23 октября 1939 года на основании директивы ВМС РККА и приказа по бригаде № – 0046 подводные лодки М-82, М-84, М-85, М-86, прибывшие с КБФ и подводные лодки М-53, М-56, М-57, прибывшие с ЧФ, под номерами М-43, М-44, М-45, М-46, М-47, М-48, М-49 соответственно вошли как 26 дивизион, во 2-ю БПЛ, за исключением подводной лодки М-49, которую первоначально зачислили в 22 ДПЛ, а затем в 24 ДПЛ. В состав второй бригады вошли прибывшие с Краснознамённого Балтийского флота подводные лодки М-43 (бывшая М-82), М-44 (бывшая М-84), М-45 (бывшая М-77) и М-85, М-46 (бывшая М-78) и М-87); с Черноморского флота М-47 (бывшая М-53), М-48 (бывшая М-56), М-49 (бывшая М-57).
С августа по ноябрь 1939 года вошли в строй подводные лодки Л-17, Л-18, Л-19. БПЛ в полном составе передислоцировали в Совгавань с подчинением командиру Отдельного морского отряда СГУР и исключен из состава 2-й БПЛ.
В 1939 году подводная лодка М-16 по итогам боевой и политической подготовки заняла первое место на флоте. Лучшими подводными лодками на флоте объявлялись: М-8, М-12, М-16, М-21. Команды этих подводных лодок постоянно перекрывали нормы пребывания в море, и все расчеты во времени, дальности и длительности плавания в надводном и подводном положениях.
1940 год
20 мая 1940 года на основании приказа командующего ТОФ № – 0212 22 ДПЛ в составе подводных лодок М-7, М-8 М-9, М-10, М-11 и М-12 передислоцировали в залив Владимир и подчинили командиру Владимиро – Ольгинской ВМБ. 22 ДПЛ был исключен из состава 2-й БПЛ, а подводные лодки М-23 и М-24 – прикомандированы к 25 ДПЛ в Северную Тихоокеанскую флотилию.
5 июня 1940 года на основании приказа командующего ТОФ № – 0048 26 ДПЛ в составе подводных лодок М-43, М-44, М-45, М-46, М-47 и М-48 передали в 5-ю БПЛ. 23 июня 1940 года в 34 дивизион 3-й БПЛ из 1-й БПЛ передали подводную лодку Щ-133, а 10 сентября того же года в состав 3-й БПЛ вошла подводная лодка Щ-423, прибывшая с Северного флота. 5 июля 1940 года на основании приказа командующего ТОФ №-0300 подводная лодка М-21 и М-22 вошли в состав Учебного отряда подводного плавания ТОФ. 15 июля 1940 года на основании приказа командующего ТОФ №-0282 в 1-ю БПЛ ТОФ сформировано управление 15 ДПЛ ПЛ тип «С». 31 августа 1940 года приказом командующего ТОФ №-0509 вступившие в строй подводные лодки М-30 и М-63 вошли в состав 24 ДПЛ 2-й БПЛ.
10 ноября 1940 года прибыли с Балтийского флота по железной дороге подводные лодки М-30, М-63 XII серии, включены в состав 24 ДнПЛ. Подводные лодки М-25, М-26, М-27, М-28 переданы в состав Северной Тихоокеанской флотилии и убыли в Советскую Гавань. 20 ноября 1940 года приказом по ТОФ №-0097 командиру 3-й БПЛ подчинили склад жидкого топлива №-103, расположенный в бухте Находка.
В конце 1940 года 2-ю морскую бригаду подводных лодок возглавил бывший командир подводной лодки М-13 капитан 2 ранга А.Т.Чабаненко. Под его руководством подводники Малого Улисса начали отрабатывать плавание подводных лодок в зимних условиях.
23 декабря подводная лодка М-23 со старшим на борту командиром бригады совершила кратковременное подледное плавание в условиях раннего ледостава в Уссурийском заливе.
26 декабря 1940 года подводные лодки М-2, М-19, М-20, М-24 впервые в мире совершили групповое подледное плавание подо льдами. Погрузившись в бухте Улисс, ориентируясь по глубинам с помощью эхолота, подводные лодки всплыли за кромкой ледового поля в Уссурийском заливе в нескольких милях от острова Скрыплёва. Подледное плавание признано успешным. Не обошлось без сложностей – подводная лодка М-24 при плавании потеряла ориентировку и не смогла закончить поход и была вынуждена всплыть в полынье у одного из пирсов.
1941 год
Зимой подводники продолжили отработку учебно-боевых задач. В январе – феврале впервые на Тихоокеанском флоте подводные лодки проводила зимние торпедные стрельбы. Все торпедные стрельбы выполнены успешно, бригада подводных лодок получила оценку «Отлично».
На 10 февраля 1941 года в составе ТОФ имелось пять Бригад подводных лодок, один отдельный дивизион и учебный дивизион подводных лодок – всего восемьдесят пять подводных лодок. 11 февраля в состав 5-го ДнПЛ 2-й бригады подводных лодок включены подводные лодки Л-10 (находящаяся на «Дальзаводе» в ремонте), Л-18 и Л-19, входившие в состав 4-й БрПЛ ТОФ.
23 марта 1941 года переформирована 4-я морская бригада подводных лодок (бухта Находка), из ее состава в состав 2-й БрПЛ приняты большие подводные лодки XI серии Л-7, Л-8, Л-10, XIII серии Л-14, Л-15, Л-16, Л-17, плавбазы «Приморье» и «Теодор Нетте».
12 апреля подводные лодки М-18, М-28, М-24 участвовали в тактическом учении флота №-1 «Маневренное использование подводных лодок и авиации по действиям кораблям противника», по результатам ТУ оценены «Хорошо».