До сих пор война с Казанью ограничивалась местью, опустошениями за опустошения; из мирных договоров, заключавшихся на воле великого князя московского, знаем только об обязательстве хана отпустить пленников; но скоро смерть Ибрагима и внутренние смуты, последовавшие за нею в Казани, дали московскому князю возможность утвердить здесь решительно свое влияние, впервые привести в зависимость татарское царство. После Ибрагима осталось двое сыновей от разных жен – старший Алегам (Али-хан) и младший Магмет-Аминь; около каждого из них образовалась своя сторона; Алегам с помощью ногаев осилил и сел на отцовском столе; но волнения не прекратились и подавали повод московскому князю вооруженною рукою вмешиваться в казанские дела, наконец молодой Магмет-Аминь явился в Москву бить челом великому князю, назвал его себе отцом и просил у него силы на брата Алегама. Иоанн обещал: ему тем более выгодно было видеть ханом в Казани Магмет-Аминя, что мать последнего, Нурсалтан, вышла замуж за крымского хана Менгли-Гирея, верного союзника Москвы, и скоро пришла весть из Казани, обещавшая удачу в предприятии; казанские вельможи прислали сказать великому князю: «Мы отпустили к тебе Магмет-Аминя для того, что если в случае Алегам станет с нами поступать дурно, то ты опять отпустишь к нам Магмет-Аминя; узнавши об этом, Алегам зазвал нас к себе на пир и хотел перерезать, мы убежали в степь; а он, укрепивши город, выступил за нами». Иоанн не стал более медлить и в апреле 1487 года послал на Казань большую рать под начальством князей Данилы Холмского, Александра Оболенского, Семена Ряполовского и Семена Ярославского, вслед за которыми отправил и Магмет-Аминя; войска, по обычаю, плыли на судах, лошадей гнали берегом. Алегам выехал против них со всею силою, но, побившись немного, убежал в город и заперся здесь. Казань была осаждена, обведена была острогом; осада продолжалась три недели, и каждый день Алегам делал вылазки; с другой стороны, много вреда русскому войску причинял князь Алгазый, оставшийся вне города; наконец воеводам удалось прогнать Алгазыя за Каму, в степь; после этого изнемог и Алегам, сам выехал из города и отдался в руки воеводам 9 июля. На его место послан был Магмет-Аминь как подручник великого князя московского; крамольные князья и уланы казнены смертью; Алегам с женою сосланы в заточение в Вологду, мать его, братья и сестры – на Белоозеро в Карголом. Подручнические отношения Магмет-Аминя к московскому великому князю не выражаются нисколько в формах их грамот; письма ханские начинаются так: «Великому князю Ивану Васильевичу всея Руси, брату моему, Магмет-Аминь, царь, челом бьет»; письма Иоанновы начинаются так же: «Магмет-Аминю, царю, брату моему, князь великий Иван челом бьет». Но, несмотря на равенство в формах, письма Иоанновы к Магмет-Аминю заключают в себе приказания; так, например, муромские наместники поймали однажды казанского татарина, который ехал с товарами через Мордву, а Новгород-Нижний и Муром объехал, избывая пошлин. Узнав об этом, Иоанн писал Магмет-Аминю: «Ты бы в Казани и во всей своей земле заповедал всем своим людям, чтоб из Казани через Мордву и Черемису на Муром и Мещеру не ездил никто; а ездили бы из Казани все Волгою на Новгород-Нижний». Желая жениться на дочери ногайского хана, Магмет-Аминь испрашивал на то согласия великого князя; наконец, видим, что на казанские волости наложена была известная подать, шедшая в московскую казну и сбираемая московскими чиновниками; так, Магмет-Аминь жаловался великому князю, что какой-то Федор Киселев притесняет цивильских жителей, берет лишние пошлины.
Но сам Магмет-Аминь возбудил против себя негодование вельмож казанских разного рода насилиями. В мае 1496 года он известил великого князя, что идет на него шибанский царь Мамук с большою силою, а внутри Казани измена: сносятся с неприятелем князья Калимет, Урак, Садырь и Агиш. Иоанн велел идти к нему на помощь воеводе своему, князю Семену Ряполовскому, с детьми боярскими московского двора и понизовых городов; когда Калимет с товарищами узнали о приближении московского войска, то выбежали из Казани к Мамуку, который также испугался и ушел домой. Но только что московское войско успело возвратиться, как недовольные казанцы дали об этом знать Мамуку, и тот явился под Казанью с большою силою ногайскою и князьями казанскими; Магмет-Аминь, боясь измены, выбежал из Казани с женою и верными князьями и приехал в Москву, где великий князь держал его в чести. Мамук вошел в Казань без сопротивления, но начал царствование тем, что схватил своих старых доброжелателей, Калимета с товарищами, ограбил купцов и всех земских людей. Князей он скоро выпустил и пошел с ними осаждать Арский город; но арские князья города своего ему не сдали и бились крепко; в то же время и князья казанские убежали из его стана в Казань, укрепили город, не пустили в него Мамука и послали в Москву бить челом великому князю, чтоб простил их за измену и пожаловал, не присылал бы к ним прежнего хана Магмет-Аминя, потому что от него большое насилие и бесчестие женам их. Великий князь исполнил их просьбу и вместо Магмет-Аминя послал в Казань младшего брата его, также сына Ибрагимова от Нурсалтан, Абдыл-Летифа, недавно приехавшего служить ему из Крыма и получившего в кормление Звенигород со всеми пошлинами. Князья Семен Холмской и Федор Палецкий посадили Летифа на царство и привели к присяге (шерти) за великого князя всех князей казанских, уланов и земских людей по их вере. Магмет-Аминю вместо Казани дали Каширу, Серпухов, Хотунь со всеми пошлинами; но он и здесь нрава своего не переменил, жил с насильством и алчно ко многим, по словам летописца.