Мы видели, что Петр, желая поднять духовенство, дать ему силу, потребовал от него образования; в январе 1708 года издан был указ: «Поповым и дьяконовым детям учиться в школах греческих и латинских; а которые из них учиться здесь не захотят, таких в попы и в дьяконы не посвящать, в подьячие и никуда не принимать, кроме служилого чина». Управление церковными имениями находилось по-прежнему в ведении Мусина-Пушкина. Сначала давали каждому монаху по 10 рублей денег и по 10 четвертей хлеба; но с 1705 года царь велел уменьшить эту дачу вдвое, по 5 рублей денег и по 5 четвертей хлеба с готовыми дровами. В которых монастырях по расходным книгам оказалось, что прежде учреждения Монастырского приказа на каждого монаха приходило меньше пяти и четырех рублей, тем и Монастырский приказ выдавал столько же, а малым монастырям с небольшими доходами позволено было ведать свои вотчины по-прежнему, «понеже, – писал Мусин-Пушкин, – нималого прибытка учинить не из чего». Прибыток, чинимый Монастырским приказом, шел на благотворительные учреждения, на богадельни, на новопостроенный госпиталь, также на печатание книг. Некоторые архиереи были очень недовольны учреждением Монастырского приказа и управлением Мусина-Пушкина. В 1707 году из Монастырского приказа послан был драгунский поручик Василий Тютчев для розыска про нижегородского митрополита Исаию и по возвращении донес, что митрополит, выслушав от него, зачем он прислан, начал говорить с криком: «Ты овца, вам ли, овцам, про нас, пастырей, разыскивать? Боярин Иван Алексеевич Мусин-Пушкин напал на церкви божии, вотчины наши ведает, а теперь у нас и данные, и венечные деньги отнимает, и если эти сборы у меня отнимут, то я в своей епархии все церкви затворю и архиерейство покину. Какое мое архиерейство, что мое у меня отнимают? Как хотят другие архиереи, а я за свое умру, а не отдам, а ты по наказу своему разыскивай правдою; и так вы пропадаете, как червей, шведы вас побивают, а все за наши слезы и за ваши неправды, да и вперед, если не отстанете от неправд, шведы вас побьют». Вследствие донесения Тютчева отправился в Нижний дьяк Преображенского приказа Нестеров, чтоб допросить архиерея, точно ли он говорил это Тютчеву; Исаия сказал: «Приехавши в Нижний, свойственник боярина Мусина-Пушкина Василий Тютчев объявил мне о своей присылке в мирском доме, и я к его словам говорил разговором, а не криком: ты – овца, вам ли, овцам, про нас, пастырей, разыскивать? Прибавил я к тому правила св. апостол и св. отец и изложение вселенских патриархов. Боярин Иван Алексеевич сыскивать обо мне прислал свойственника своего нападкою на меня, мстя недружбу; а напал он, боярин, не на меня, напал на церковь божию, потому: по исконным великих государей указам определены на всякие церковные нужды, без которых в церкви пробыть нельзя, на вино, просвиры, воск, ладон, масло, сборы с церквей данные и венечные; он эти деньги отнимает, и если эти сборы будут отняты, то я церкви затворю, и архиерейскому дому правиться будет нечем и архиерейству быть не у чего, поневоле надобно будет архиерейство покинуть, какое архиерейство, когда данное в дом отнимают? Без именного государева указа я венечных и данных денег не отдам. Говорил я Тютчеву и о том, чтобы по наказу разыскивать правдою, помнил бы видимое лежащее на них за преумножение грехов их и неправд посещение, что шведы стоят такое продолжительное время противно».
Исаия высказал открыто и резко свое неудовольствие; другие высказывали его скромнее и тайнее. Не был доволен и первый архиерей в России, блюститель патриаршего престола, рязанский митрополит Стефан Яворский. Мы видели, как он поступил пред поставлением своим в архиереи на великороссийскую епархию; и теперь все рвался из Москвы в Малороссию. Может быть, действительно ему было тяжело в Москве, как на чужой стороне, где по своему скрытному характеру он не мог возбудить к себе большого сочувствия и где вообще тогда не очень доброжелательно смотрели на малороссиян. Стефан в своих проповедях расхваливал Петра. его дела и поведение, иногда приторно, тяжело, иногда удачно. как, например: «Удивляемся не только мы, видящи, но и вся вселенная слышащи, толикому толикого лица преклонству, толикому смирению и снисходительству: с нами яст, пиет, спит, сидит, любовне беседует с нами; аки един от сосед и другов наших премирно сожительствует, и забыв себя быти царя и монарха, его же подсолнечная трепещет, всякому есть приступен, жилища наши посещает, обедом, вечерию и охотою нашею не гнушается. С нами, аки отец с чадами, больши реку, яко брат с братиею, житие свое проводит. Председание на сонмищах и предвозлегания на вечерях и целования на торжищах давно то оставил фарисеем прегордым». Стефан сам свидетельствовал, что услаждался, как сахаром, милостию царского величества и отеческим его благопризрением; он не мог жаловаться и на скудость содержания при новых порядках, как жаловались другие архиереи. «От самого великого государя, – говорит Стефан, – много раз получал за победительные проповеди (проповеди, сказанные по случаю побед) иногда тысячу золотых, иногда меньше, также и от прочих членов царского дома многие много раз щедроты бывали мне за литургии и проповеди слова божия».