Представленная Тимошенко программа была подвергнута всесторонней критике на заседаниях комиссий, и, прежде чем ее утвердить на пленарном заседании парламента, в нее внесли свыше 300 поправок. При этом критики считали, что программа страдала отсутствием конкретных сроков ее исполнения и финансовой обеспеченности. Тем не менее приоритетными задачами правительства, согласно программе, оставались увеличение зарплат и пенсий, развитие промышленности, усиление борьбы с коррупцией. Кстати, именно повышение зарплат и пенсий остались в памяти людей спустя годы после ухода Тимошенко, хотя было одно популистское обязательство. Речь идет о выплате по 1000 гривен вкладчикам бывшего Сбербанка СССР как компенсации за потерю сбережений из-за начавшейся в СССР гиперинфляции. Понятно, что обещание правительства выплатить населению порядка 200 дол. на бывшего вкладчика было воспринято населением с энтузиазмом. Со временем желающие оформили банковские карточки, на которые должны были быть переведены деньги. Но на это ушли годы.
В 2008 году Тимошенко вновь с большим рвением взялась за программу пересмотра результатов приватизации. В списке компаний, предложенном Кабинетом министров, были такие крупные промышленные объекты, как Одесский припортовый завод и «Укртелеком», против приватизации которых Тимошенко выступала в годы своего первого правительства. Предполагалось реприватизировать также Луганский тепловозный завод. Как и прежде, Ющенко попытался приостановить реприватизации и обратился к правительству с просьбой ничего не предпринимать до принятия закона Украины «О государственной программе приватизации» и выработки согласованного подхода всех ветвей власти к приватизационному процессу. В целом согласившись с президентом, Тимощенко внесла в закон существенные поправки. Суть поправок она сформулировала на брифинге в Кабинете Министров 23 января 2008 года: «Мы хотим, чтобы в законе появилась норма, что при невыполнении условий приватизационного договора, такой приватизационный договор будет расторгаться без возврата тех денег, которые заплатили за предприятие».
В январе 2008 года в стране разразился очередной политический кризис, связанный с тем, что министр иностранных дел Владимир Огрызко во время встречи в штаб-квартире НАТО в Брюсселе 18 января вручил ее генеральному секретарю письмо, подписанное президентом Виктором Ющенко, премьер-министром Юлией Тимошенко и спикером парламента Арсением Яценюком, о стремлении Украины присоединиться к «Плану действий относительно членства в НАТО» на саммите в Бухаресте в апреле 2008 года. Содержание этого письма до его отправки в Брюссель не было доложено кабинету министров и депутатам Рады. Общественное мнение Украины в вопросе о вступлении в НАТО было расколото. И это дало основания фракциям коммунистов и регионалов в парламенте выступить с резкой критикой в адрес Ющенко, Тимошенко и Яценюка. В написанном ими 21 января 2008 года заявлении, в частности, указывалось:
«Подписание Ющенко, Тимошенко, Яценюком письма-обращения к руководству НАТО по сути означает начало процедуры вступления Украины в НАТО... Боясь своего народа, кулуарно, втроем, за закрытыми дверями решает она [власть] судьбу нашего государства. При этом ни парламент, ни правительство, ни какие-либо другие коллегиальные органы этот вопрос не рассматривали. Опираясь на мнение абсолютного большинства граждан Украины, наших избирателей, мы требуем отзыва ''письма трех''. Мы обращаемся к руководству НАТО с тем, что ''письмо трех'' не выражает волю украинского народа, не является предметом политического консенсуса, а вносит дополнительное напряжение в украинское общество, что неминуемо приведет к ухудшению отношений Украины с Североатлантическим альянсом. В связи с этим фракциями Партии регионов и Коммунистической партии Украины принято решение блокировать работу украинского парламента, требуя от подписантов — Ющенко, Тимошенко, Яценюка — отозвать письмо о присоединении Украины к НАТО. Обращаем также внимание председателя Верховной Рады, что при подписании письма Вы вышли за рамки конституционных полномочий и требований Регламента Верховной Рады. В связи с этим мы просим Вас отозвать Вашу подпись под данным письмом. В противном случае мы будем действовать адекватно, исходя из законодательства нашего государства».
Разразившийся скандал по поводу «тайных переговоров» с НАТО парализовал работу на два месяца. Регионалы и коммунисты заблокировали трибуну. Только 6 марта 2008 года парламент начал функционировать, после того как был принят вариант постановления Партии регионов, в котором указывалось, что решение о вступлении Украины в НАТО «принимается по результатам референдума, который может быть проведен по народной инициативе».