Ющенко планировал провести, но не довел до конца, медицинскую реформу. Собственно, все, что он успел, это провести совещание о необходимости проведения реформы для сохранения бесплатных медицинских услуг. В результате было увеличено бюджетное финансирование государством медицинских учреждений, где приверженцы клятвы Гиппократу (а не Пифагору, как сказал однажды Янукович) могли выполнять свой профессиональный долг. Но медицинскую систему это не изменило, эффективность оказания медицинских услуг не улучшилась. Пациенты вынуждены были приходить к врачам со своими бинтами и лекарствами в одних случаях, с деньгами и подарками — в других.
Ющенко искренне хотел довести до конца «дело Гонгадзе», арестовать и осудить не только исполнителей этого убийства — сотрудников МВД, исполнивших приказ о нейтрализации неугодного журналиста, но и неустановленных заказчиков преступления. Многочисленные разбирательства этого дела, однако, привели лишь к бегству или гибели ключевых свидетелей, подозреваемых и обвиняемых. Главного свидетеля — министра внутренних дел Юрия Кравченко — нашли мертвым на его загородной даче за день до вызова в генпрокуратуру. Заказчики при этом со всей определенностью названы не были и, соответственно, остались на свободе.
Конфликт Ющенко — Тимошенко
Уже в первые месяцы пребывания на президентском посту Ющенко и его окружение стали терять мандат доверия, полученный на Майдане в 2004 году. Казавшийся идеальным сочетанием в предвыборной гонке дуэт Ющенко — Тимошенко начал давать первые трещины. Отчасти это случилось, потому что в возглавляемом Тимошенко правительстве практически не было ее сторонников (кроме председателя СБУ Александра Турчинова), и ни один член БЮТ не стал в Украине губернатором. Так что позиция премьер-министра не была сильной и опиралась только на поддержку самого Ющенко. При этом в начавшемся противостоянии Ющенко и Тимошенко министры и губернаторы поддержали «принцессу» Оранжевой революции, а не президента.
Так как между Ющенко и Тимошенко существовала предварительная договоренность о назначении Тимошенко премьер-министром, Ющенко обязан был доверить ей самостоятельно сформировать правительство из своих единомышленников и тем возложить на Тимошенко политическую ответственность за проводимую ею политику. Но этого не произошло. Правительство Тимошенко оказалось не командой единомышленников, а кабинетом министров, составленным на компромиссных началах различными политическими силами, пришедшими к власти.
Кроме того, при формировании правительства был нарушен основной принцип разделения бизнеса и политики. Министрами становились ангажированные бизнесом лица, к каковым относилась и сама Тимошенко. Тем не менее это было самое молодое и европейски ориентированное, тринадцатое по счету правительство независимой Украины, и даже силовые министерства в нем впервые возглавляли гражданские лица. В состав Кабмина была введена должность вице-премьера, отвечавшего за европейскую интеграцию, а в каждом министерстве были созданы соответствующие подразделения, отвечавшие за это направление. Во главе Министерства иностранных дел Украины был поставлен сторонник НАТО и европейской интеграции Борис Тарасюк.
Возглавляемое Тимошенко первое правительство Ющенко, несмотря на некоторые разногласия с президентским окружением и СНБО, все-таки пыталось реализовать предвыборные обязательства, взятые на себя «оранжевыми» лидерами. Были повышены в полтора-два раза зарплаты, пенсии и стипендии. Для предотвращения скупки земель олигархами, иностранцами и иностранными компаниями фракция Тимошенко в парламенте не допустила принятия законов о продаже земли и добилась введения моратория на продажу сельскохозяйственных угодий. Этот популистский шаг Тимошенко привел к конфликту с Ющенко, считавшим, что в стране необходимо ввести частную собственность на землю, создать земельный рынок и дать возможность всем, кто может ее обрабатывать и повышать производительность сельского хозяйства, покупать ее.