Через полгода, 16 сентября 2008 года, в Украине случился новый кризис. Он был вызван распадом в Раде правящей «демократической коалиции». «Наша Украина» — «Народная самооборона» и БЮТ разошлись во время обсуждения в парламенте вопроса о вооруженном российско-грузинском конфликте. Ющенко и его сторонники поддержали Грузию и выступили с осуждением российской агрессии. Тимошенко заняла более спокойную позицию, призвав обе стороны к прекращению кровопролития и к мирному разрешению конфликта, за что подверглась резкой критике со стороны «Нашей Украины» и Секретариата президента, фактически обвинившего Тимошенко в предательстве национальных интересов.
Критика Тимошенко Секретариатом президента Украины началась уже в августе 2008 года, в самый разгар российско-грузинской войны. Замглавы Секретариата президента Андрей Кислинский обвинил премьер-министра «в системной работе в интересах России», указав, что «дороги назад у нее нет. Именно этим продиктована ее позиция в отношении войны в Грузии». Позиция Тимошенко в грузинском вопросе действительно не выглядела бескорыстной. Дело в том, что в эти самые месяцы Тимошенко была вовлечена в сложнейшие газовые переговоры с правительством России, и «нейтралитет» Тимошенко в российско-грузинской войне был скорее платой Путину за сговорчивость России в газовом вопросе.
Ющенко пытался склеить расколовшуюся коалицию, но попытка эта оказалась безуспешной. Не достигнув цели, 8 октября Ющенко издал очередной указ о роспуске Верховной Рады и назначил досрочные парламентские выборы на 7 декабря. Теперь настала очередь Тимошенко заявлять о незаконности указа президента. Вместе со своими юристами в течение двух дней Тимошенко готовила правовое обоснование для своей жалобы, и 10 октября на основании жалобы премьер-министра Окружной административный суд Киева приостановил действие президентского указа о досрочных выборах. Вслед за этим «оранжевым» пришлось прибегнуть к переговорам с буферным блоком Владимира Литвина и пообещать Литвину пост спикера в Верховной Раде в обмен на вхождение в «демократическую коалицию». Сделка состоялась. 8 декабря новоизбранный спикер парламента Литвин объявил о восстановлении коалиции. Правительство Тимошенко избежало отставки и приступило к продолжению намеченных планов. Планы были грандиозные: урегулировать извечный украинско-российский газовой конфликт.
Очередной газовый конфликт с Россией
Разразившийся в начале 2008 года газовый конфликт с Газпромом был связан непосредственно с попыткой Тимошенко убрать частную структуру РосУкрЭнерго как посредника между Украиной и Россией. Получив предварительную поддержку российской стороны, украинское правительство заявило о прекращении деятельности этой компании, задолжавшей к тому моменту Газпрому за газ почти полтора миллиарда долларов. Как заявила в этой связи Тимошенко в феврале 2008 года, «Украине и России в области снабжения газом никаких посредников не нужно, и правительство будет очень четко стоять на этих позициях». Тогда же, находясь с визитом в Москве, она действительно сумела договориться о том, что поставки российского газа в Украину будут осуществляться напрямую в соответствии с договором между Газпромом и «Навтогазом Украины».
Российская сторона предложила Тимошенко создать совместное российско-украинское предприятие для продажи газа внутри Украины, но премьер отвергла это предложение, подчеркнув, что «Нафтогаз Украины» самостоятельно, без участия России, в состоянии обеспечить реализацию российского газа на внутреннем рынке.
Достигнув соответствующих договоренностей о прямых поставках, Тимошенко поставила вопрос о том, что накопившиеся долги за газ это не государственные долги Украины России, а долги фирмы-посредника РосУкрЭнерго, которая должна оплачивать их Газпрому сама. Посредническая компания, однако, выплачивать долги не планировала. К моменту переговоров в Москве они составляли уже 2,2 млрд долларов. РосУкрЭнерго пыталась перекинуть долг на украинский бюджет, и неожиданно была поддержана в этом вопросе президентом Ющенко.
Противоречия, таким образом, были урегулированы. В октябре 2008 года между Украиной и Россией был подписан меморандум, предусматривавший ликвидацию посредников с 1 января 2009 года и определявший условия поставки газа в Украину на ближайшие годы. При этом Тимошенко, поняв, что проплаты России долга РосУкрЭнерго в 2,2 млрд долларов не избежать, предложила выкупить в счет этого долга закачанный в хранилища РосУкрЭнерго в Украине российский газ общим объемом более 11 млрд кубометров.