Первый шаг к внутренней реформе был сделан в Риме, когда в 1524 году появился орден театинцев. Этот новаторский орден не был монашеским, хотя его члены давали тройной обет целомудрия, бедности и послушания; его членами были мирские священники, которые предавались не только интеллектуальным занятиям, но и проповедовали и трудились среди народа. В орден принимали только отпрысков благородных семейств, и его основатели намеревались сделать его местом обучения для служителей церкви с обновленными духовными силами. Их врата были слишком узки, и семинария превратилась не в школу пастырей, а в оранжерею для будущих руководителей церкви; оттуда Контрреформация брала не приходских священников, а епископов, кардиналов и пап.
По-настоящему Контрреформация началась только после основания в 1534 году Общества Иисуса (ордена иеузитов). В каком-то смысле это был последний и величайший из воинствующих орденов; в своем наивысшем развитии – иерархия прекрасно подготовленных людей, связанных клятвой беспрекословного подчинения своим начальникам и управляемых генералом, так что по сути ее организация напоминала армейскую. Когда католическая церковь вышла из Тридентского собора вооруженной для борьбы, в лице иезуитов она получила боевой отряд, готовый нести веру в любую точку земного шара любыми средствами и любой ценой. Под влиянием иезуитов инквизиция, зародившаяся в Испании, была вновь учреждена в Риме в качестве эффективного инструмента для обнаружения и искоренения ереси.
Кальвинизм прижился в Германии, Польше, Богемии (Чехии), Австрии, Венгрии, Франции, однако не обладал необходимой силой для того, чтобы сохранить завоеванное. Будучи новой религией, он не мог подрубить глубокие корни традиции, как это удавалось учению иезуитов. Более того, иезуиты являли собой отборное войско, избранное для своего призвания. Кальвинисты же по мере распространения их религии превратились в неоднородную массу разрозненных общин без центрального управления. К тому же, хотя это была самая активная и деятельная среди новых ересей, они не могли взять на себя роль защитников и проповедников протестантской веры, как это сделали иезуиты для римской церкви. Они образовали воинствующее левое крыло протестантства, как иезуиты образовали воинствующее правое крыло католичества, но с той лишь разницей, что иезуиты отстаивали более-менее общее дело, а кальвинисты ненавидели собратьев-протестантов, особенно лютеран, едва ли не больше, чем самих папистов.
Единственной серьезной оппозицией, с которой столкнулись иезуиты в своей собственной церкви, было сопротивление капуцинов, но и оно имело форму соперничества, а не открытой вражды. Орден капуцинов – реформированная ветвь францисканцев – был основан за несколько лет до Общества Иисуса, но не сумел оставить такого же четкого следа в истории Контрреформации. Однако в первые годы XVII века они не сильно отставали от иезуитов в своем миссионерском пыле и намного опережали их в понимании политических интриг. Они специализировались на дипломатии и представляли собой неофициальных посредников между ведущими католическими монархиями, и в этой роли иезуиты, которые с самого начала больше занимались распространением веры и образованием молодежи, не пытались их заменить. Если бы два ордена действовали сообща, они обладали бы всеми необходимыми ресурсами для объединения католического христианского мира против еретиков. Однако с годами их соперничество переросло во вражду и лишь усилило, а не устранило отчужденность между католическими правительствами Европы. Примечательно, что иезуиты пользовались наибольшим влиянием в Испании и Австрии, а капуцины – во Франции.
Таким образом, в католической церкви возник разлом, не столь очевидный, но фактически столь же серьезный, как и между двумя главными протестантскими церквями. Если бы дело дошло до конфликта между Римом и еретиками, с обеих сторон неизбежно возникли бы разнонаправленные интересы, которые в существенной степени изменили бы равновесие сил.
Между тем ненависть между противостоящими конфессиями становилась все озлобленнее. Те, кто имел сомнительную привилегию исповедовать не ту религию, которой придерживались в стране их проживания, подвергались постоянной опасности. В некоторых частях Польши протестантские пасторы рисковали самой своей жизнью; в Чехии, Австрии, Баварии католические священники взяли в руки оружие. Путешественникам всегда угрожала опасность; в кантоне Люцерн и в Шварцвальде схватили и сожгли купцов-протестантов.
В первые годы Реформации слабость католических правителей вынудила многих из них пойти на уступки своим протестантским подданным, так что, во всяком случае официально, в католических странах было больше протестантских конгрегаций, чем католических – в протестантских. За исключением Италии и Испании почти все католические государства были вынуждены терпеть у себя ту или иную протестантскую общину. Этот факт, безусловно, усиливал ощущение несправедливости и опасности у католиков, а при малейшем нарушении протестантских привилегий официально протестантские правительства вскипали от негодования.