С другой стороны, испанские источники сообщили, что ее измученный экипаж проигрывал битву с поднимающейся водой в трюме. Адмирал Бальтасар де Сиснерос сообщал, что "в течение двух дней, которые мы оставались на корабле, люди страдали от постоянной усталости — усталость от необходимости борьбы с водой и от многих других работ, вызванных плохим состоянием корабля, была столь же велика, как и та, которой они подвергались при обслуживании орудий". По словам бригадира Уриарте, его капитана, в конце боя в трюме было шестьдесят дюймов воды, и, несмотря на постоянную откачку, уровень поднялся до пятнадцати футов к тому времени, когда судно было покинуто.
Мичман Уильям Бэдкок писал домой своему отцу, что орудийные палубы представляли собой ужасное зрелище: "На корабле было от 300 до 400 убитых и раненых, его бимсы были заляпаны кровью, мозгами и кусками плоти, а кормовая часть палуб была забита ранеными — кто без рук, кто без ног. Какие бедствия приносит война..."
Перемещение людей с этого огромного четырехпалубного судна представляло собой сложную задачу в условиях бурного моря. Погода была настолько плохой, что ни одна шлюпка не могла подойти к борту. Вместо этого они проходили под кормой испанского корабля, и люди спускались по концам, сброшенных, вероятно, с галерей. В этих обстоятельствах раненые представляли собой проблему: "Нам приходилось обвязывать несчастных искалеченных за пояс или где придется, и опускать их в кувыркающуюся шлюпку; у некоторых не было рук, у других не было ног, и все они были изранены самым ужасным образом", — вспоминал лейтенант Джон Эдвардс. Капитан «Нептуна» Томас Фримантл приобрел мопса с тонущего «Сантисима-Тринидада», а Уильяму Бэдкоку подарили (или, возможно, «затрофеили») позолоченный кортик, принадлежавший сыну адмирала Сиснероса. Бригадир де Уриарте забрал домой изуродованную пулями картину с изображением Святой Троицы, которая была выставлена под полуютом. Когда большинство людей ушли, бригады плотников, в том числе одна, присланная Коллингвудом с «Эвриала», начали прорубать отверстия в корпусе ниже ватерлинии. Затем, непосредственно перед тем, как покинуть корабль, они открыли орудийные порты нижней палубы.
Учитывая, что большая часть работ была выполнена в ухудшающуюся погоду вечером 24 октября, усилия по эвакуации этого огромного корабля были достойны восхищения. Джон Эдвардс вспоминал, что он оставил после себя "около тридцати трех или четырех, которых, я полагаю, было невозможно снять с борта без их немедленной смерти". Но британские книги учета личного состава подтверждают слова лейтенанта «Аякса», который утверждал, что он ушел последним, что «Сантисима-Тринидад» был полностью очищен и что он даже спас корабельную кошку: "Когда они отвалили от правого борта, кошка, единственное живое животное на борту, выскочила на ствол одного из орудий нижней палубы и жалобным мяуканьем, казалось, умоляла о помощи: шлюпка вернулась и забрала ее". Всего шлюпки «Нептуна» забрали 407 человек, «Принца» — 350 и «Аякса» — 207. Последняя шлюпка «Аякса» вернулась после полуночи с оставшимися тяжелоранеными испанцами и шестью хирургами. К тому времени погода была очень плохой, поэтому этот последний переход для спасения умирающих людей потребовал огромного мужества и решимости. С затопленным трюмом и массами воды, выливающимися через орудийные порты при каждом накренении, самый большой корабль в мире "неохотно пошел ко дну" вскоре после того, как его покинули последние шлюпки.
Британский флот и остальные призы теперь либо стояли на якоре у Чипионы, либо штормовали под парусами в этом районе. Уильям Камби («Беллерофон») получил приказ как можно дальше отойти от берега, возможно, для того чтобы, обогнув мыс Трафальгар, попасть в Гибралтар. У Эдварда Берри («Агамемнон»), который буксировал «Колосса», возможно, был такой же приказ, а Джон Стокхэм на «Тандерере» действовал так, как будто и он имел такое намерение. Но никто не смог отойти достаточно далеко от берега, чтобы достичь своей цели. Однако из этого правила было одно исключение.
«Наяда» с «Белайлом» на буксире предприняла первую попытку достичь Гибралтара. К утру 22 октября они отошли достаточно далеко от побережья, чтобы увидеть на расстоянии тридцати миль Тарифу, мыс на подходе к проливу. Постепенно, в течение этого дня, они потеряли из виду большую часть флота. К шестнадцати ноль-ноль в поле зрения были только три корабля, но они продолжали идти.