В апреле-мае 1941 года соединения ПЛ ТОФ подверглись реорганизации. Количество бригад уменьшилось до трех, а число подводных лодок в каждом увеличилось.
Каждая бригада состояла из трех дивизионов. Все достраивающиеся и капитально ремонтирующиеся подводные лодки сводились в отдельный учебный дивизион с базированием на бухту Золотой Рог. При УОПП оставался отдельный дивизион из четырех подводных лодок. Новые вступающие в строй подводные лодки тип «С» входили в состав 3-го дивизиона 1-й БПЛ. 19 апреля в состав бригады зачислен эсминец «Войков». 19 июня подводные лодки Л-10, Л-18, Л-19 принимали участие в тактическом учении флота №-2 «Действие подводных лодок на коммуникациях», по результатам учений оценены «Хорошо».
К началу Великой Отечественной войны переформирование закончилось. В результате упростилась организация соединений подводных лодок, сократились штаты, увеличились боевые возможности дивизионов и бригад подводных лодок.
За короткие предвоенные годы 2-я Морская бригада накопила большой опыт использования подводных лодок на акватории залива Петра Великого. Хорошую школу подводного плавания получили многие командиры и офицеры, ставшие впоследствии известными военачальниками: флагманский минер бригады Н.И.Шибаев стал контр-адмиралом, одним из ведущих минеров флота, командир дивизиона З.И.Васюнин в 1938–1940 годах командовал 2-ой БрПЛ, фламанский штурман 3-го дивизиона Л.А.Емельянов командовал подводными лодками тип «М» и тип «Щ», в конце Великой Отечественной войны стал командиром Находкинского соединения подводных лодок, состоявшего из 16-ти ПЛ тип «Щ», командир подводной лодки М-2 А.В.Бук командовал подводной лодкой Щ-122, установил на ней рекордное время автономного плавания – 51 сутки при существующем нормативе – 20 суток. Бывший командир подводной лодки М-5 И.М.Зайдуллин командовал Щ-123, в два раза превысил норматив пребывания подводных лодок тип «Щ» в автономном плавании. В августе-сентябре 1940 года, командуя подводной лодкой Щ-139, совершил первый в истории переход подводной лодки Северным морским путем (на ТОФ подводная лодка переименована в Щ-139). М.И.Гаджиев (первый командир М-9) командовал подводной лодкой Щ-117, в августе – сентябре 1936 года участвовал в групповом походе с посещением портов Охотск, Магадан, Оха, залива Байкал. Ф.Ф.Павлов (командир подводной лодки М-12) в 1945 году командовал 2-й БрПЛ. И.И.Байков (командир М-16) в 1935 году командир лучшей на ТОФ подводной лодки, начальник штаба и командир соединения подводных лодок, был заместителем начальника штаба ТОФ, в 1943–1951 годах – начальник штаба Северной Тихоокеанской флотилии, командир 7 ВМФ. После обучения в Академии Генерального штаба в 1953 году был командиром Ленинградской ВМБ. И.И.Курносов (командир М-22) в 40-е годы был командиром 3-го отдельного дивизиона ПЛ тип «Щ» на Камчатке. Н.И.Виноградов (командир М-1) командовал подводной лодкой Щ-121, в 1939-40 гг. – командир бригады подводных лодок Балтийского флота участвовал в советско-финской войне (1939-40 гг.), в 1941-43 годах – командир бригады подводных лодок, затем начальник подводного плавания Северного флота, начальник подводного плавания ВМФ, начальник штаба 4-го ВМФ, в 1948 году – заместитель начальника Главного штаба ВМФ, 1950 год – заместитель ГК ВМФ по кадрам.
К началу Великой Отечественной войны 2-я бригада подводных лодок имела в своем составе 5-й дивизион подводных лодок (6 подводных лодок тип «Л»: Л-7, Л-8, Л-10, Л-17, Л-18, Л-19. 6 дивизион подводных лодок (9 подводных лодок тип «М»: М-1, М-2, М-3, М-4, М-5, М-6, М-13, М-14, М-15, 7-й дивизион подводных лодок (6 подводных лодок тип «М»: М-16, М-17, М-18, М-19», М-20, М-30, М-49, М-63. Кроме того в состав бригады входили эскадренный миноносец «Войков», плавбазы «Приморье» и «Теодор Нетте».
22 июня 1941 года бригада перешла на повышенную оперативную готовность №-1 и начала активную боевую учебу, готовясь к схваткам с противником. Силами Тихоокеанского флота были выставлены оборонительные минные заграждения на подходах к своим базам, что значительно сузила районы боевой подготовки. Корабли и подводные лодки были рассредоточены по многочисленным заливам и бухтам, на кораблях был введен строгий лимит расхода топлива.
Подводные лодки готовились к одиночным и групповым действиям на коммуникациях как самостоятельно, так и во взаимодействии с воздушными силами в условиях противодействия противника, к тактическому взаимодействию с авиацией и надводными кораблями при нанесении совместного удара по кораблям противника, к несению разведки в условиях преодоления средств ПЛО и др.