Как бы то ни было, вероятно, что Ахмат не был доволен поведением Иоанна и в 1480 году, заслышав о восстании братьев великого князя и согласившись опять действовать заодно с Казимиром литовским, выступил на Москву; летописцы говорят, что и на этот раз король был главным подстрекателем. Получивши весть о движении Ахмата, великий князь начал отпускать воевод на берега Оки: брата, Андрея Меньшого, отправил в Тарусу, сына, Иоанна, – в Серпухов и, получивши весть, что хан приближается к Дону, отправился сам в Коломну 23 июля. Но хан, видя, что по Оке расставлены сильные полки, взял направление к западу, к Литовской земле, чтоб проникнуть в московские владения чрез Угру; тогда Иоанн велел сыну и брату спешить туда; князья исполнили приказ, пришли к Угре прежде татар, отняли броды и перевозы.
В Москве сели в осаде: мать великого князя инокиня Марфа, князь Михаил Андреевич Верейский, митрополит Геронтий, ростовский владыка Вассиан, наместник московский князь Иван Юрьевич Патрикеев с дьяком Василием Мамыревым; а жену свою, великую княгиню Софию (римлянку, как выражаются летописцы), Иоанн послал вместе с казною на Белоозеро, давши наказ ехать далее к морю и океану, если хан перейдет Оку и Москва будет взята. Касательно самого великого князя мнения разделились: одни, приводя непостоянства военного счастья, указывая на пример великого князя Василия Васильевича, взятого в плен казанскими татарами в Суздальском бою, указывая на бедствия, бывшие следствием этого плена, думали, что Иоанн не должен выводить войска против татар, но должен удалиться на север, в места безопасные; другие же, особенно духовенство, и из духовных преимущественно Вассиан, архиепископ ростовский, по талантам, грамотности и энергии выдававшийся на первый план, думали, что великий князь должен оставаться с войском на границах; летописец, оставивший нам подробнейший рассказ о событии, держался того же мнения и сильно вооружался против людей, настаивавших на удалении великого князя от границ, именно против двоих приближенных бояр, Ивана Васильевича Ощеры и Григория Андреевича Мамона. По его словам, эти богатые люди думали только о богатстве своем, о женах, о детях, хотели укрыть их и самих себя в безопасных местах и припоминали Иоанну Суздальский бой, как отца его взяли татары в плен и били; припоминали, что когда Тохтамыш приходил, то великий князь Димитрий бежал в Кострому, а не бился с ханом. Но должно заметить, что летописец, равно как и Вассиан в послании своем, удивительным для нас образом смешивают две вещи: удаление великого князя от войска и бегство целого войска, покинутие государства на жертву татарам, что, по их словам, Ощера и Мамонов именно советовали. Великий князь, оставя войско на берегу Оки и приказавши сжечь городок Каширу, поехал в Москву, чтоб посоветоваться с матерью, митрополитом и боярами, а князю Даниилу Холмскому дал приказ – по первой присылке от него из Москвы ехать туда же вместе с молодым великим князем Иоанном. 30 сентября, когда москвичи перебирались из посадов в Кремль на осадное сиденье, вдруг увидали они великого князя, который въезжал в город вместе с князем Федором Палецким; народ подумал, что все кончено, что татары идут по следам Иоанна; в толпах послышались жалобы: «Когда ты, государь великий князь, над нами княжишь в кротости и тихости, тогда нас много в безлепице продаешь; а теперь сам разгневал царя, не платя ему выхода, да нас выдаешь царю и татарам». В Кремле встретили Иоанна митрополит и Вассиан; ростовский владыка, называя его бегуном, сказал ему: «Вся кровь христианская падет на тебя за то, что, выдавши христианство, бежишь прочь, бою с татарами не поставивши и не бившись с ними; зачем боишься смерти? Не бессмертный ты человек, смертный; а без року смерти нет ни человеку, ни птице, ни зверю; дай мне, старику, войско в руки, увидишь, уклоню ли я лицо свое перед татарами!» Великий князь, опасаясь граждан, не поехал на свой кремлевский двор, а жил в Красном сельце; к сыну послал грамоту, чтоб немедленно ехал в Москву, но тот решился лучше навлечь на себя гнев отцовский, чем отъехать от берега. Видя, что грамоты сын не слушает, Иоанн послал приказание Холмскому: схвативши силою молодого великого князя, привезти в Москву; но Холмской не решился употребить силы, а стал уговаривать Иоанна, чтоб ехал к отцу; тот отвечал ему: «Умру здесь, а к отцу не пойду». Он устерег движение татар, хотевших тайно переправиться через Угру и внезапно броситься на Москву: их отбили от русского берега с большим уроном.