Медленность московского правительства в войне с Казанью во время малолетства Иоаннова, медленность, происходившая главным образом от страха перед ханом крымским, дорого стоила пограничным областям, сильно опустошенным казанцами. Не менее, по свидетельству современников, были опустошены и внутренние области государства в боярское правление. Из слов царя, сказанных на Лобном месте, можем заключить вообще о состоянии правосудия в Московском государстве; летописец псковский сообщает нам подробности воеводских насилий в его родном городе. В правление Елены псковичи были обрадованы выводом от них дьяка Колтыря Ракова, установившего многие новые пошлины. Но радость их была непродолжительна: в первое правление Шуйских наместниками в Псков были отправлены известный уже нам князь Андрей Михайлович Шуйский и князь Василий Иванович Репнин-Оболенский; были эти наместники, говорит летописец, свирепы, как львы, а люди их, как звери, дикие до христиан, и начали поклепцы добрых людей клепать, и разбежались добрые люди по иным городам, а игумены честные из монастырей убежали в Новгород, Князь Шуйский был злодей, дела его злы на пригородах, на волостях, поднимал он старые дела, правил на людях по сту рублей и больше, а во Пскове мастеровые люди все делали на него даром, большие же люди давали ему подарки. Любопытно, что игумены, по словам летописца, бежали в Новгород, значит, там было лучше; вспомним, что новгородцы всем городом стояли за Шуйских.
Смена Шуйских Бельским и митрополитом Иоасафом повлекла за собою перемену в Пскове и, вероятно, в других городах, терпевших при прежнем правлении. Смена верховного правителя необходимо вела за собою смену его родственников и приятелей в областях: жалобам на них давалась вера. Мы видели, как могущественна была сторона Шуйских, сколько знатных родов входило в нее, как живуча была она, даже лишенная глав своих; но мы не можем сказать этого о стороне Бельских, и потому естественно было князю Ивану и митрополиту Иоасафу стараться приобрести народное расположение переменами к лучшему, опираться на это расположение в борьбе с могущественными соперниками; притом если мы из предыдущих поступков Бельского не можем вывести выгодного заключения о его благонамеренности, то не должно забывать, что рядом с ним в челе управления стоял митрополит Иоасаф, которого и видим печальником за опальных. Как бы то ни было, в правление Бельского и Иоасафа начали давать грамоты всем городам большим, пригородам и волостям; по этим грамотам жители получали право сами обыскивать лихих людей по крестному целованию и казнить их смертною казнию, не водя к наместникам и к их тиунам. Псковичи взяли такую грамоту, и начали псковские целовальники и соцкие судить лихих людей на княжом дворе, в судьнице над Великою рекою, и смертною казнию их казнить. Князь Андрей Шуйский сведен был в Москву, остался один князь Репнин-Оболенский, и была ему, говорит летописец, нелюбка большая на псковичей, что у них, как зерцало, государева грамота. И была христианам радость и льгота большая от лихих людей, от поклепцов, от наместников, от их недельщиков и ездоков, которые по волостям ездят, и начали псковичи за государя бога молить. Злые люди разбежались, стала тишина, но ненадолго: опять наместники взяли силу. Значит, с падением Бельского и митрополита Иоасафа приверженцы Шуйских повторили прежнее поведение в областях. Есть известие, что князь Андрей Шуйский разорял землевладельцев, заставляя их силою за малую цену продавать ему свои отчины; крестьян разорял требованием большого числа подвод для своих людей, ездящих к нему из его деревень и обратно; каждый его слуга, каждый крестьянин под защитою имени своего господина позволял себе всякого рода насилия. Насилия наместников во Пскове питались и усиливались враждою между большими и меньшими людьми. Мы видели, как сильна была эта вражда и в Новгороде во время его прежнего быта, но во Пскове в описываемое время вражда эта имела еще другое основание: старые лучшие люди, псковичи, были выведены при великом князе Василии и заменены москвичами; следовательно, к вражде сословной присоединялась теперь вражда туземцев, меньших граждан, к пришельцам незваным. Под 1544 годом летописец говорит: вражда была большая во Пскове большим людям с меньшими, поездки частые в Москву и трата денег большая. В конце 1546 года, в одну из любимых поездок своих по монастырям, Иоанн заехал на короткое время во Псков: Печерскому монастырю дал много деревень, но свою отчину Псков не управил ни в чем, говорит летописец, только все гонял на ямских и христианам много убытка причинил. Летом 1547 года 70 человек псковичей поехали в Москву жаловаться на наместника; поступок с ними молодого царя показывает привычку Иоанна давать волю своему сердцу: жалобщики нашли Иоанна в селе Островке; неизвестно, чем они рассердили его, только on начал обливать их горячим вином, палил бороды, зажигал волосы свечою и велел покласть их нагих на землю; дело могло кончиться для них очень дурно, как вдруг пришла весть, что в Москве упал большой колокол; царь поехал тотчас в Москву, и жалобщики остались целы.