Именно деятельность Секретариата в конечном итоге привела к росту недовольства в Украине и падению рейтинга Ющенко. Под влиянием обстоятельств ему пришлось незначительно сократить численность государственного аппарата. Собственно, любое правительство, приходящее к власти, начинает с сокращения государственного аппарата как минимум на 10%, одновременно увеличивая контрольные или другие функции государства, что в результате приводит к увеличению численности того самого аппарата, который изначально требовалось сократить. Ющенко умудрился сформировать три центра власти: Секретариат президента, Кабинет Министров и СНБО. Секретариат дублировал функции правительства и вмешивался в его политику. Без окончательного согласования с Секретариатом ни одно постановление правительства не выходило в свет. Это само по себе создавало предпосылки для будущих противоречий и столкновений. Расширение численности до 220 человек и полномочий СНБО, имеющего право корректировать и вмешиваться в подготовку решений правительства (т.е. фактически тоже дублирующего функции правительства) создало еще большее напряжение в государственном управлении и почву для личных обвинений в адрес друг друга таких амбициозных политиков, как Тимошенко (Кабинет Министров) и Порошенко (СНБО).
Возможно, Ющенко рассчитывал, что в этой ситуации всегда будет в роли третейского судьи «разделять и властвовать», но именно это его и погубило. Народ воспринимал лидеров Оранжевой революции Ющенко и Тимошенко как единое целое, как команду единомышленников, взаимно дополняющих друг друга. А они оказались лебедем, раком и щукой из известной басни русского баснописца Крылова. Начавшиеся распри между бывшими соратниками разочаровали их сторонников, и рейтинг «оранжевых» начал стремительно падать.
И все-таки, несмотря на ограниченные возможности президента определять экономическую и социальную политику, особенно после внесения изменений в Конституцию Украины, Ющенко смог частично реализовать провозглашенную им программу «Десять шагов навстречу людям». В стране несколько повысился уровень жизни, увеличилась помощь матерям при рождении ребенка: за первенца выплачивали 12 тысяч гривен, за второго ребенка — 25 тысяч, за третьего и последующих — 50 тысяч гривен. «Матери-героини» начали получать вознаграждение в десятикратном размере прожиточного минимума. В итоге впервые в Украине стал наблюдаться рост рождаемости, причем неплохими темпами: в 2009 году в Украине родилось более полумиллиона детей, что явилось наивысшим показателем за все годы независимости государства.
В 2007—2008 годах Ющенко ввел в практику проведение интернет-акций «Спроси президента», считая, что это будет способствовать установлению обратной связи с народом и повысит его собственный рейтинг (здесь тоже Ющенко скопировал нововведение Путина, общавшегося в эфире с «народом»). Но однажды, получив вопрос: «Уважаемый господин президент, скажите, пожалуйста, сколько нам (простым людям) нужно вам заплатить, чтобы вы вместе со всеми депутатами Верховной Рады, министрами, членами правительства навсегда выехали за границу и не мешали Украине нормально развиваться?» — Ющенко обиделся, и подобные акции больше не проводились.
Важными социальными программами, провозглашенными Ющенко в период его правления, были программы по строительству доступного жилья, в котором нуждались более 17 млн граждан Украины. Но обещания так и остались обещаниями и не были реализованы ни им, ни его преемниками. В 2007 году на встрече с украинскими бизнесменами Ющенко инициировал программу поддержки малообеспеченных детей, многодетных семей, детей-сирот и проблемных детей, лишенных родительской заботы, и внес на рассмотрение парламента вопрос о поддержке семей, взявших детей на усыновление, считая, что каждый ребенок, оставшийся без родителей, должен найти семью. Эти программы поддержали известные украинские олигархи Виктор Пинчук и Ринат Ахметов, а также другие бизнесмены, благодаря чему программу удалось реализовать и создать национальную государственную поддержку усыновления.
Одним из главных направлений своей деятельности Ющенко считал реформирование судебной системы, МВД, органов прокуратуры и СБУ. Однако громко заявленная реформа правоохранительной системы не только не была проведена, как этого ожидали в обществе, но еще больше запутала систему взаимоотношений законодательной, исполнительной и судебной ветвей власти. Все, что удалось Ющенко, это поменять кадровый состав, назначив на должности своих сторонников, ограничив при этом их влияние и раздробив все эти службы на более мелкие структуры, ставшие самостоятельными. Исключительной популярностью и поддержкой всех автомобилистов пользовалась проведенная Ющенко реформа ГАИ: на национальном совещании сотрудников ГАИ президент неожиданно объявил о ликвидации этой структуры. (Эта служба была, однако, восстановлена при Януковиче.) Желая численно сократить Службу безопасности Украины и выделив в отдельные структуры Службу специальной связи и охраны информации и Службу внешней разведки, Ющенко автоматически увеличил ее численность, подпитав их солидным бюджетом, и способствовал появлению новых силовых академий. Кроме академий МВД и СБУ, появилась и Академия внешней разведки.