Однако самоуважение немногого стоит без практических, профессиональных навыков. Латуш ввел состязательные артиллерийские учебные стрельбы, в качестве примера начав со своего «Буцентавра» и линейного корабля «Формидабль» младшего флагмана Пьера Дюмануара. Опытная команда «Формидабля» произвела семь залпов за 16 минут против буцентавровских пяти за 15 минут. Оба корабля показали по французским стандартам высокие, сравнимые с британскими, результаты, а вскоре Латуш улучшил показания своего собственного экипажа. Пехотинцы «Буцентавра» взяли верх над соперником по соревнованиям, достигнув скорострельности 30 мушкетных выстрелов за 15 минут каждым стрелком против 20-ти «Формидабля».
Постепенно Латуш приучал экипажи к действиям на море, посылая их ввязываться в мелкие стычки с кораблями британской блокады. Огюст Жикель вспоминал:
Мы стояли на большом рейде, и два наших корабля по очереди выделялись для несения дежурства у входа, готовые к отражению набегов англичан. Как только они приближались, привыкнув делать это безнаказанными, дежурные корабли вытравливали якорные канаты в воду; через восемь минут они были уже на ходу в погоне за неприятелем. Если забияки имели поддержку, другие наши корабли также снимались с якорей. В постоянных маневрах с последующими стычками тренировались и команды, и капитаны. Адмирал, расположившись на вершине мыса Кап-Сепет, господствующей над входом в Тулон, наблюдал за всем происходящим внутри и снаружи гавани, готовя достойных противников Нельсона.
Нельсон, который внимательно наблюдал за этими маневрами, подтверждал, что эскадра Латуша "была полностью укомплектована и, судя по производимым маневрам, неплохо обучена".
Затем, в августе 1804 года, Латуш неожиданно умер. Нельсон, горевший желанием сразиться с ним, чувствовал себя почти обманутым. "Латуш ускользнул от меня, — писал он. — Французские газеты сообщают, что он умер в результате перенапряжения, поднимаясь слишком часто на сигнальный пост на мысе Кап-Сепет для наблюдения за нами. Я всегда предрекал ему подобную смерть".
В декабре Вильнёв занял пост Латуша. Как и большинство людей тулонской эскадры, он был родом из Прованса и не собирался производить значительных изменений в системе Латуша. Но стиль его командования снижал моральный дух. "Он был заслуженным офицером, знающим и выдающимся в своем роде, но он не был тем человеком, на которого следовало бы взвалить столь тяжелую ношу, — писал Жикель. — Неуверенный и замкнутый по натуре, он не мог побороть в глазах флота памятную картину Нильской битвы, где его поведение осталось неоправданным для всех благородных людей". В битве на Ниле от Нельсона ожидали атаки на авангард под командованием Вильнёва, но вместо этого он ударил по арьергарду. Имея противный ветер, неуверенный в том, что лучше всего следовало бы сделать, Вильнёв не смог оказать поддержки своему главнокомандующему. Он сумел спасти два линейных корабля и два фрегата от гибели, но некоторые считали, что он показал недостаток не только усердия, но и мужества.
В то время как планы Наполеона по вторжению в Британию представлялись Латушу достойным славы вызовом, и он стремился вселить в людей ощущение возможности этой миссии, Вильнёв полагал, что флот ни в малейшей степени не способен претворить в жизнь столь амбициозный план. Так как его сомнения имели под собой достаточные основания, его явный пессимизм передался вскоре и его офицерам. Он попытался выйти в море почти сразу после вступления в командование, но, увидев, что мачты, изготовленные в Тулоне, не выдерживают сильных напоров ветра, а моряки с трудом справляются со штормовыми условиями, он написал морскому министру, своему старому другу Дени Декре, просьбу отложить операцию:
Мое самое горячее желание — чтобы император не решился предать любую эскадру опасностям этих событий, так как если он это сделает, то французский флаг будет серьезно скомпрометирован. В действительности, представляется крайне невероятной наша победа над противником равной силы, скорее, он побьет нас, даже если будет на треть слабее… ни при каких обстоятельствах я не намерен стать посмешищем всей Европы, вовлекаясь в подобное гибельное предприятие.