Усмирив Казанское Царство, Годунов довершил завоевание Сибирского. Еще не зная о гибели Ермака, но зная уменьшение его сил от болезней и голода, он немедленно послал туда Воеводу Ивана Мансурова с отрядом стрельцов, а вслед за ним и других, Василия Сукина, Ивана Мясного, Данила Чулкова с знатным числом ратников и с огнестрельным снарядом. Первый встретил наших Сибирских витязей, Атамана Матвея Мещеряка с остатком Ермаковых сподвижников, на реке Type. «Доблие Козаки ожили радостию», – говорит Летописец: не боясь новых опасностей и битв, ужасаясь единственно мысли явиться в отечестве бедными изгнанниками, с вестию о завоевании утраченном, они, исполненные мужества и надежды, возвратились к устью Тобола, но не могли взять Искера, где властвовал уже не старец Кучюм, а юный, бодрый Князь Сейдяк, его победитель: сведав о бегстве Козаков, он собрал толпы ногаев, преданных ему Татар Сибирских, выгнал Кучюма и, слыша о новом приближении Россиян, стоял на берегу Иртыша с войском многочисленным, готовый к усильному бою. Козаки предложили Мансурову плыть далее Иртышом, несмотря на осеннее время, холод и морозы. Там, где сия река впадает в Обь, они вышли на берег и сделали деревянную крепость: пишут, что Остяки, думая взять оную, принесли с собою славного Белогорского идола, или Шайтана, начали ему молиться под деревом и разбежались от ужаса, когда Россияне пушечным выстрелом сокрушили сей кумир обожаемый. – Воеводы Сукин и Мясной остановились на берегу Туры, и на месте городка Чингия основали нынешний Тюмень. Чулков же, не находя сопротивления или преодолев оное, заложил Тобольск, и в нем первую церковь Христианскую (в 1587 году); известил о том Воеводу Мансурова, Атамана Мещеряка, соединился с ними, разбил Князя Сейдяка, дерзнувшего приступить к Тобольской крепости, взял его в плен раненного, весь обоз, все богатство, и сею победою, которая стоила жизни последнему Ермакову Атаману, Никите Мещеряку, довершил падение Ногайского Иртышского Царства. Искер опустел, и Тобольск сделался новою столицею Сибири. Другое же, менее вероятное предание славит не мужество, а хитрость Воеводы Чулкова, весьма не достохвальную: узнав, как пишут, что Сейдяк, друг его, Царевич Киргизский Ураз-Магмет, и Мурза-Карача вышли из Искера с пятьюстами воинами, и на Княжеском лугу, близ Тобольска, увеселяются птичьею ловлею, Воевода пригласил их к себе в гости, связал и послал в Москву. – Еще изгнанник Кучюм держался с шайками Ногаев Тайбугина Улуса в степи Барабинской, жег селения, убивал людей в волостях Курдацкой, Салынской, в самых окрестностях Тобола: чтобы унять сего разбойника, новый Сибирский Воевода, Князь Кольцов-Мосальский, ходил во глубину пустынь Ишимских и близ озера Чили-Кула (1 Августа 1591) истребил большую часть его конницы, захватив двух жен Ханских и сына, именем Абдул-Хаира. Тщетно государь, желая водворить тишину в своем новом, отдаленном Царстве, предлагал Кучюму жалованье, города и волости в России; обещал даже оставить его Царем в земле Сибирской, если он с покорностию явится в Москве. О том же писал к отцу и пленник Абдул-Хаир, славя великодушие Феодора, который дал ему и Царевичу Маметкулу богатые земли в собственность, любя живить смертных и миловать виновных. Оставленный двумя сыновьями, Ногайскими союзниками и знатным Чин-Мурзою (который выехал к нам вместе с матерью Царевича Маметкула), Кучюм гордо ответствовал на предложения Феодоровы: «Я не уступал Сибири Ермаку, хотя он и взял ее. Желая мира, требую Иртышского берега». Но бессильная злоба Кучюмова не мешала Россиянам более и более укрепляться в Сибири заложением новых городов от реки Печоры до Кета и Тары, для безопасного сообщения с Пермию и с Уфою, тогда же построенною, вместе с Самарою, для обуздания Ногаев. В 1592 году, при Тобольском Воеводе Князе Федоре Михайловиче Лобанове-Ростовском, были основаны Пелым, Березов, Сургут; в 1594 – Тара, в 1596 – Нарым и Кетский Острог, неодолимые твердыни для диких Остяков, Вогуличей и всех бывших Кучюмовых Улусников, которые иногда еще мыслили о сопротивлении, изменяли и не хотели платить ясака: так в грамотах Царских упоминается о мятеже Пелымского Князя Аблегирима, коего велено было Воеводе нашему схватить хитростию или силою и казнить вместе с сыном и с пятью или шестью главными бунтовщиками Вогульскими. Кроме воинов, стрельцов и Козаков, Годунов посылал в Сибирь и земледельцев из Перми, Вятки, Каргополя, из самых областей Московских, чтобы населить пустыни и в удобных местах завести пашню. Распоряжениями благоразумными, обдуманными, без усилий тягостных, он навеки утвердил сие важное приобретение за Россиею, в обогащение Государства новыми доходами, новыми способами торговли и промышленности народной. Около 1586 года Сибирь доставляла в казну 200000 соболей, 10000 лисиц черных и 500000 белок, кроме бобров и горностаев.