия же подтвердил прежние постановления и права Львовского братства, а также и новые: 1) Не быть другому общественному училищу во Львове, кроме училища братского, в нем одном учить православных детей священному писанию, славянскому и греческому языкам. 2) Братство имеет право печатать не только церковные книги: часословы, псалтири, апостолы, минеи, триоди, требники, синаксари, евангелия, метафрасты, торжественники, хроники или летописцы и прочие богословские книги, но и другие нужные для училища, именно грамматику, пиитику, риторику и философию. 3) Священника, избранного братством к церкви Успения, епископы львовские должны благословлять без всякой отговорки и противоречия; братство же и удаляет от должности священника, если он станет жить неприлично.