Наконец вражда между Волоховым и архимандритом дошла до того, что 16 марта 1672 года Волохов пришел в церковь и во время херувимской, перед самым выходом, схватил архимандрита, бил по щекам, драл за бороду и начал толкать в шею; стрельцы подхватили Иосифа, выволокли из церкви с ругательствами и посадили в тюрьму, где он сидел на большой цепи со стулом. Давая знать в Москву о посажении Иосифа на съезжий двор за караулом. Волохов объяснил дело таким образом, что 15 марта явились к нему все монахи, кроме троих, живущих в келье у архимандрита, и объявили, что Иосиф в Сумском заводит бунт и воровство такое же, что в Соловецком, хочет его, Волохова, сотников и стрельцов бить.
Разумеется, немедленно была отправлена грамота в Сумской – освободить архимандрита; Волохову очень это не понравилось, он начал было говорить, что грамота прислана воровски, однако делать нечего, 2 мая выпустил Иосифа из тюрьмы. Оба, и Волохов и архимандрит, были вызваны в Москву для суда, вызваны были и старцы, донесшие на архимандрита. Против обвинений в нерадении Волохов оправдывался, что он к монастырю на море не ходил и стрельцов не посылал за малолюдством, а в Кемском городке заставу постановил, чтоб монастырские крестьяне в монастырь запасов не провозили. Но к чему служила эта застава, когда выходцы сказывали, что в монастыре хлебных запасов и соли будет на 15 лет? К чему служила кемская застава, когда во все лето 1671 года Анзерской пустыни чернец Варфоломей и Двинского уезда старец Никандр и с берегов всякие люди провозили в монастырь рыбу, масло, всякие товары и, между прочим, 15 бочек красного вина? Архимандрит Иосиф показал, что Волохов принял в Сумской острог бегуна чернеца Германа и, восприняв на себя архиерейскую честь, память ему дал, велел ему обедню служить и духовным отцом себе сделал, приказал ведать прочих священников во всем, а Герман пьянским обычаем благословлял народ обеими руками, как митрополит. Волохов не запирался, что дал память по Германову челобитью и по свидетельству соловецких монахов, знавших этого монаха. Но сам Герман показал, что Волохов велел ему служить насильно и сажал его в цепь, принуждая взять память. Герман вместе с тем показал и на Иосифа, что к нему присылают из Соловецкого монастыря деньги, а он посылает в монастырь запасы и говорил ему, Герману: «По новоисправленным служебникам я не служил и вперед служить не хочу, по этим книгам не устоит, будет все по-прежнему». Иосиф отвечал, что ничего подобного он не говорил Герману. Что же касается до показания монахов о бунте Иосифа, то монахи эти объявили в Москве: «Когда у архимандрита с Волоховым учинилась вражда, то архимандрит посылал нас к Волохову говорить, чтоб он пожил смиреньем; но Волохов взял нас с собою в съезжую избу, велел подьячему написать сказки на архимандрита в бунте, как ему годно, и поневоле велел нам приложить руки».
Иосиф был переведен в казанский Спасский монастырь; не знаем, что сделали с Волоховым, только на его место в июне месяце 1672 года отправлен был стрелецкий голова Клементий Иевлев. 2 августа Иевлев с 725 стрельцами отправился на Соловецкие острова и, пришед в Глубокую губу, послал к мятежникам письмо, чтоб добили челом и впустили его в монастырь; но мятежники отказали ему с великим невежеством. Получив такой отказ, Иевлев отправился под монастырь, пожег около него хоромное строенье, амбары, лодки, карбасы, сено и дрова, разорил рыбные и звериные ловли, побил лошадей и ушел в Сумской острог, хвалясь тем, что государевых ратных людей отвел в целости, только было ранено два человека; предпринять против монастыря что-нибудь важное Иевлев не мог, потому что у служилых людей пороху и свинцу не стало, не было этих запасов и в Сумском. Иевлев был также отозван в Москву в 1673 году, и осада поручена была воеводе Ивану Мещеринову. У него было 700 стрельцов и, что всего важнее, стенобитные орудия. Мещеринов начал было действовать решительно в 1674 году, окопал свое войско шанцами, устроил городки и открыл с них пальбу против монастыря; но когда в октябре начались холода, он снял осаду, разорил все свои укрепления и по примеру предшественников ушел зимовать в Сумской. В монастыре при обороне сильнее всех действовали старый заводчик, архимандрит Никанор, служка Бородин, келарь Нафанаил Тучин, городничий старец Протасий, из мирян сотники: Исачко Воронин да кемлянин Самко. Никанор ходил беспрестанно по башням, кадил пушки, кропил их водою и приговаривал: «Матушки мои галаночки! надежда у нас на вас, вы нас обороните!» «Стреляйте, стреляйте! – кричал беспрестанно Никанор. – Смотрите хорошенько в трубки, где воевода; в него и стреляйте: как поразим пастыря, ратные люди разойдутся, аки овцы». Но между осажденными была постоянно рознь. Мы видели, что монахи, стоя горячо за предания чудотворцев, как они выражались, не хотели, однако, порвать с правительством и на вопрос архимандрита Иосифа: царь православен ли, отвечали утвердительно; даже главный оратор старообрядства, Геронтий, не одобрял стрельбы в государевых людей. Таким образом, двое главных заводчиков восстания разошлись. Но на стороне Никанора были начальники ратных людей, сотники Воронин и Самко; эти не только считали позволительным стрелять в государевых людей, но требовали от священников, чтоб перестали молиться за государя. «Молитесь за преосвященных митрополитов и за всех православных христиан!» – говорили они священникам, а про государя говорили такие слова, что «не только написать, но и помыслить страшно». Видя, что по их не делается, воры схватили четырех монахов, главных своих противников, в том числе и Геронтия. 16 сентября созвали собор и объявили келарю, что служить больше не будут и ружье на стену положили, потому что священники их не слушаются, молятся за государя, а они этих молитв слышать не хотят. Келарь стал им бить челом, и они умилостивились, взяли снова оружие, но объявили священников еретиками, перестали ходить в церковь, исповедовались друг у друга, а не у отцов духовных, завели содомию, начали расхищать монастырскую казну. Геронтий с товарищами были выпущены из тюрьмы, но принуждены были оставить монастырь и явились к Мещеринову. Геронтий остался верен своим убеждениям и объявил в допросе: «Перед великим государем я во всем виноват: я за него всегда бога молил, теперь молю и вперед молить должен: апостольскому и св. отец преданию последую: а новоисправленных печатных книг, без свидетельства с древними харатейными, слушать и тремя перстами крест на себе воображать сумнительно мне, боюсь страшного суда божия!»