Летиф недолго царствовал. Как видно, тот же самый князь Калимет, который был во главе недовольных Магмет-Аминем, потом оказался опасен Мамуку и был им схвачен, теперь не мог ужиться и с Летифом и действовал против него обвинениями в Москве; в январе 1502 года великий князь отправил в Казань князя Василия Ноздреватого и Ивана Телешова с приказом схватить Летифа за его неправду; Летиф был схвачен, привезен в Москву и сослан в заточенье на Белоозеро. По другим же известиям, Летиф был схвачен Калиметом, приехавшим для того из Москвы. Московский посол в Крыму объявил Менгли-Гирею о винах Летифа в неопределенных выражениях: «Великий князь его пожаловал, посадил на Казани, а он ему начал лгать, ни в каких делах управы не чинил, да и до земли Казанской стал быть лих». На место Летифа посажен был опять Магмет-Аминь, который не забыл, что Калимет был главным виновником его прежнего изгнания из Казани; может быть, Калимет своим поведением и своими отношениями к Москве убедил хана, что им двоим нельзя быть вместе в Казани. Магмет-Аминь убил Калимета, «держа гнев на великого князя», по словам летописца. По другим известиям, этот гнев еще более был воспламенен новою женою Магмет-Аминя, вдовою прежнего, царя казанского, Алегама, на которой великий князь позволил жениться: будучи научаема вельможами, она день и ночь шептала хану, чтоб отложился от Москвы. Весною 1505 года Магмет-Аминь прислал в Москву одного из своих князей с грамотою о каких-то делах; как видно, грамота заключала в себе жалобы, потому что великий князь отправил в Казань своего посла сказать хану, чтобы он всем тем речам не потакал. Этот отказ в удовлетворении жалоб послужил Магмет-Аминю поводом к отложению от Москвы: посол великокняжеский был схвачен вместе с русскими купцами, приехавшими на ярмарку 24 июня, некоторые из них были убиты, другие ограблены и отосланы к ногаям, после чего Магмет-Аминь подходил к Нижнему Новгороду, который был спасен искусством и храбростью пленных стрельцов литовских, взятых на Ведроше и сосланных в Нижний. Скоро последовавшая за тем смерть великого князя дала хану возможность наслаждаться своим торжеством безнаказанно.
Прочнее, чем на низовьях Камы, утвердилось русское владычество в верхних ее частях. Мы видели, что еще в княжение Димитрия Донского св. Стефан крестил часть народонаселения Пермской земли, именно зырян; из описаний этого события видно, что последние еще прежде были подчинены великим князьям московским: св. Стефан является ходатаем за новообращенных перед правительством; дело Стефана в Перми довершено было одним из преемников его: под 1462 годом встречаем известие, что епископ пермский Иона крестил Великую Пермь и князя ее, поставил церкви, игуменов и священников. В каком отношении находилась эта Великая Пермь и князь ее к Москве, мы не знаем; новгородцы даже в Шелонском договоре включили Пермь в число своих владений, но тотчас по заключении этого договора, в 1472 году, великий князь послал воеводу князя Федора Пестрого на пермяков за их неисправление; 26 июня пришла в Москву весть, что Пестрый завоевал Пермскую землю; с устья Черной реки воевода плыл на плотах с лошадьми до городка Анфаловского; здесь сошел с плотов и отправился на лошадях в верхнюю землю, к городку Искору, отпустивши отряд под начальством Нелидова в нижнюю землю, на Урос, Чердынь и Почку, где владел князь Михаил. Не доходя до Искора, на реке Колве, Пестрый встретил пермскую рать, разбил ее, взял в плен воеводу Качаима. Отсюда русские пошли к Искору, взяли его, взяли и другие городки и пожгли; Нелидов делал то же в нижней земле. Пришедши на место, где река Почка впадает в Колву, Пестрый сождался со всеми своими отрядами, срубил городок, сел в нем и привел всю землю за великого князя, к которому отправил пленного князя Михаила с воеводами его и добычу – шестнадцать сороков соболей, шубу соболью, двадцать девять с половиною поставов сукна, три панциря, шлем и две сабли булатные. После, впрочем, во все продолжение княжения Иоаннова в Перми оставались туземные князья; последним из них был Матвей Михайлович, вероятно сын упомянутого выше Михаила; этого Матвея великий князь свел с Великой Перми в 1505 году и послал туда первого русского наместника, князя Василия Ковра.