Другой версией гибели Л-16 считается ошибочная ее атака американской подводной лодкой SS31, вышедшей из Датч-Харбора накануне. Перископы американской подводной лодки очень походили на перископы, показавшиеся из воды перед атакой и обстрелянные артиллеристами советской подводной лодки Л-15.
1943 год
В 1943 году в 1-й БПЛ был создан учебный дивизион. В ходе плановой боевой подготовки 3 сентября 1943 года в результате столкновения подводных лодок Щ-128 и Щ-130 затонула подводная лодка Щ-130 (впоследствии поднята). В результате аварии погибло 2 человека.
Схема развертывания подводных лодок Тихоокеанского флота в войне с империалистической Японией.
1944 год
В сентябре 1944 года 1-я ОДПЛ в бухте Находка преобразовали в 4-ю БПЛ, состоявшую из двух дивизионов подводных лодок тип «Щ».
В марте на основании приказа Народного комиссара ВМФ №-002 от 2 февраля 1944 года с целью получения боевого опыта экипажами подводных лодок Тихоокеанского флота и смены наиболее уставших команд подводных лодок Северного и Черноморского флотов произведена замена экипажа подводной лодки Л-2 °CФ на экипаж подводной лодки Л-19 ТОФ. Команда подводной лодки Л-19 сдала свою подводную лодку и убыла на Северный флот. Приняв подводную лодку Л-20, тихоокеанская команда участвовала в Боевых действиях, совершила несколько Боевых походов. На подводной лодке Л-19 была сформирована новая команда, командир – капитан 3 ранга А.С.Кононенко.
Команда подводной лодки М-16 была переведена на Черноморский флот. Приняв подводную лодку М-111, тихоокеанская команда завершила ремонт подводной лодки и приняла участие в Боевых действиях против немецко-фашистских захватчиков. Подводная лодка выполнила пять походов. В первом походе (11–19 апреля 1944 года) у мыса Тарханкут М-111 атаковала конвой противника. В ходе атаки подводная лодка не удержалась на заданной глубине и дала обнаружить себя сопровождавшему конвой самолету, суда конвоя уклонились от выпущенных торпед. М-111 подверглась преследованию кораблями охранения, успешно уклонилась от глубинных бомб и вернулась в Туапсе. Во втором боевом походе (19 – 24 мая 1944 года) подводная лодка действовала на позиции у румынского порта Констанца, по данным воздушной разведки вышла в атаку на караван возвращающихся в порт судов. Торпедный залп оказался неудачен, торпеды выскочили на поверхность, были обнаружены, цель успела уклониться. Подводная лодка была контратакована и получила повреждения. Всплыв через полтора часа, вновь подверглась атаке немецким самолетом, уклонилась от сброшенной торпеды. После возвращения в Очамчири командование засчитало М-111 победу. В третьем боевом походе (26 апреля – 6 мая 1944 года) подводная лодка под перископом вышла в атаку на немецкий конвой, выпустила торпеды по тральщикам, охранявшим транспорты. Подводная лодка была обнаружена и контратакована кораблями и гидросамолетом противника, при уклонении от глубинных бомб провалилась на глубину 84 метра (предельная глубина погружения – 60 метров).
По результатам этих боевых походов командир подводной лодки капитан-лейтенант М.И.Хомяков 16 мая 1944 удостоен звания Героя Советского Союза. 22 июля подводная лодка М-111 стала Краснознаменной. На завершающем этапе войны у подводной лодки М-111 было еще два Боевых похода на позиции в районе Констанцы и Варны. Обнаружив суда противника, подводная лодка пыталась выйти в атаку, но не сумев занять выгодной позиции, командир от атак отказался. Тихоокеанская команда черноморской «малютки» внесла достойный вклад в победу на Черном море.
В 1944 году по решению ГКО для усиления Черноморского флота из состава ТОФ передали 10 подводных лодок. В течение июля-августа 1944 года были перевезены по железной дороге и вошли в состав 4-го дивизиона 2-й БПЛ ЧФ подводные лодки М-30, М-114, М-115, М-116. Доставка остальных шести подводных лодок (М-25, М-26, М-27, М-28, М-23, М-24) по разным причинам задерживалась. Подводные лодки в Боевых действиях принять участие не успели. В августе подводные лодки М-1, М-5, М-8 и М-11 переданы в состав Северной Тихоокеанской флотилии. В 1944 году четыре подводные тип «М» и три тип «Л» совершили штурманский поход до залива Владимира.