15 апреля 1919 г. член РВС Южфронта Г. Я. Сокольников с согласия части членов РВС Укрфронта поставил перед председателем РВС республики Л. Д. Троцким вопрос об устранении Махно от командования.
25 апреля в харьковских «Известиях» появилась статья «Долой махновщину», в которой говорилось: «Повстанческое движение крестьянства случайно попало под руководство Махно и его „Военно-революционного штаба“, в котором нашли себе пристанище и бесшабашно анархистские, и белолевоэсеровские, и другие остатки „бывших“ революционных партий, которые разложились. Попав под руководство таких элементов, движение значительно утратило силу, успехи, связанные с его подъемом, не могли быть закреплены анархичностью действий… Безобразиям, которые происходят в „царстве“ Махно, нужно положить конец». Эта статья возмутила Махно и вызвала опасение, что является прелюдией к нападению со стороны большевиков. 29 апреля он приказал задержать часть комиссаров, решив, что большевики готовят нападение на махновцев: «Пусть и большевики у нас посидят, как сидят в казематах Чека наши».
3-я батарея повстанческой армии Махно под командованием Белочуда следует из Александровска за 3-м полком Полонского. г. Александровск, 20 октября 1919 г.
Конфликт был разрешен во время переговоров Махно и командующего Украинским фронтом В. А. Антонова-Овсеенко. Махно даже осудил наиболее резкие положения резолюций съезда советов района, обещал препятствовать выборности комсостава, которого (видимо, ввиду заразительности примера) так опасались в соседних частях РККА. Тем более что командиры уже были выбраны и менять их в это время никто не собирался.
Но, пойдя на некоторые уступки, батька выдвинул новую, принципиально важную идею, которая могла бы примерить две стратегии революции: «До решительной победы над белыми должен быть установлен революционный фронт, и он (Махно. — А. Ш.) стремится не допускать междоусобиц между различными элементами этого революционного фронта».
1 мая бригада была выведена из подчинения дивизии П. Е. Дыбенко и подчинена формирующейся 7-й дивизии 2-й Украинской армии, которая так и не стала реальным формированием. Фактически не только 7-я дивизия, но и вся 2-я армия состояли из бригады Махно и нескольких полков, значительно уступавших ей по численности.
Новый повод к нарастанию взаимного недоверия подал атаман Н. А. Григорьев, поднявший 6 мая мятеж на правобережной Украине.
12 мая под председательством Махно собрался «военный съезд», то есть совещание командного состава, представителей частей и политического руководства махновского движения. Махно и съезд осудили выступление Н. А. Григорьева, но также высказали критику в отношении большевиков, которые своей политикой спровоцировали восстание. «Военный съезд» провозгласил переформирование 3-й бригады в 1-ю повстанческую дивизию под командованием Махно.
Поводом к новому обострению отношений с коммунистами стало развертывание 3-й бригады в дивизию. Парадоксальная ситуация, когда бригада составляла большую часть армии, мешала и соответствующему снабжению, и взаимодействию командования с огромной бригадой, и управлению ее частями. Советское командование сначала согласилось на переформирование, а затем отказалось создавать дивизию под командованием строптивого оппозиционного командира. 22 мая прибывший на Украину Троцкий назвал такие планы «подготовкой новой григорьевщины». 25 мая на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Украины под председательством X. Раковского обсуждался вопрос «Махновщина и ее ликвидация». Было решено «ликвидировать Махно» силами полка.
Узнав о намерениях командования, Махно 28 мая 1919 г. заявил, что готов сложить с себя полномочия, так как «никогда не стремился к высоким званиям» и «больше сделает в будущем в низах народа для революции». Но 29 мая 1919 г. штаб махновской дивизии постановил: «1) настоятельно предложить т. Махно остаться при своих обязанностях и полномочиях, которые т. Махно пытался было сложить с себя; 2) все силы махновцев преобразовать в самостоятельную повстанческую армию, поручив руководство этой армией т. Махно. Армия является в оперативном отношении подчиненной Южному фронту, поскольку оперативные приказы последнего будут исходить из живых потребностей революционного фронта». В ответ на этот шаг РВС Южного фронта 29 мая 1919 г. принял решение об аресте Махно и придании его суду ревтрибунала. Махно не принял титул командарма и продолжал считать себя комдивом.